Changer la baseref des liens dans javascript

Bonjour,

Dans un site, j'ai une iframe ou j'affiche des pages webs hors domaine réclamé par l'utilisateur (s'il veut naviguer sur les sites de ces contacts)...
Avant d'afficher ces pages, je fait un traitement sur ces pages puis je les affiches
En gros, j'appelle une page de mon appli (en .net) avec comme parametre l'url de la page demandé
Dans ma page sur mon serveur, je charge le HTML de la page demandé et je rajoute un javascript pour que tous les liens appelé sur la page soit transformé avec un target='self' et le href='http://www.mondomaine.com?u=url_de_la_page_demandé'
Je rajoute une balise 'base' dans le head pour spécifier que la base reste bien l'url du site.
Cela fonctionne bien pour les liens, certaines images

J'ai un soucis quand, dans le javascript de la page, l'utilisateur utilise des liens relatifs...
Ces liens ne font pas référence à la page de l'utilisateur mais à ma page...

Il y a t'il moyen de redéfinir la racine du site de référence pour le javascript (pas de jquery possible)

Par avance, merci
Sylo