Etape de croisement dans un algorithme génetique

Bonjour
je vais détailler ma problème,s'il vous plait aider moi car la fonction croisement_deux ne marche pas
voici mon code:

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18

class individu: def __init__ (self,nombre_genes,random=-1): self.genes = [] self.nombre_genes = nombre_genes if random == -1 : self.get_random () """         random : initialise aleatoirement les genes         """ def get_random (self): self.genes=np.zeros(self.nombre_genes) for i in range(4): while True: j=random.randint(0,(self.nombre_genes-1)) if self.genes[j] == 0: break self.genes[j]=1     return self.genes

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maintenant,aprés une étape de sélection ,je veux faire le croisement entre deux individus par exemple i1 et i2 dans un autre classe population

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18

class population:   def __init__(self,nombre_genes,nombre_initial_population=25): self.nombre_genes=nombre_genes self.individus=[] self.nombre_initial_population=nombre_initial_population for v in range(self.nombre_initial_population): self.individus.append(individu(nombre_genes)) def croisement_deux (self , i1 , i2,l): a = l / 2 children=[] father=i1.get_random() mother=i2.get_random() child1=father[:a]+mother[a:] children.append(child1) child2=mother[:a]+father[a:] childrens.append(child2) return children

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dans le programme principal,j'écris

Code:

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1 2 3 4

i1=individu(10) i2=individu(10) p=population(10,25) print p.croisement_deux (i1,i2,10)

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exemple
i1=[0 .1 .0 .1 .1. /0. 0. 1 .0 .0] et i2=[0 .1 .1 .0 .0/. 0. 0. 1 .1.0]
child1=[0 .1 .0 .1 .1. 0. 0. 1 .1 .0] et child2=[0 .1 .1 .0 .0.0. 0. 1 .0 .0]
Merci d'avance

Salut,

A mon humble avis il y a un problème de conception. Si je comprends bien l'exemple fourni, le croisement entre deux individus revient à créer deux enfants, le premier héritant de la première moitié du code génétique (ici les 0,1) d'un parent et la seconde moitié du second parent, tandis que le deuxième enfant hérite de la seconde moitié du premier parent et la première moitié du second parent. Pourquoi pas. Le problème immédiat c'est que:

Code:

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child1=father[:a]+mother[a:]

---

father et mother sont des objets Individu et non des listes. Utiliser le slicing ([:a]) ne doit pas fonctionner sauf si implémenté dans la classe Individu. Ensuite child ne doit pas être une liste mais une instance d'Individu..

Il y a d'autres problèmes (notamment le slicing avec une variable a=l/2 qui peut ne pas être un entier ici et qui est bien sûr prohibé). Et pourquoi régénéré le code génétique des parents en faisant i1.get_random()? ça n'a pas de sens.

Il faut à mon sens retravailler la classe Individu. Elle devrait soit avoir une méthode pour croiser deux individus, soit accepter un code génétique en paramètre. Il devrait y avoir aussi une méthode retournant le code génétique sous une forme ou une autre (pourquoi pas une liste). Il serait aussi possible de pousser plus loin le mimétisme avec un vrai organisme vivant: le code génétique (les 0s et 1s) pourrait être regroupés en "allèles" ce qui faciliterait les croisements.

Ju

Citation:

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Envoyé par Julien N

Salut,

A mon humble avis il y a un problème de conception. Si je comprends bien l'exemple fourni, le croisement entre deux individus revient à créer deux enfants, le premier héritant de la première moitié du code génétique (ici les 0,1) d'un parent et la seconde moitié du second parent, tandis que le deuxième enfant hérite de la seconde moitié du premier parent et la première moitié du second parent. Pourquoi pas. Le problème immédiat c'est que:

Code:

---

child1=father[:a]+mother[a:]

---

father et mother sont des objets Individu et non des listes. Utiliser le slicing ([:a]) ne doit pas fonctionner sauf si implémenté dans la classe Individu. Ensuite child ne doit pas être une liste mais une instance d'Individu..

Il y a d'autres problèmes (notamment le slicing avec une variable a=l/2 qui peut ne pas être un entier ici et qui est bien sûr prohibé). Et pourquoi régénéré le code génétique des parents en faisant i1.get_random()? ça n'a pas de sens.

Il faut à mon sens retravailler la classe Individu. Elle devrait soit avoir une méthode pour croiser deux individus, soit accepter un code génétique en paramètre. Il devrait y avoir aussi une méthode retournant le code génétique sous une forme ou une autre (pourquoi pas une liste). Il serait aussi possible de pousser plus loin le mimétisme avec un vrai organisme vivant: le code génétique (les 0s et 1s) pourrait être regroupés en "allèles" ce qui faciliterait les croisements.

Ju

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merci beaucoup

Citation:

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Envoyé par Julien N

Le problème immédiat c'est que:

Code:

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child1=father[:a]+mother[a:]

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father et mother sont des objets Individu et non des listes. Utiliser le slicing ([:a]) ne doit pas fonctionner sauf si implémenté dans la classe Individu. Ensuite child ne doit pas être une liste mais une instance d'Individu..

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father et mother sont fabriqués par i1.get_random() et i2.get_random() qui retournent des tableaux numpy:

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8

def get_random (self): self.genes=np.zeros(self.nombre_genes) for i in range(4): while True: j=random.randint(0,(self.nombre_genes-1)) if self.genes[j] == 0: break self.genes[j]=1 return self.genes

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Ceci dit la somme de tableau numpy de longueur N, c'est un tableau de longueur N ou a été fait la somme de chaque élément:

Code:

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1 2 3 4 5 6

>>> b = np.ones(5) >>> a = np.ones(5) array([ 1., 1., 1.]) >>> a[:3] + b[:3] array([ 2., 2., 2.]) >>>

---

=> Ce n'est pas la concaténation de 2 tableaux comme montré dans le post initial:

Code:

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1 2	i1=[0 .1 .0 .1 .1. /0. 0. 1 .0 .0] et i2=[0 .1 .1 .0 .0/. 0. 0. 1 .1.0] child1=[0 .1 .0 .1 .1. 0. 0. 1 .1 .0] et child2=[0 .1 .1 .0 .0.0. 0. 1 .0 .0]

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Dire:

Citation:

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Envoyé par zeinab ali

Bonjour
je vais détailler ma problème,s'il vous plait aider moi car la fonction croisement_deux ne marche pas
voici mon code:

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sans expliquer ce qui ne fonctionne pas ni poster un code qui permette de reproduire quoi que ce soit ne va pas aider.

note: en plus le code doit planter:

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

def croisement_deux (self , i1 , i2,l): a = l / 2 children=[] father=i1.get_random() mother=i2.get_random() child1=father[:a]+mother[a:] children.append(child1) child2=mother[:a]+father[a:] childrens.append(child2) return children

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à cause du "s" qui traîne dans certains children.

- W

Citation:

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Envoyé par wiztricks

father et mother sont fabriqués par i1.get_random() et i2.get_random() qui retournent des tableaux numpy:

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8

def get_random (self): self.genes=np.zeros(self.nombre_genes) for i in range(4): while True: j=random.randint(0,(self.nombre_genes-1)) if self.genes[j] == 0: break self.genes[j]=1 return self.genes

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Ceci dit la somme de tableau numpy de longueur N, c'est un tableau de longueur N ou a été fait la somme de chaque élément:

Code:

---

1 2 3 4 5 6

>>> b = np.ones(5) >>> a = np.ones(5) array([ 1., 1., 1.]) >>> a[:3] + b[:3] array([ 2., 2., 2.]) >>>

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=> Ce n'est pas la concaténation de 2 tableaux comme montré dans le post initial:

Code:

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1 2	i1=[0 .1 .0 .1 .1. /0. 0. 1 .0 .0] et i2=[0 .1 .1 .0 .0/. 0. 0. 1 .1.0] child1=[0 .1 .0 .1 .1. 0. 0. 1 .1 .0] et child2=[0 .1 .1 .0 .0.0. 0. 1 .0 .0]

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Dire:


sans expliquer ce qui ne fonctionne pas ni poster un code qui permette de reproduire quoi que ce soit ne va pas aider.

note: en plus le code doit planter:

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

def croisement_deux (self , i1 , i2,l): a = l / 2 children=[] father=i1.get_random() mother=i2.get_random() child1=father[:a]+mother[a:] children.append(child1) child2=mother[:a]+father[a:] childrens.append(child2) return children

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à cause du "s" qui traîne dans certains children.

- W

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Merci bien mais ma probléme n'est pas résolue.
j'ai essayé le maximum de résoudre mes erreurs seul mais j'ai echoué ,S'il vous plait ,pouvez vous m'aider
je vais détailler plus:

voici mon code:

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16

class individu: def __init__ (self,nombre_genes,random=-1,genes=[]): self.genes = [] self.nombre_genes = nombre_genes if random == -1 : self.get_random (genes) """         random : initialise aleatoirement les genes         """ def get_random (self,s): self.genes=s self.genes=np.zeros(self.nombre_genes) for i in range(4): while True: j=random.randint(0,(self.nombre_genes-1)) if self.genes[j] == 0: break self.genes[j]=1

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mon But est de faire croiser deux individus de cette classe par exemple i1=[1.0.0.1.0/.0.1.1.0.0] et i2=[0.1.0.1.0/.0.1.0.1.0.] donc child=1er moitie de i1 et 2eme moitié pour i2
child=[1.0.0.1.0.0.1.0.1.0.]
Dans une autre classe population,j'écris le code de fonction croisement

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20

class population:   def __init__(self,nombre_genes,nombre_initial_population=25): self.nombre_genes=nombre_genes self.individus=[] self.nombre_initial_population=nombre_initial_population for v in range(self.nombre_initial_population): self.individus.append(individu(nombre_genes)) def croisement_deux (self , i1 , i2): i = individu (self.nombre_genes) l = len(i1.genes) a = l / 2 first_segment = i1.genes[:a] last_segment = [] for i in range(len(i2.genes)) : if i2.genes[i] not in first_segment : last_segment.append(i2.genes[i]) i.genes=last_segment+first_segment   return i

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mais j'ai l'erreur suivant:i.genes=last_segment+first_segment
value error=operand could not broad cast together with shape (0,)et (5,0),je sais que cette erreur veut dire que les deux listes n'ont pas la même dimension mais je sais pas comment le résoudre.
Merci beaucoup d'avance

Salut,

Citation:

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Envoyé par zeinab ali

mais j'ai l'erreur suivant:i.genes=last_segment+first_segment
value error=operand could not broad cast together with shape (0,)et (5,0),je sais que cette erreur veut dire que les deux listes n'ont pas la même dimension mais je sais pas comment le résoudre.

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Si vous pensez listes pourquoi utiliser des array numpy?
concaténer des listes de taille différentes se fait très bien:

Code:

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1 2 3

>>> [0, 0, 0] + [1,1] [0, 0, 0, 1, 1] >>>

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- W

Citation:

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Envoyé par wiztricks

Salut,



Si vous pensez listes pourquoi utiliser des array numpy?
concaténer des listes de taille différentes se fait très bien:

Code:

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1 2 3

>>> [0, 0, 0] + [1,1] [0, 0, 0, 1, 1] >>>

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- W

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salut,
en fait,la valeur retournée par la fonction get_random() est de type array numpy
mais first_segment et last_segment sont des listes
pour verifier ca ,lorsque j'ecris

Code:

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1 2 3

a=last_segment.tolist() b=first_segment.tolist() i.genes=a+b

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j'ai cette message:Attribute error:'list' object has no attribute 'tolist'

Citation:

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Envoyé par zeinab ali

salut,
en fait,la valeur retournée par la fonction get_random() est de type array numpy
mais first_segment et last_segment sont des listes
pour verifier ca ,lorsque j'ecris

Code:

---

1 2 3

a=last_segment.tolist() b=first_segment.tolist() i.genes=a+b

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j'ai cette message:Attribute error:'list' object has no attribute 'tolist'

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Dans le dernier code que vous avez posté last_segment est une liste mais first_segment est toujours un array numpy.
Je vous ai demandé pourquoi utiliser un array numpy alors que vous n'avez besoin que de listes: vous répondez à côté.

Si vous voulez qu'on vous aide, il faut qu'on puisse comprendre. Et pour comprendre, il faut pouvoir reproduire.
Donc postez un code permettant de reproduire l'erreur et l'erreur remontée par Python (qui donne le numéro de ligne où çà pète)...

- W

Bonjour,

vous pouvez faire ça :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

n=len(i1)=len(i2) i1=[0 .1 .0 .1 .1. 0. 0. 1 .0 .0] i2=[0 .1 .1 .0 .0. 0. 0. 1 .1. 0] child1=[] child2=[]   for i in range(0, int(n/2)): child1.append(i1(i))   for i in range( int(n/2), len(i2)): child1.append(i2(i))

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et pour le child2 c'est la meme chose

Citation:

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Envoyé par hichem0550

Bonjour,

vous pouvez faire ça :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

n=len(i1)=len(i2) i1=[0 .1 .0 .1 .1. 0. 0. 1 .0 .0] i2=[0 .1 .1 .0 .0. 0. 0. 1 .1. 0] child1=[] child2=[]   for i in range(0, int(n/2)): child1.append(i1(i))   for i in range( int(n/2), len(i2)): child1.append(i2(i))

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et pour le child2 c'est la meme chose

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Merci bien
aprés l'exécution de votre code j'ai l'erreur suivant:
child1.append(i1(i))
Attribute Error:individu instance has no_call_method

Citation:

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Envoyé par zeinab ali

aprés l'exécution de votre code j'ai l'erreur suivant:
child1.append(i1(i))
Attribute Error:individu instance has no_call_method

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Si vous postiez un code qui fonctionne plutôt que le copie&coller de bouts de code, cela permettrait aux débutants qui essaient de vous aider de vérifier/tester leur code avant de vous le proposer. Relisez le code: la première instruction (n=len(i1)=len(i2)) c'est déjà n'importe quoi.

- W

Citation:

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Envoyé par wiztricks

Si vous postiez un code qui fonctionne plutôt que le copie&coller de bouts de code, cela permettrait aux débutants qui essaient de vous aider de vérifier/tester leur code avant de vous le proposer. Relisez le code: la première instruction (n=len(i1)=len(i2)) c'est déjà n'importe quoi.

- W

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Bonjour,

Mais j'ai écrit le code sous Format algorithmique, voici la syntaxe pour python:

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16

i1=[0, 1 ,0 ,1 ,1, 0, 0, 1 ,0 ,0] i2=[0 ,1 ,1 ,0 ,0, 0, 0, 1 ,1, 0] n=len(i1)   child1=[] child2=[]   for i in range(0, int(n/2)): child1.append(i1[i])     for i in range( int(n/2), len(i2)): child1.append(i2[i])   print child1

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et vous fait la même chose pour child2.

Citation:

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Envoyé par wiztricks

Si vous postiez un code qui fonctionne plutôt que le copie&coller de bouts de code, cela permettrait aux débutants qui essaient de vous aider de vérifier/tester leur code avant de vous le proposer. Relisez le code: la première instruction (n=len(i1)=len(i2)) c'est déjà n'importe quoi.

- W

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Merci pour vos remarques.
en fait,j'ai modifié une peu le code donné par ca

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16

def croisement_deux (self , i1 , i2): children=[] child1=[] child2=[] n=len(i1.genes) for i in range(0, int(n/2)): child1.append(i1(i)) for i in range( int(n/2), len(i2)): child1.append(i2(i)) children.append(child1) for i in range(0, int(n/2)): child2.append(i2(i)) for i in range( int(n/2), len(i2)): child2.append(i1(i)) children.append(child2) return children

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mais jusqu'à maintenant j'ai pas réussi de faire le croisement
je sais pas comment je vais vous renseigner mes erreurs qui se trouve dans l'invite de commande,je suis obligé de les écrire
j'ai toujours le même erreur
child1.append(i1(i))
Attribute Error:individu instance has no_call_method

Citation:

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Envoyé par zeinab ali

Merci pour vos remarques.
en fait,j'ai modifié une peu le code donné par ca

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16

def croisement_deux (self , i1 , i2): children=[] child1=[] child2=[] n=len() for i in range(0, int(n/2)): child1.append(i1(i)) for i in range( int(n/2), len(i2)): child1.append(i2(i)) children.append(child1) for i in range(0, int(n/2)): child2.append(i2(i)) for i in range( int(n/2), len(i2)): child2.append(i1(i)) children.append(child2) return children

---

mais jusqu'à maintenant j'ai pas réussi de faire le croisement
je sais pas comment je vais vous renseigner mes erreurs qui se trouve dans l'invite de commande,je suis obligé de les écrire
j'ai toujours le même erreur
child1.append(i1(i))
Attribute Error:individu instance has no_call_method

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Mais c'est quoi i1.genes

Citation:

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Envoyé par hichem0550

Mais c'est quoi i1.genes

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Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19

class individu: def __init__ (self,nombre_genes,random=-1,genes=[]): self.genes = [] self.nombre_genes = nombre_genes if random == -1 : self.get_random (genes) """         random : initialise aleatoirement les genes         """ def get_random (self,s): self.genes=s self.genes=np.zeros(self.nombre_genes) for i in range(4): while True: j=random.randint(0,(self.nombre_genes-1)) if self.genes[j] == 0: break self.genes[j]=1     return self.genes

---

i1.genes(=self.genes) dans le code ci-dessus est le tableau qui contient les genes d'un individu i1.genes=[0 .1 .0 .1 .1. 0. 0. 1 .0 .0]
Merci d'avance

Citation:

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Envoyé par zeinab ali

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19

class individu: def __init__ (self,nombre_genes,random=-1,genes=[]): self.genes = [] self.nombre_genes = nombre_genes if random == -1 : self.get_random (genes) """         random : initialise aleatoirement les genes         """ def get_random (self,s): self.genes=s self.genes=np.zeros(self.nombre_genes) for i in range(4): while True: j=random.randint(0,(self.nombre_genes-1)) if self.genes[j] == 0: break self.genes[j]=1     return self.genes

---

i1.genes(=self.genes) dans le code ci-dessus est le tableau qui contient les genes d'un individu i1.genes=[0 .1 .0 .1 .1. 0. 0. 1 .0 .0]
Merci d'avance

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Vous avez fait child1.append(i1(i))

Remplacez () par [] dans la fonction append

Vous pouvez voir ça et l'exécuter à part :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28

i11=[0, 1 ,0 ,1 ,1, 0, 0, 1 ,0 ,0] i22=[0 ,1 ,1 ,0 ,0, 0, 0, 1 ,1, 0]     def croisement_deux (i1 , i2): children=[] child1=[] child2=[] n=len(i1) for i in range(0, int(n/2)): child1.append(i1[i])   for i in range( int(n/2), len(i2)): child1.append(i2[i])   for i in range(0, int(n/2)): child2.append(i2[i])   for i in range(int(n/2), len(i2)): child2.append(i1[i])     return child1, child2     print croisement_deux(i11, i22)

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Citation:

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Envoyé par hichem0550

Vous avez fait child1.append(i1(i))

Remplacez () par [] dans la fonction append

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lorsque je remplace () par []
j'ai cet erreur
child1.append(i1[i])
Attribute Error:individu instance has no attribute '_getitem_'
j'ai pas compris ces erreurs

Citation:

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Envoyé par hichem0550

Vous pouvez voir ça et l'exécuter à part :

Code:

---

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28

i11=[0, 1 ,0 ,1 ,1, 0, 0, 1 ,0 ,0] i22=[0 ,1 ,1 ,0 ,0, 0, 0, 1 ,1, 0]     def croisement_deux (i1 , i2): children=[] child1=[] child2=[] n=len(i1) for i in range(0, int(n/2)): child1.append(i1[i])   for i in range( int(n/2), len(i2)): child1.append(i2[i])   for i in range(0, int(n/2)): child2.append(i2[i])   for i in range(int(n/2), len(i2)): child2.append(i1[i])     return child1, child2     print croisement_deux(i11, i22)

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oui ,j'ai fait ça appart dans le python shell mais je sais pas pourquoi il ne fonctionne pas le fichier sim.py
lorsque j'écris:

Code:

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1 2 3 4

a=algo_gen.individu(10) b=algo_gen.individu(10) p = algo_gen.population (10,25) print p.croisement_deux(a,b)

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Citation:

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Envoyé par zeinab ali

oui ,j'ai fait ça appart dans le python shell mais je sais pas pourquoi il ne fonctionne pas le fichier sim.py
lorsque j'écris:

Code:

---

1 2 3 4

a=algo_gen.individu(10) b=algo_gen.individu(10) p = algo_gen.population (10,25) print p.croisement_deux(a,b)

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---

dis moi c'est quoi a, b

le résultat de p ?