Problème gestion de mémoire interfaçage code C/R

Bonjour à tous,

Je viens ici car je ne comprends vraiment pas pourquoi mon code ne marche pas et qu'après 3 jours dessus je sature ...
Alors en fait j'ai un code R qui utilise des fonctions codées en C pour gagner du temps de calcul.
Sauf que quasiment à chaque fois que je lance le script R cela plante (fatal error ou alors tourne en boucle mais n'affiche rien) ou m'affiche une erreur du type :

malloc: *** error for object 0x123456c99 : incorrect checksum for freed object - object was probably modified after being freed.

J'en déduis donc qu'il y a un problème de gestion de mémoire dans le code C mais je n'arrive vraiment pas à voir lequel (je précise que je suis pas un expert en C ...).

Pour les courageux qui prendront le temps de le lire parce qu'il est assez long, voici le code C :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497 498 499 500 501 502 503 504 505 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515 516 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 530 531 532 533 534 535 536 537 538 539 540 541 542 543 544 545 546 547 548 549 550 551 552 553 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576 577 578 579 580 581 582 583 584 585 586 587 588 589 590 591 592 593 594 595 596 597 598 599 600 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 611 612 613 614 615 616 617 618 619 620 621 622 623 624 625 626 627 628 629 630 631 632 633 634 635 636 637 638 639 640 641 642 643 644 645 646 647 648 649 650 651 652 653 654 655 656 657 658 659 660 661 662 663 664 665 666 667 668 669 670 671 672 673 674 675 676 677 678 679 680 681 682 683 684 685 686 687 688 689 690 691 692 693 694 695 696 697 698 699 700 701 702 703 704 705 706 707 708 709 710 711 712 713 714 715 716 717 718 719 720 721 722 723 724 725 726 727 728 729 730 731 732 733 734 735 736 737 738 739 740 741 742 743 744 745 746

#include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include "R.h" #include "Rinternals.h" #include <math.h> #include <string.h> #include <time.h> #include <assert.h>   /*  * Signatures des fonctions  */   double log2(double x) ; void nrerror(char error_text[]); int ** alloc2ii(int nl, int nc); void free2ii(int **tab, int nl); int *ivector(long nl, long nh); double *dvector(long nl, long nh); void free_ivector(int *v, long nl, long nh); void free_dvector(double *v, long nl, long nh); void moveLine(int **toEmpty, int **toFill, int nCol, int* nRowsE, int* nRowsF, int lineToMove); void moveObservations(int ** toEmpty, int ** toFill, int nCol, int* nRowsE, int* nRowsF, int modaCritique, int varCritique); void afficheMat(int **tab, int nRow, int nCol); void copyMat(int ** original, int ** copy, int nobs, int nvar); void copyVect(int * original, int * copy, int nCol); void afficheVect(int * vect, int nCol); typedef struct split split; split initSplit(int nRows, int nCol, int * nbModa, int ** father, int modaCritique); void free_split(split split); void copySplit(split original, split copy); double distSplits(split splitRef, split splitMes, int nobs); double entropyVariable(int ** data, int nObs, int numVar, int nbModa); double calcEntropy(int ** data, int nObs, int nVar, int * nbModa); double calcGainEntropy(split split, double entropyFather, int nCol, int * nbModa); void afficheSplit(split split, int nbModa, int nbCol); split initSearch2(split split, int nObs, int nCol, int numVariable, int *nbModa, int *nbSplits); int nb_ones(int * tab, int n); split nextSplit(split split, int nCol, int * nbModa); split splitData(int ** data, int nbObs, int nbCol, int *nbModa, double threshold) ; void split_R(int *dt, int *no, int *nv, int *nbm, double *thresh, int *bestVar, int *tab, double *dev) ; /*  * Constants  */   #define NR_END 1 #define FREE_ARG char* #define NSTACK 50 #define M 7 #define SWAP(a,b) itemp=(a);(a)=(b);(b)=itemp; #define M_LOG2E 1.44269504088896340736 //log2(e)   /*  * Fonctions accessoires  */   /*  * log en base 2  */ double log2(double x) { return log(x) * M_LOG2E; }   /*  * Gestion de la mÈmoire  */   void nrerror(char error_text[]) /* Numerical Recipes standard error handler */ { fprintf(stderr, "Numerical Recipes run-time error...\n"); fprintf(stderr, "%s\n", error_text); fprintf(stderr, "...now exiting to system...\n"); exit(1); }   int **alloc2ii(int nl, int nc) { /* allocate a double pointer */ int i;   int **tab;     tab = (int **) calloc(nl, sizeof(int *)); assert(tab != NULL); for (i = 0; i < nl; i++) { tab[i] = (int *) calloc(nc, sizeof(int)); assert(tab[i] != NULL); }   return tab; }   void free2ii(int **tab, int nl) { /* liberate a double pointer */ int i;     if (tab != NULL) { for (i = 0; i < nl; i++){ if (tab[i] != NULL) free(tab[i]); } } free(tab); tab = NULL;     }   int *ivector(long nl, long nh) /* allocate an int vector with subscript range v[nl..nh] */ { int *v;   v = (int *) malloc((size_t) ((nh - nl + 1 + NR_END) * sizeof(int))); if (!v) nrerror("allocation failure in ivector()");   return v - nl + NR_END; }   double *dvector(long nl, long nh) /* allocate a double vector with subscript range v[nl..nh] */ { double *v;   v = (double *) malloc((size_t) ((nh - nl + 1 + NR_END) * sizeof(double))); if (!v) nrerror("allocation failure in dvector()");   return v - nl + NR_END; }   void free_ivector(int *v, long nl, long nh) /* free an int vector allocated with ivector() */ { free((FREE_ARG) (v + nl - NR_END)); }   void free_dvector(double *v, long nl, long nh) /* free a double vector allocated with dvector() */ { free((FREE_ARG) (v + nl - NR_END)); }   /*  * Manipulation de matrices  */   void moveLine(int **toEmpty, int **toFill, int nCol, int *nRowsE, int *nRowsF, int lineToMove) { // deplace une ligne de la matrice toEmpty vers la matrice toFill int j;   for (j = 0; j < nCol; j++) { toFill[*nRowsF][j] = toEmpty[lineToMove][j]; toEmpty[lineToMove][j] = toEmpty[*nRowsE - 1][j]; } *nRowsE = *nRowsE - 1; (*nRowsF)++;   }   void moveObservations(int **toEmpty, int **toFill, int nCol, int *nRowsE, int *nRowsF, int modaCritique, int varCritique) { // Deplace de toEmpty vers toFill toutes les observations qui prennet la modaCritique pour la varCritique int i;   for (i = 0; i < *nRowsE; i++) { if (toEmpty[i][varCritique] == modaCritique) { moveLine(toEmpty, toFill, nCol, nRowsE, nRowsF, i); i--; // Comme l'observation nRowsE-1 a pris la place de l'observation i, il faut la tester en tant que nouvelle observation i. } }   }   void afficheMat(int **tab, int nRow, int nCol) { FILE * fic; char *fileout; fileout="merde.txt"; fic = fopen(fileout,"w+"); if (fic == NULL) fprintf(stdout,"Problem accessing output file: %s\n",fileout);   int i, j;   fprintf(fic,"affichage matrice \n"); fprintf(fic,"\n"); for (i = 0; i < nRow; i++) { for (j = 0; j < nCol; j++) { fprintf(fic,"%d", tab[i][j]); fprintf(fic," ; "); } fprintf(fic,"\n"); } fclose(fic);   }   void copyMat(int **original, int **copy, int nobs, int nvar) { int i, j; for (i = 0; i < nobs; i++) { for (j = 0; j < nvar; j++) { copy[i][j] = original[i][j]; } }   }   void copyVect(int *original, int *copy, int nCol) { int i;   for (i = 0; i < nCol; i++) { copy[i] = original[i]; }   }   void afficheVect(int *vect, int nCol) { FILE * fic; char *fileout; fileout="merde.txt"; fic = fopen(fileout,"w+"); if (fic == NULL) fprintf(stdout,"Problem accessing output file: %s\n",fileout);   int j; fprintf(fic,"affichage vecteur \n"); for (j = 0; j < nCol; j++) { fprintf(fic,"%d", vect[j]); fprintf(fic," ; "); } fprintf(fic,"\n"); fclose(fic);   }   /*  * La structure "Split"  */   struct split { // beaucoup de fonctions ont pu etre simplifiees grace a cette structure ! int nCol; int nRowsL; int nRowsR; int *tab; int varCritique; int **left; int **right; double entropyFather; double gainEntropy; int **father; int *nbModaFather; };   split initSplit(int nRows, int nCol, int *nbModa, int **father, int modaCritique) {   split res; int **left; int **right; int *tab;     // allocations memoire left = alloc2ii(nRows, nCol); right = alloc2ii(nRows, nCol); tab = ivector(0, nbModa[modaCritique]);   res.nCol = nCol; res.nRowsL = 0; res.nRowsR = 0; res.tab = tab; res.varCritique = modaCritique; res.left = left; res.right = right; res.gainEntropy = 0.0;   /* Liberation memoire ?   free2ii(left,nRows);   free2ii(right,nRows);   free_ivector(tab,0,nbModa[modaCritique]);   */   return res; }   void free_split(split split) { free2ii(split.left, split.nRowsL); free2ii(split.right, split.nRowsR); free_ivector(split.tab, 0, split.nbModaFather[split.varCritique]); }     void copySplit(split original, split copy) { copy.nRowsL = original.nRowsL; copy.nRowsR = original.nRowsR; copyVect(original.tab, copy.tab, original.nCol); copy.varCritique = original.varCritique; copyMat(original.left, copy.left, original.nRowsL, original.nCol); copyMat(original.right, copy.right, original.nRowsR, original.nCol); copy.entropyFather = original.entropyFather; copy.gainEntropy = original.entropyFather; copy.father = original.father; copyVect(original.nbModaFather, copy.nbModaFather, original.nCol); } /*  * Distance entre deux splits  * Utile pour calculer l'importance des variables  */ double distSplits(split splitRef, split splitMes, int nobs) { double res = 0; int i, id, **pos, nbLRef, nbLMes, nbRRef, nbRMes; nbLRef = splitRef.nRowsL; nbLMes = splitMes.nRowsL; nbRRef = splitRef.nRowsR; nbRMes = splitMes.nRowsR;   pos = alloc2ii(nobs, 2);   /* * Preparation du tableau pos * pos[id][0]=0 (resp 1) si l'ident id est a gauche (resp a droite) pour le split splitRef * pos[id][1]=0 (resp 1) si l'ident id est a gauche (resp a droite) pour le split splitMes */ for (i = 0; i < nbLRef; i++) { id = splitRef.left[i][0]; pos[id][0] = 0; } for (i = 0; i < nbLMes; i++) { id = splitMes.left[i][0]; pos[id][1] = 0; } for (i = 0; i < nbRRef; i++) { id = splitRef.right[i][0]; pos[id][0] = 1; } for (i = 0; i < nbRMes; i++) { id = splitMes.right[i][0]; pos[id][1] = 1; }   /* * Decompte du nombre de predictions communes pour splitRef et splitMes */ int nbGoodPredictions = 0; for (i = 0; i < nobs; i++) { if (pos[i][0] == pos[i][1]) { nbGoodPredictions++; } }   res = nbGoodPredictions / nobs;   // Liberation memoire ? free2ii(pos,nobs);   return res; }   /*  * Calculs de deviance  */   double entropyVariable(int **data, int nObs, int numVar, int nbModa) {   /* Computes entropy of the numVar-th variable in a table of nObs number of lines, nVar number of variables, * nbModa is the number of modalities for the variable numVar. * */   int i;   //int realNbModa; double ent, *freq, sumPlogP, plogP; /* allocation memoire */ freq = dvector(0, nbModa + 1);   // vecteur des frequences des modalites for (i = 0; i < nbModa + 1; i++) { freq[i] = 0; } //realNbModa = 0; sumPlogP = 0.0; for (i = 0; i < nObs; i++) { freq[data[i][numVar]]++; }   for (i = 0; i < nbModa + 1; i++) { freq[i] = freq[i] / nObs;   /* printf("\n i="); printf("%d", i); printf("\n freq[i]= "); printf("%f", freq[i]);*/   if (freq[i] > 0.00001) { plogP = freq[i] * log(freq[i]); // traditionnellement, log2 au lieu de log sumPlogP += plogP;   /* printf("\n plogP = "); printf("%f", plogP); printf("\n sumPlogP = "); printf("%f", sumPlogP);*/   } } ent = -sumPlogP;   /* liberation memoire */ free_dvector(freq, 0, nbModa+1);   return (ent); }   double calcEntropy(int **data, int nObs, int nVar, int *nbModa) {   /* Computes entropy of nObs number of lines, nVar number of variables, nbModa is the vector of the number of modalities. * The first column is considered to be the identifier and not taken into account for computation. * */   int i;   double ent;   ent = 0.0; for (i = 1; i < nVar; i++) // We don't use the first variable which is the ident { ent = ent + entropyVariable(data, nObs, i, nbModa[i]); } return (ent); }   double calcGainEntropy(split split, double entropyFather, int nCol, int *nbModa) { double res;   int nG, nD;   nG = split.nRowsL; nD = split.nRowsR; res = entropyFather - (nG * calcEntropy(split.left, split.nRowsL, nCol, nbModa) + nD * calcEntropy(split.right, split.nRowsR, nCol, nbModa)) / (nG + nD);   /*old version = entropyFather - calcEntropy(currentSplit.left, currentSplit.nRowsL, nbCol, nbModa) - calcEntropy(currentSplit.right, currentSplit.nRowsR, nbCol, nbModa);*/   return res; }   void afficheSplit(split split, int nbModa, int nbCol) { FILE * fic; char *fileout; fileout="merde.txt"; fic = fopen(fileout,"w+"); if (fic == NULL) fprintf(stdout,"Problem accessing output file: %s\n",fileout);   fprintf(fic,"\n Affichage du Split:");   fprintf(fic,"\n var Critique=%d", split.varCritique); fprintf(fic,"\n tableau du Split:"); afficheVect(split.tab, nbModa); fprintf(fic,"\n left:"); afficheMat(split.left, split.nRowsL, nbCol); fprintf(fic,"\n right:"); afficheMat(split.right, split.nRowsR, nbCol); fprintf(fic,"\n gainEntropy=%f \n", split.gainEntropy); fclose(fic); }   /*  * Initialise la recherche du meilleur split pour une variable donnee  */   split initSearch2(split split, int nObs, int nCol, int numVariable, int *nbModa, int *nbSplits) { // prepare left, right, tab and compute nbSplits   int *tab;   int nModa, i;   nModa = nbModa[numVariable]; tab = ivector(0, nModa); *nbSplits = (int) pow((double) 2, (nModa - 1)) - 1; for (i = 1; i < nModa; i++) { tab[i] = 0; } tab[0] = 1; copyVect(tab, split.tab, nModa); split.varCritique = numVariable; copyMat(split.father, split.left, nObs, nCol); split.nRowsL = nObs; split.nRowsR = 0; moveObservations(split.left, split.right, nCol, &(split.nRowsL), &(split.nRowsR), 0, numVariable);   //Liberation memoire ? //free_ivector(tab,0,nModa);     return split; }   /*  * Passage au prochain split selon une variable  */   int nb_ones(int *tab, int n) { /* compte les '1' dans un tableau d'entiers; n=taille du tableau */ int res, i;   res = 0; for (i = 0; i < n; i++) { if (tab[i] == 1) { res++; } } return (res); }   // NextSplit en utilisant la structure split split nextSplit(split split, int nCol, int *nbModa) {   int nbOnes, bitToChange, nModa; nModa = nbModa[split.varCritique]; /* Determine la modalite a changer de cote */ nbOnes = nb_ones(split.tab, nModa); bitToChange = 0; if (nbOnes % 2 != 0) { while (split.tab[bitToChange] == 0) { bitToChange++; } bitToChange++; }   // Retrouve dans quelle direction il faut deplacer des individus int nodeToEmpty = split.tab[bitToChange]; // =0 si on deplace des individus de Left vers Right, 1 sinon if (nodeToEmpty == 0) { moveObservations(split.left, split.right, nCol, &(split.nRowsL), &(split.nRowsR), bitToChange, split.varCritique); /// Attention, bitToChange entier ou valeur de la moda ?! -> Modalites codÈes par des entiers! } else { moveObservations(split.right, split.left, nCol, &(split.nRowsR), &(split.nRowsL), bitToChange, split.varCritique); }   // Met a jour le tableau d'entiers split.tab[bitToChange] = 1 - split.tab[bitToChange];   // Calcule l'entropy split.gainEntropy = calcGainEntropy(split, split.entropyFather, nCol, nbModa);   return split; }   /*  * Fonction principale  */   split splitData(int **data, int nbObs, int nbCol, int *nbModa, double threshold) { /* * trouve le meilleur split du jeu de donnees data, variables nominales, modalites codees 0..n . * premiere colonne = identifiant. * *nbModa vecteur des nb de Moda. * threshold seuil (gain minimal d'entropie pour qu'un split soit retenu) * Solutions: * retourne le split optimal * */       int i, j, nbSplits; double entropyFather, bestGainEntropy, deltaEntropy;   split bestSplit = initSplit(nbObs, nbCol, nbModa, data, 1); split currentSplit = initSplit(nbObs, nbCol, nbModa, data, 1); bestSplit.father = data; bestSplit.entropyFather = calcEntropy(data, nbObs, nbCol, nbModa); currentSplit.father = data; currentSplit.entropyFather = bestSplit.entropyFather;   /* FILE * fic;   char *fileout;   fileout="merde.txt";   fic = fopen(fileout,"w+");   if (fic == NULL) fprintf(stdout,"Problem accessing output file: %s\n",fileout);   fprintf(fic,"\n welcome in splitData!\n "); */ bestGainEntropy = threshold; entropyFather = calcEntropy(data, nbObs, nbCol, nbModa);   for (i = 1; i < nbCol; i++) { // La colonne i=0 est l'identifiant   currentSplit = initSearch2(currentSplit, nbObs, nbCol, i, nbModa, &nbSplits);   deltaEntropy=calcGainEntropy(currentSplit,entropyFather,nbCol,nbModa);   currentSplit.gainEntropy = deltaEntropy;   // code avec souci /* if (deltaEntropy > bestGainEntropy) { afficheVect(currentSplit.tab, nbModa[i]); bestSplit = initSplit(nbObs, nbCol, nbModa, data, i); copySplit(currentSplit, bestSplit); bestGainEntropy = deltaEntropy; } */ //alternative if (deltaEntropy > bestGainEntropy) { //afficheVect(currentSplit.tab, nbModa[i]); copyMat(currentSplit.left, bestSplit.left, currentSplit.nRowsL, nbCol); copyMat(currentSplit.right, bestSplit.right, currentSplit.nRowsR, nbCol); bestSplit.tab = ivector(0, nbModa[i]); copyVect(currentSplit.tab, bestSplit.tab, nbModa[i]);   bestSplit.gainEntropy = deltaEntropy; bestSplit.nRowsL = currentSplit.nRowsL; bestSplit.nRowsR = currentSplit.nRowsR; bestSplit.varCritique = i; bestGainEntropy = deltaEntropy; }   //fin de l'alternative for (j = 1; j < nbSplits; j++) { currentSplit = nextSplit(currentSplit, nbCol, nbModa);   deltaEntropy=calcGainEntropy(currentSplit,entropyFather,nbCol,nbModa); currentSplit.gainEntropy = deltaEntropy; /* fprintf(fic,"\n Essai de split, i=%d, j=%d, gainEnt=%f", i, j, deltaEntropy);   fprintf(fic,"\n tab: \n"); afficheVect(currentSplit.tab, nbModa[i]); fprintf(fic,"\n matrice left: \n"); afficheMat(currentSplit.left, currentSplit.nRowsL, nbCol); fprintf(fic,"\n entropyLeft=%f", calcEntropy(currentSplit.left, currentSplit.nRowsL, nbCol, nbModa)); fprintf(fic,"\n entropyRight=%f", calcEntropy(currentSplit.right, currentSplit.nRowsR, nbCol, nbModa)); fprintf(fic,"\n gainEntropy=%f", deltaEntropy); */ if (deltaEntropy > bestGainEntropy) { afficheVect(currentSplit.tab, nbModa[i]); copyMat(currentSplit.left, bestSplit.left, currentSplit.nRowsL, nbCol); copyMat(currentSplit.right, bestSplit.right, currentSplit.nRowsR, nbCol); bestSplit.tab = ivector(0, nbModa[i]); copyVect(currentSplit.tab, bestSplit.tab, nbModa[i]);   bestSplit.gainEntropy = deltaEntropy; bestSplit.nRowsL = currentSplit.nRowsL; bestSplit.nRowsR = currentSplit.nRowsR; bestSplit.varCritique = i; bestGainEntropy = deltaEntropy; } } } /* fprintf(fic,"\n in splitData, meilleur Split trouve:"); afficheSplit(bestSplit, nbModa[bestSplit.varCritique], nbCol);   fclose(fic);   */   // Renvoie la solution //*gainEntropy = bestSplit.gainEntropy; // =0 si aucun split n'a ete trouve free_split(currentSplit); return (bestSplit); }   /*  * Fonction appelee par R  */   void split_R(int *dt, int *no, int *nv, int *nbm, double *thresh, int *bestVar, int *tab, double *dev) { /* dt data set first column=ident, moda 0...nbm(i)-1 for any variable i. no number of observations nv number of variables nbm vector of number of categories thresh threshold   RESULTS: bestVar index of the best variable. tab Coordinate for optimal split: tab[i]=0 if obs with bestVar=moda i goes to left node, =1 otherwise. dev deviance */   int i, j, nobs, nvar; int **data; double threshold; split bestSplit;   nvar = *nv; nobs = *no; threshold = *thresh;   // Rprintf("Hello, nbmod first var= %d \n",nbmod[1]); // fprintf(stdout,"Number of observations : %d\n",nobs); // fprintf(stdout,"Number of variables : %d\n",nvar);   data = alloc2ii(nobs, nvar); /* contient les donnees dans le format matriciel*/ bestSplit = initSplit(nobs, nvar, nbm, data, 1);   /* les donnees en format matriciel */ for (i = 0; i < nobs; i++) for (j = 0; j < nvar; j++) data[i][j] = dt[j * nobs + i];   bestSplit = splitData(data, nobs, nvar, nbm, threshold);   // Results *bestVar = bestSplit.varCritique; copyVect(bestSplit.tab, tab, nvar); *dev = bestSplit.gainEntropy;   //Liberation memoire free2ii(data, nobs); free_split(bestSplit); }

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Vu la taille cela risque de freiner beaucoup de monde mais je remercie d'avance ceux qui prendront le temps de lire et de m'éclairer.

Il y a deux soucis avec ta requête :

1. le code est en effet beaucoup trop long ;
2. on ne peut pas le tester.

Commente tout et décommente progressivement jusqu'à ce que le dysfonctionnement se manifeste, ce afin d'isoler les sections qui sont en cause.

En fait dans tout le code que j'ai mis il y a une seule fonction utilisée par R, la fonction split_R qui se trouve à la fin. Cependant dans cette fonction je fais appel à la fonction principale du code C, la fonction splitData qui elle utilise toutes les autres fonctions plus haut ...

Je n'ai pas mis le code R parce que je me trouve sur le forum C mais le voici :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160

split.node2<-function (xx, N, crit0 = "anova") { if (mode(xx) != "character") { #if (!is.loaded("cubt")) #library.dynam("cubt", "cubt", lib.loc = .libPaths()) n1 = as.integer(ncol(xx)) n2 = as.integer(nrow(xx)) if (crit0 == "anova") n3 = 0 else n3 = length(unique(as.vector(xx))) res1 = as.double(numeric(1)) res2 = as.integer(numeric(1)) res3 = as.double(numeric(1)) res = .C("split_R", as.double(as.matrix(xx)), n2, n1, as.integer(n3), res1, res2, res3) res1 = res[[5]] res2 = res[[6]] res3 = res[[7]] out = list(var = paste("x", res2, sep = ""), n = n2, dev = res3, yval = "", splits.cutleft = paste("<", signif(res1, 4), sep = ""), splits.cutright = paste(">", signif(res1, 4), sep = ""), coord = res2, seuil = res1) } else { critmax = 0 nbm = as.integer(lapply(lapply(as.data.frame(xx),unique),length)) id = seq(0,nrow(xx)-1,1) mat<-matrix(as.integer(xx),ncol=ncol(xx)) mat = cbind(id,mat) n1 = as.integer(ncol(mat)) n2 = as.integer(nrow(mat)) nnn = as.double(numeric(1)) bestVar = as.integer(numeric(1)) dev = as.double(numeric(1)) tab = integer(max(nbm)) seuil = as.double(numeric(1)) #print(c(n2, n1, nbm, seuil, bestVar, tab, dev)) #print(as.integer(as.matrix(mat))) res = .C("split_R", as.integer(as.matrix(mat)), n2, n1, nbm, seuil, bestVar, tab, dev) bestVar = res[[6]] tab = res[[7]] dev = res[[8]] # Recuperer les modalites de la meilleure var # print(bestVar) mod = sort(unique(xx[, bestVar])) # Recuperer les modalites de gauche # mod.l = mod[which(tab == 1)]   out = list(var = paste("x", bestVar, sep = ""), n = nrow(xx), dev = dev, yval = "", splits.cutleft = paste(" in {", paste(mod.l, collapse = " "), "}", sep = ""), splits.cutright = paste(" not in {", paste(mod.l, collapse = " "), "}", sep = ""), coord = bestVar, seuil = mod.l) } out }   gendata2=function (model = 1, ncl = 3, n = 100, dim = 9, et = 0.2, disp = TRUE, graph = FALSE) { Don = NULL if (model == 1) { ncl = 3 if (disp == T) { p = matrix(0.05, ncol = 5, nrow = 5) diag(p) = 0.8 p = p[c(-2, -4), ] } else { p = matrix(0.15, ncol = 5, nrow = 5) diag(p) = 0.4 p = p[c(-2, -4), ] } for (j in 1:ncl) { Don1 = NULL for (jj in 1:dim) Don1 = cbind(Don1, sample(1:5, floor(n/ncl), prob = p[j, ], replace = TRUE)) Don = rbind(Don, cbind(rep(j, floor(n/ncl)), Don1)) } } if (model == 2) { ncl = 4 eff.cl = floor(n/ncl) tout = 1:4 pair = c(2, 4) impair = c(1, 3) y = rep(1:4, each = eff.cl) x1 = x2 = x3 = rep(NA, n) x1[y == 1] = sample(impair, eff.cl, r = T) x1[y == 2] = sample(impair, eff.cl, r = T) x1[y == 3] = sample(pair, eff.cl, r = T) x1[y == 4] = sample(pair, eff.cl, r = T) x2[y == 1] = sample(impair, eff.cl, r = T) x2[y == 2] = sample(pair, eff.cl, r = T) x2[y == 3] = sample(tout, eff.cl, r = T) x2[y == 4] = sample(tout, eff.cl, r = T) x3[y == 1] = sample(tout, eff.cl, r = T) x3[y == 2] = sample(tout, eff.cl, r = T) x3[y == 3] = sample(impair, eff.cl, r = T) x3[y == 4] = sample(pair, eff.cl, r = T) Don = cbind(y, x1, x2, x3) if (disp == F) { Don = cbind(Don, matrix(sample(1:4, 6 * nrow(Don), r = T), ncol = 6)) dim = 9 } else dim = 3 } if (model == 3) { p = c(0.8, 0.2) ncl = 4 eff.cl = floor(n/ncl) tout = 1:4 pair = c(2, 4) impair = c(1, 3) y = rep(1:4, each = eff.cl) x1 = x2 = x3 = rep(NA, n) x1[y == 1] = sample(impair, eff.cl, r = T, prob = p) x1[y == 2] = sample(impair, eff.cl, r = T, prob = p) x1[y == 3] = sample(pair, eff.cl, r = T, prob = p) x1[y == 4] = sample(pair, eff.cl, r = T, prob = p) x2[y == 1] = sample(impair, eff.cl, r = T, prob = p) x2[y == 2] = sample(pair, eff.cl, r = T, prob = p) x2[y == 3] = sample(tout, eff.cl, r = T) x2[y == 4] = sample(tout, eff.cl, r = T) x3[y == 1] = sample(tout, eff.cl, r = T) x3[y == 2] = sample(tout, eff.cl, r = T) x3[y == 3] = sample(impair, eff.cl, r = T, prob = p) x3[y == 4] = sample(pair, eff.cl, r = T, prob = p) Don = cbind(y, x1, x2, x3) if (disp == F) { Don = cbind(Don, matrix(sample(1:4, 6 * nrow(Don), r = T), ncol = 6)) dim = 9 } else dim = 3 } Don = data.frame(Don) colnames(Don) = c("y", paste("x", 1:dim, sep = "")) if (graph) boxplot(rowSums(Don[, -1]) ~ Don$y) Don }     miseEnFormeNominal<-function(x){ x<-as.matrix(x) for (i in 1:ncol(x)) { x[,i]<-as.character(x[,i]) } return (x) }   dyn.load(file.choose()) # choisir le fichier .dll ou .so selon l'environnement de travail   Don=gendata2(model=2,dim=3) Don=miseEnFormeNominal(Don[,-1])   split.node2(Don,nrow(Don),crit0="entropy")

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Pour les personnes qui souhaitent tester le code il faut au préalable compiler le code C en utilisant la commande R CMD SHLIB nomfichier.c puis lancer le script R.


Les fonctions qui gèrent l'allocation de mémoire et la libération de mémoire vous semble-t-elle bonnes ?

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71

#define NR_END 1 #define FREE_ARG char* int **alloc2ii(int nl, int nc) { /* allocate a double pointer */ int i;   int **tab;     tab = (int **) calloc(nl, sizeof(int *)); assert(tab != NULL); for (i = 0; i < nl; i++) { tab[i] = (int *) calloc(nc, sizeof(int)); assert(tab[i] != NULL); }   return tab; }   void free2ii(int **tab, int nl) { /* liberate a double pointer */ int i;     if (tab != NULL) { for (i = 0; i < nl; i++){ if (tab[i] != NULL) free(tab[i]); } } free(tab); tab = NULL;     }   int *ivector(long nl, long nh) /* allocate an int vector with subscript range v[nl..nh] */ { int *v;   v = (int *) malloc((size_t) ((nh - nl + 1 + NR_END) * sizeof(int))); if (!v) nrerror("allocation failure in ivector()");   return v - nl + NR_END; }   double *dvector(long nl, long nh) /* allocate a double vector with subscript range v[nl..nh] */ { double *v;   v = (double *) malloc((size_t) ((nh - nl + 1 + NR_END) * sizeof(double))); if (!v) nrerror("allocation failure in dvector()");   return v - nl + NR_END; }   void free_ivector(int *v, long nl, long nh) /* free an int vector allocated with ivector() */ { free((FREE_ARG) (v + nl - NR_END)); }   void free_dvector(double *v, long nl, long nh) /* free a double vector allocated with dvector() */ { free((FREE_ARG) (v + nl - NR_END)); }

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Ce que je veux dire c'est que comme on ne peut exécuter ton programme sans les dépendances, il faut forcément se taper tout ou partie des 750 lignes du wall of code et que comme tu t'en es douté ça ne fait bander personne. ;)


Trois remarques cela dit sur tes routines de gestion mémoire citées ci-avant :

• return v - nl + NR_END; WAT?! pour quelle raison ne renvoies-tu pas directement l'adresse du bloc alloué ? Pourquoi cette arithmétique ici, sur l'adresse originelle ? Ça ressemble fortement à un recipe for disaster.
• Pourquoi ce cast (inutile et inquiétant) sur les arguments de tes free ?
• Ne caste jamais la valeur de retour de *alloc en langage C.

Corrige déjà cela. Le reste me semble ok et tu vérifies le résultat de tes opérations d'allocation, ce qui est sage.

D'accord je vais corriger ça mais les fonctions ivector, dvector, free_ivector, free_dvector ont été créées par mon prof en fait.