Package required but not available: 'Rcpp'

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Bonjour,
je suis développeur depuis 4 ans mais là je galère vraiment pour réussir à compiler du code C++ sous R alors que c'est juste une erreur d'include de library.
Voici mon erreur quand je check mon build:
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 * using log directory 'C:/Users/Matthieu HERNANDEZ/Desktop/cours M1/TER/projet_Qt/testFour/..Rcheck' * using R version 3.2.2 (2015-08-14) * using platform: x86_64-w64-mingw32 (64-bit) * using session charset: ISO8859-1 * checking for file './DESCRIPTION' ... OK * checking extension type ... Package * this is package 'testFour' version '1.0' * checking package namespace information ... OK * checking package dependencies ... ERROR Package required but not available: 'Rcpp' See section 'The DESCRIPTION file' in the 'Writing R Extensions' manual. * DONE Status: 1 ERROR
Pourtant j'ai bien installé le pakage Rcpp sous RStudio mais on dirait qu'il ne le trouve pas, cela à l'air de marcher si je change de library du genre FactoMineR.
Et j'ai bien mit Imports: Rcpp (>= 0.12.3) dans le fichier DESCRIPTION et import(Rcpp) dans le fichier NAMESPACE.
Je galère là-dessus depuis plus d'une semaine et ça m'embête, surtout que je fais ça dans le cadre de mon master en informatique.
Pourriez-vous m'aider ?

Merci d'avance.
Matthieu

1 pièce(s) jointe(s)

Bonjour,
Citation:
Envoyé par Matthieu76
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 # ... * checking package dependencies ... ERROR Package required but not available: 'Rcpp' See section 'The DESCRIPTION file' in the 'Writing R Extensions' manual. * DONE Status: 1 ERROR
[...] Et j'ai bien mit Imports: Rcpp (>= 0.12.3) dans le fichier DESCRIPTION et import(Rcpp) dans le fichier NAMESPACE [...]
RShowDoc("R-exts"), pp. 104-5 :

Citation:

5.4.2 Linking to native routines in other packages
A package that wishes to make use of header files in other packages needs to declare them as a comma-separated list in the field ‘LinkingTo’ in the DESCRIPTION file. This then arranges that the include directories in the installed linked-to packages are added to the include paths for C and C++ code. It must specify⁴ ‘Imports’ or ‘Depends’ of those packages, for they have to be loaded⁵ prior to this one (so the path to their compiled code has been registered).
_
⁴ whether or not ‘LinkingTo’ is used.
⁵ so there needs to be a corresponding import or importFrom entry in the NAMESPACE file.

Selon cet extrait, il vous manque

dans DESCRIPTION, le champ LinkingTo: Rcpp ;
dans NAMESPACE, une bonne spécification de ce dont vous avez besoin de Rcpp, en l’occurrence importFrom(Rcpp,sourceCpp).

Ces remarques seront valides seulement si les autres facettes de l'utilisation du C+++ dans un paquet sont bien gérées, notamment :

la création sans erreur des fichiers RcppExports.cpp et RcppExports.R ;
le cas échéant, une bonne gestion de l'export des membres définis en C++ ;
.onUnload, etc.

Si vous ne l'utilisez déjà, devtools est un outil impeccable pour automatiser ce genre de tâches. Le paquet va bien avec le bouquin de son mainteneur.
Ici-bas, un exemple d'un paquet écrit à l'arrache à l'aide de devtools.

Je signale d'emblée que je n'ai pas testé s'il n'y a pas de souci avec Windows : sessionInfo()
R version 3.2.4 Revised (2016-03-16 r70336)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: Fedora 23 (Workstation Edition)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base
Code:

ls ./ && printf "\n*****\n\n" && cat DESCRIPTION && printf "\n*****\n\n" && cat NAMESPACE
DESCRIPTION  LICENSE  man  NAMESPACE  R  src

*****

Package: ExempleCpp
Title: Call C++ Code From Within R Code
Version: 1.0-0
Authors@R: person(
          given = "Foo", family = "Bar", email = "foo.bar@woe.com",
          role = c("aut", "cre"))
Description: How to easily use C++ Inside R.
Depends:
    R (>= 2.14)
License: BSD_3_clause + file LICENSE
LazyData: true
Encoding: UTF-8
Type: Package
Date: Monday 28 March 2016
LinkingTo: Rcpp
Imports:
    Rcpp
Collate:
    'RcppExports.R'
    'zzz.R'
    'foo.R'
    'packDoc.R'
RoxygenNote: 5.0.1

*****

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

export(makeUsageOfIt)
export(timesTwo)
importFrom(Rcpp,sourceCpp)
useDynLib(ExempleCpp)
Parmi les fichiers se trouvant dans le répertoire src, le seul que j'ai manuellement édité est times_two.cpp ; il contient ceci :

Code:

ls src/ && printf "\n*****\n\n" && cat src/times_two.cpp
ExempleCpp.so  RcppExports.cpp  RcppExports.o  times_two.cpp  times_two.o
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 //' Multiply a number by two //' //' This is a simple example of ... //' //' @param x a single integer //' //' @export //' // [[Rcpp::export]] NumericVector timesTwo(NumericVector x) { return x * 2; }
J'ai mis en attachement le contenu du répertoire R dont le fichier RcppExports.R est généré automatiquement.

Code:

ls R
foo.R  packDoc.R  RcppExports.R  zzz.R
Le contenu du répertoire man est automatiquement généré (idem avec le fichier NAMESPACE comme indiqué dans les sorties plus haut).

Lorsque cette hiérarchie de fichiers/dossiers est mise en place, check dira quelque chose du genre :
[...]
* checking Rd contents ... OK
* checking for unstated dependencies in examples ... OK
* checking line endings in C/C++/Fortran sources/headers ... OK
* checking compiled code ... OK
* checking examples ... NONE
* checking PDF version of manual ... OK
* DONE
Status: OK
Essayez avec ça et adaptez-le à votre guise, ça devrait le faire même sur Windows.

Encore des erreurs

Merci de ta réponse détaillé, j'ai résolu le problème en fessant R CMD INSTALL de Rcpp depuis le shell directement et je sais pas pourquoi mais ça marche.
Malheureusement un autre problème est survenu :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 * checking PDF version of manual ...Warning: l'exécution de la commande '"C:/PROGRA~1/R/R-3.2.2/bin/x64/Rcmd.exe" Rd2pdf --batch --no-preview --build-dir=".../testSkeleton"' renvoie un statut 1 WARNING LaTeX errors when creating PDF version. This typically indicates Rd problems. * checking PDF version of manual without hyperrefs or index ...Warning: l'exécution de la commande '"C:/PROGRA~1/R/R-3.2.2/bin/x64/Rcmd.exe" Rd2pdf --batch --no-preview --build-dir=".../testSkeleton.Rcheck/testSkeleton' renvoie un statut 1 ERROR Re-running with no redirection of stdout/stderr. Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet, : pdflatex is not available Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet, : pdflatex is not available Error in running tools::texi2pdf()
Cette erreur est bizarre :$
Quelqu'un ne serait-il pas la résoudre ?
Ou sinon puis-je mettre quelque chose du genre: "BuildVignette: no" dans DESCRIPTION ? (pour ne par créer de pdf tout simplement)

Merci beaucoup :)

29/03/2016, 11h00
juliatheric
Citation:

Envoyé par Matthieu76

j'ai résolu le problème en fessant R CMD INSTALL de Rcpp depuis le shell directement et je sais pas pourquoi mais ça marche.

Tant mieux ... pour le moment ! Dans l'état actuel des choses, le même souci referait surface que vous ne pourriez pas le régler proprement.

Citation:

Envoyé par Matthieu76

* checking PDF version of manual ...Warning: ...
WARNING
LaTeX errors when creating PDF version.
This typically indicates Rd problems.
* checking PDF version of manual without hyperrefs or index ...Warning: ...
ERROR...
pdflatex is not available
...
Error in running tools::texi2pdf()

[...]puis-je mettre quelque chose du genre: "BuildVignette: no" dans DESCRIPTION ?

Non, à ce moment-là, les erreurs n'ont rien à voir avec les vignettes. Il s'agit du manuel du paquet qui ne peut être créé. Comme indiqué dans les journaux de utils::check, ces erreurs proviennent de deux sources potentielles.

1) Vous n'avez pas bien documenté vos objets.
Dans le répertoire man, il y aurait des erreurs dans certains fichiers. Il ne sert à rien d'attendre la phase de utils::check pour se rendre compte que la documentation des différents objets est boguée. Deux façons de le vérifier assez tôt, avec ou sans devtools :
1. devtools::check_man() ;
2. lapply(Sys.glob("man/*.Rd"), tools::parse_Rd).
2) Certaines variables d'environnement LaTeX, soit sont indisponibles, soit ont des valeurs incorrectes.
Vérifier le nécessaire à l'aide de ceci :
Code:

1 2 3 4 5 6 Sys.getenv("PDFLATEX") Sys.getenv("RSTUDIO_PDFLATEX") # Vu que vous utilisez RStudio # Pour plus d'information, voir ?tools::texi2pdf ?tools::Rd2latex
Encore une fois : devtools automatise plusieurs choses dans ce secteur.

Citation:

Envoyé par Matthieu76

[...] pour ne par créer de pdf tout simplement [...]

Quand un code plante, la meilleure façon de s'en sortir n'est certainement pas de cacher la poussière sous le tapis-compilateur ! Par ailleurs, étant donné que vous êtes sur Windows et que certaines variables d'environnement manquent, vous n'êtes pas à l'abri de rencontrer d'autres erreurs dues à une mauvaise configuration de Ghostscript et QPDF. Afin de voir si tout est en ordre, faites ces vérifications :
Code:

1 2 Sys.which(Sys.getenv("R_QPDF", "qpdf")) Sys.which(Sys.getenv("R_GSCMD", "gswin64"))

Vraiment merci beaucoup pour ta réponse rapide, cela m'aide beaucoup.
Malheureusement j'arrive toujours pas à résoudre toutes les erreurs.
Voici mon fichier Rdlatex.log :

Code:

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65
66
67
68
This is pdfTeX, Version 3.14159265-2.6-1.40.16 (MiKTeX 2.9 64-bit)
entering extended mode
(Rd2.tex
LaTeX2e <2015/10/01> patch level 2
Babel <3.9n> and hyphenation patterns for 69 languages loaded.
 
 
("C:\Users\Matthieu HERNANDEZ\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\tex\latex\base\
book.cls"
Document Class: book 2014/09/29 v1.4h Standard LaTeX document class
 
("C:\Users\Matthieu HERNANDEZ\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\tex\latex\base\
bk10.clo")) (C:/PROGRA~1/R/R-3.2.2/share/texmf/tex/latex\Rd.sty
("C:\Users\Matthieu HERNANDEZ\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\tex\latex\base\
ifthen.sty")
("C:\Users\Matthieu HERNANDEZ\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\tex\latex\tools
\longtable.sty")
("C:\Users\Matthieu HERNANDEZ\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\tex\latex\tools
\bm.sty")
("C:\Users\Matthieu HERNANDEZ\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\tex\latex\base\
alltt.sty")
("C:\Users\Matthieu HERNANDEZ\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\tex\latex\tools
\verbatim.sty")
Sorry, but "C:\Users\MATTHI~1\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\miktex\bin\x64\pdflatex.exe" did not succeed.
 
The log file hopefully contains the information to get MiKTeX going again:
 
  C:/Users/Matthieu HERNANDEZ/AppData/Local/MiKTeX/2.9/miktex/log/pdflatex.log
 
You may want to visit the MiKTeX project page, if you need help.
Warning: running command '"pdflatex" -interaction=nonstopmode "Rd2.tex"' had status 1
Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  unable to run 'pdflatex' on 'Rd2.tex'
This is pdfTeX, Version 3.14159265-2.6-1.40.16 (MiKTeX 2.9 64-bit)
entering extended mode
(Rd2.tex
LaTeX2e <2015/10/01> patch level 2
Babel <3.9n> and hyphenation patterns for 69 languages loaded.
 
 
("C:\Users\Matthieu HERNANDEZ\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\tex\latex\base\
book.cls"
Document Class: book 2014/09/29 v1.4h Standard LaTeX document class
 
("C:\Users\Matthieu HERNANDEZ\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\tex\latex\base\
bk10.clo")) (C:/PROGRA~1/R/R-3.2.2/share/texmf/tex/latex\Rd.sty
("C:\Users\Matthieu HERNANDEZ\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\tex\latex\base\
ifthen.sty")
("C:\Users\Matthieu HERNANDEZ\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\tex\latex\tools
\longtable.sty")
("C:\Users\Matthieu HERNANDEZ\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\tex\latex\tools
\bm.sty")
("C:\Users\Matthieu HERNANDEZ\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\tex\latex\base\
alltt.sty")
("C:\Users\Matthieu HERNANDEZ\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\tex\latex\tools
\verbatim.sty")
Sorry, but "C:\Users\MATTHI~1\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\miktex\bin\x64\pdflatex.exe" did not succeed.
 
The log file hopefully contains the information to get MiKTeX going again:
 
  C:/Users/Matthieu HERNANDEZ/AppData/Local/MiKTeX/2.9/miktex/log/pdflatex.log
 
You may want to visit the MiKTeX project page, if you need help.
Warning: running command '"pdflatex" -interaction=nonstopmode "Rd2.tex"' had status 1
Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  unable to run 'pdflatex' on 'Rd2.tex'
Error in running tools::texi2pdf()
You may want to clean up by 'rm -rf C:/Users/MATTHI~1/AppData/Local/Temp/RtmpMVpLux/Rd2pdf1e7c6a9811e6'

Et voiçi mon ficher testSkeleton.Rd :

Code:

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\name{testSkeleton-package}
\alias{testSkeleton}
\docType{package}
\title{toto}
\description{
Simple function using Rcpp
}
\seealso{
bla bla bla
}
\usage{
euclideanDistanceCpp(vector1, vector2)
}

PS : Je suis en train de regarder ça http://www.r-bloggers.com/building-r...h-to-pdflatex/

29/03/2016, 19h57
juliatheric
Oui, le lien que vous avez indiqué en P.S. vous aidera à configurer LaTeX. Veuillez relire mon précédant message, sinon un dialogue de sourds s'installera.
Pour information, le fichier testSkeleton.Rd est valide. Les lignes
Code:

1 2 invisible(tools::parse_Rd("testSkeleton.Rd")) tools::checkRd("testSkeleton.Rd")
sont évaluées sans erreurs ni avertissements. Bref, c'est votre environnement LaTeX qui n'est pas bien configuré. Les variables d'environnements précédemment indiquées suffisent à corriger ça.

Désolé de pas être à fond mais ça fais 2 semaines que je suis sur ça et ça m’énerve car j'ai plus le temps de bosser mes autres cours ^^
J'ai un peu avancé, maintenant cette erreur là :

Code:

Sorry, but "C:\Users\MATTHI~1\AppData\Local\Programs\MiKTeX 2.9\miktex\bin\x64\pdflatex.exe" did not succeed

Quand j'utilise la commande R CMD Rd2pdf test7 (oui entre temps j'ai refait un nouveau package sans trop modifier pour être sur que l'erreur viens pas de moi).
La comme ne fonctionne pas mais le pc la trouve car j'ai ajouté le dossier à la variable d'environnement PATH.
Le problème viens d’ailleurs, je te recontact si j'ai du nouveau, je continue de chercher.

Merci pour ton aide :)

PS : Je viens de trouver ça dans pdflatex.log :
Code:

1 2 3 4 2016-03-30 03:42:05,008+0200 FATAL pdflatex - GUI framework cannot be initialized. 2016-03-30 03:42:05,008+0200 FATAL pdflatex - Info: 2016-03-30 03:42:05,008+0200 FATAL pdflatex - Source: Libraries\MiKTeX\UI\Qt\mikuiqt.cpp 2016-03-30 03:42:05,008+0200 FATAL pdflatex - Line: 38

30/03/2016, 10h14
juliatheric
Il n'est malheureusement pas surprenant d'apprendre que vous avez gaspillé du temps sur ce genre d'erreurs : pourquoi ne pas appliquer ce que la documentation dit avant de partir dans tous les sens ? Si la taille de la police par défaut est insuffisante, reprenons :
Les variables d'environnement PDFLATEX et RSTUDIO_PDFLATEX suffisent à corriger les erreurs de création du manuel.
Code:

1 2 Sys.setenv(PDFLATEX = Sys.which("pdflatex")) Sys.setenv(RSTUDIO_PDFLATEX = Sys.which("pdflatex"))
30/03/2016, 19h06
Matthieu76

résolu

NON, C'ETAIT PAS CA LE PROBLEME !!!

J'ai réussi et à priori ça à l'air de fonctionner correctement.
Le problème étais que j'avais mal choisi une option lors de l'installation de basic miktex. Il fallait mettre yes à l'installation des dépendance au lieu de ask me sinon ça ne fonctionne pas.