lecture d'un fichier .gz

Bonjour,

Je souhaiterai pouvoir lire un fichier .gz si possible sans le dézipper mais plutôt le lire ligne par ligne.
Je travail sous Windows et les scripts perl seront sur un serveur linux.
Comment faire ??
Existe t-il une librairie ??
J'ai trouvé cela mais sous windows cela ne marche pas ... normal ..

Code:

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open (FILE, tar -xzf >"http://www.hapmap.org/genotypes/latest_ncbi_build35/non-redundant/genotypes_chr10_CEU.b35.txt.gz");

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Merci de votre aide.

le lire ligne par ligne sans le dezipper?
Tu veux dire le dezipper à mesure que tu le lis?

Si c'est le cas alors tu peux utiliser PerlIO::gzip ( http://search.cpan.org/~nwclark/PerlIO-gzip )

(necessite perl 5.8 minimum)

Merci de ta réponse !!

Encore une questiion, je trouve pas de documentation sur cette librairie, pourrais tu m'expliquer comment faire pour décompresser ligne par ligne un fichier .gz distant .

Merci

la documentation est à un clique du lien que je t'ai passé :
http://search.cpan.org/~nwclark/PerlIO-gzip/gzip.pm

Merci beaucoup et désolé de ne pas l'avoir vu.
J'ai encore une petite question :
C'est parfait j'arrive a lire au fur et a mesure que le fichier se dézippe mais mon problème c'est que le fichier se trouve sur un serveur distant et je n'ai pas envie de télécharger tout les fichiers que j'ai besoin. Est il possible de dézipper ce fichier même s'il est sur un serveur distant??Car pour l'instant j'y arrive pas.

Mon code est le suivant :

Code:

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use PerlIO::gzip; open FOO, "<:gzip", "http://www.hapmap.org/genotypes/latest_ncbi_build35/non-redundant/genotypes_chr10_CEU.b35.txt.gz" or die $!; print while <FOO>;   binmode FOO, ":gzip(none)" ;

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Merci

tu y accede en HTTP ?
Si c'est le cas tu peux t'arranger pour que le serveur distant envoi ce fichier en le considerant comme gzipé au niveau du protocol (donc transparent pour toi) et en utilisant LWP tu dois pouvoir le lire dezippé

pour ce faire il faut que tu demande le fichier sans le .gzip au serveur, et si il est configuré pour supporter cela il utilisera la version gzipé si ton client lui dit qu'il saura le gerer (ce qui est normalement le cas de LWP::UserAgent si tu a Compress::Zlib installé)

Merci encore.

Oui je veux aller lire le fichier en HTTP. En fait , j'aimerai aller chercher des info dans plusieurs fichiers .txt.gz sur un serveur distant sans décompresser ce fichier et sans le télécharger.
J'ai essayer de l'ouvrir comme cela sans le .gz a la fin mais il veut rien savoir :

Code:

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open FILE , "http://www.hapmap.org/genotypes/latest_ncbi_build35/non-redundant/ genotypes_chr10_CEU.b35.txt" or die "impossible"; while (<FILE>){ print $_; }

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Il ne m'écrit rien du tout dans ma fenetre.
Quand je fait cela, il ne me lit pas non plus :

Code:

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open FOO, "<:gzip", "http://www.hapmap.org/genotypes/latest_ncbi_build35/non-redundant/ genotypes_chr10_CEU.b35.txt.gz"or die $!; print while <FOO>; binmode FOO, ":gzip(none)";

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Pourrait tu s'il te plait, m'indiquez plus précisement comment pourrai je faire pour lire ce fichier.

Merci d'avance et désolé de mon ignorance je débute en script cgi.

Quand je met directement le lien du fichier avec ou sans .gz il m'affiche le fichier mais pas avec mon code.
J'ai essayé d'utiliser la méthode get de LWP::simple comme ceci :

Code:

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$result = get("http://www.hapmap.org/genotypes/latest_ncbi_build35/non-redundant/ genotypes_chr10_CEU.b35.txt"); print $result;

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Mais sans résultat non plus.
Je comprend pas ....

Personne aurai une pitite idée ??

il te faut LWP::UserAgent (pas la version Simple)
Regarde dans le cookbook (dans la doc de LWP sur CPAN)

Il te faut capter le fichier bout par bout, en appelant un callback à chaque fois (ya une exemple comme ca)
Et esperer que le serveur t'envoi le fichier zippé

tu peux deja essayer avec ton browser pour voir si le serveur est configuré comme ca

Si il ne l'est pas, alors il te faudra dezipper el contenu au fur et à mesure que tu en recoi les morceau, avec Compress::Zlib

a mon avis, le plus simple est encore de telecharger le fichié gz en local (avec un getstore de LWP::Simple) et de l'ouvrire ensuite en local avec PerlIO::gzip

Merci,

Je n'arrive pas a dézipper puis lire les fichiers directement sur le serveur donc je les télécharge puis je chercherai a l'intérieur et la cela marche nickel.

Merci de ton aide.