association de 2 fichiers

Bonjour à tous!

Je suis encore novice en informatique et j'ai un petit problème à résoudre :
J'ai deux fichiers
fichier1

Code:

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1 2 3 4 5 6 7

organism_hit query s1 s2 s3 s4 Homo sapiens chromosome 8, clone RP11-211C9 16 20 30 50 60 Drosophila melanogaster GH21254 full length cDNA 5 0 0 55 47 Brugia timori genome assembly B_timori 4 57 545 55 5 H sapiens chromosome 6, clone RP11-211C9 16 20 47 53 98 Drosophila melanogaster full genome 5 4 7 78 90 Drosophila melanogaster from clone CH73-111B21 6 12 14 69 79

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fichier2

Code:

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1 2 3

Family;genus;species organism hit Hominidae;Homo;Homo sapiens sapiens Homo sapiens sapiens Drosophilidae;Drosophila;Drosophila melanogaster Drosophila melanogaster Drosophila melanogaster

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et je souhaiterai associer le fichier 2 au fichier 1 (selon la colonne hit du fichier 2) pour donner quelque chose comme ca

Code:

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1 2 3 4 5 6 7

Family;genus;species organism organism_hit query s1 s2 s3 s4 Hominidae;Homo;Homo sapiens sapiens Homo sapiens Homo sapiens chromosome 8, clone RP11-211C9 16 20 30 50 60 Drosophilidae;Drosophila;Drosophila melanogaster Drosophila melanogaster Drosophila melanogaster GH21254 full length cDNA 5 0 0 55 47 Brugia timori genome assembly B_timori 4 57 545 55 5 Hominidae;Homo;Homo sapiens sapiens Homo sapiens H sapiens chromosome 6, clone RP11-211C9 16 20 47 53 98 Drosophilidae;Drosophila;Drosophila melanogaster Drosophila melanogaster Drosophila melanogaster full genome 5 4 7 78 90 Drosophilidae;Drosophila;Drosophila melanogaster Drosophila melanogaster Drosophila melanogaster from clone CH73-111B21 6 12 14 69 79

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comment réaliser simplement ce type de fichier?? par la suite je vais etre amener à mettre plus d'informations dans le fichier2

Merci!

Le plus simple sera probablement de stocker les infos du fichier 2 dans un hash, de le parcourir à chaque ligne de ton fichier 1 pour chercher avec le 'hit'.

ou alors tu peux chercher dans tout ton fichier 1 chaque occurrence de tes 'hits' avec grep par exemple.

Dans les 2 cas, choisis bien tes 'hits'.

Essaie de voir quelle solution te convient le mieux voire trouves-en une autre, puis reviens si tu as des problèmes.

merci pour ta réponse Gardyen
comment arriver à stocker les infos dans un hash, le parcourir à chaque ligne du fichier 1 et le faire matcher pour chaque hit?

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