Analyse RNA-seq une seul condition

Bonjour,

Je sais qu'on parle beaucoup programmation sur ce forum, mais j'ai une question d'un tout autre ordre. Voilà j'ai fait une analyse de donnée RNA-seq avec TopHat et Cufflinks sur mon transcriptome et j'ai récupéré les FPKMs de chaques contigs.

Souvent dans les publications, je lis qu'ils font une analyse avec Deseq, cummeRbund etc. pour connaitre l'expression différentielle des gènes selon la condition expérimentale. Le problème, c'est que ce n'est pas mon but, j'aimerais juste savoir qu'elle sont les gènes les plus exprimés dans une seule condition.

Ma question est est ce que je peux faire une analyse de statistique exploratoire avec une condition comme une ACP (ou autre) pour voir les contigs les plus exprimés et avec quel logiciel, programme ?

Merci de votre aide !!

Bonjour,

ce post a un rapport avec la programmation en Perl? Si oui, lequel?

En tout cas, désolé, je ne suis pas biologiste et je ne comprends pas un traître mot de ce que tu racontes. :aie:

Non ça n'a rien à voir avec du langage perl ... C'était pour avoir une avis comme vous faites de la bioinformatique =). Je me suis dit qu'on pouvez quand même m'aider ! :mouarf: