Tableau multidimensionnel -> création et parcours

Bonjour,

J'ai 2 fichiers.
Je voudrais stocker mes valeurs dans un tableau multidimensionnel

Code:

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1 2 3

fichier 1 item1 2 8 item2 3 6

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tab[ligne1][colonne1]= 2
tab[ligne1][colonne2]= 8
tab[ligne2][colonne1]= 3
tab[ligne2][colonne2]= 6

fichier 2

Code:

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1 2	>reference catgtgcgtctatgcatgcagt

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Je voudrais stocker également ces deux valeurs dans un tableau.
tab2[refernce]=catgtgcgtctatgcatgcagt


Pour enfin parcourir mes 2 tableaux et extraire l'information qui m'interesse.
parcourir tab
parcourir tab2

Merci par avance

Bonjour,

awk fait ça très bien, "nativement".
cf. GNU Awk Manual User's Guide

Merci de votre réponse.


J'ai lu lelien mais je n'arrive toujours pas à comprendre!

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

while read nom deb fin do echo "$nomseq" "$start" "$stop"   declare -A tableau   tableau[lin_1,col_1]=$nomseq tableau[lin_2,col_2]=$start tableau[lin_3,col_3]=$stop   done < fichier1

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Code:

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1 2 3 4 5 6

while read nom sequence do echo $nom echo $sequence tabl[$nom]=[$sequence] done <fihcier2

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#parcours des 2 fichiers

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8

for i in "tableau[@]" do echo "ligne: $l ; colonne:$tableau["$l","$c"]""; done for (name in tabl) { print "Nom : " name " | Home : " tabl[name] } #calcul

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Je n'arrive pas à afficher tous les éléments de mon tableau

Attention, tu mélanges les syntaxes bash et awk; ça va pas le faire !

à ta place, je ferais tout en awk, ça risque de vite tourner à l'usine à gaz en bash !
les tableaux associatifs sont hashés, ils ne seront pas affichés dans l'ordre.
il existe en gawk des fonctions de tri des tableaux, qui permettront de les restituer dans un ordre donné, pas en bash.

Je ne comprends pas ce qui ne va pas dans mon script!
je ne comprends pas comment construire un tableau multidimensionnel avec cette histoire SUBSEP is "@"

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13

BEGIN{FS="\t"} { for (i=1;i<NF;i++) tab[$1,$2]=$3 } END { #affichage for (x = 1; x <= NF; x++) {for (y = NR; y <= 1; y++) print (tab[x, y]) print("\n") } }

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#fichier 2

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9

BEGIN{FS="\t"} { for (i=1;i<NF;i++) tab2[$1]=$2 } END { for (mot in tab2) print mot, tab2[mot] }

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je ne demande pas la réponse mais si vous pouviez m'expliquer car j'ai beau lire mais je ne pense pas avoir compris

t'étais pas loin.

Code:

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1 2 3

$ cat fichier1 item1 2 8 item2 3 6

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en gros :

Code:

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1 2 3

$ awk '{for (i=1;i<=NF;i++){ar[NR][++c]=$i}};END{for(i in ar){for(y in ar[i])printf("%s\t",ar[i][y]); print ""}}' fichier1 item1 2 8 item2 3 6

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le deuxième fichier peut être traité en bash (sauf l'ordre).
mais les deux tableaux n'existant pas dans le même contexte ne pourront interagir l'un avec l'autre. :(

ça vaudrait le coup que, en situation, tu nous montres ce que tu veux faire.

Bonjour :coucou:

Je surligne:
Quel est le vrai but final ?

Merci et c'est plus clair pour moi aussi


Je veux à partir des positions contenu dans mon fichier 1,
extraire l'information contenu dans mon fichier 2

Au final je veux avoir pour final.txt

Code:

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1 2 3 4

#item1 lelionestmortcesoir #item2 ouijenesiasquefaire

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Code:

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1 2 3 4 5 6

BEGIN{FS="\t";} { { print $2,$3,$1} # juste pour vérification { if($0 ~/^>/) print $0; else{print substr($0,$2,$3) "fichier2.txt" }} > "final.txt" }

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Ce que je ne sais pas faire c'est comment indiquer mon fichier2.txt dans mon script pour qu'il soit pris en compte!!

Code:

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1 2 3 4 5 6

BEGIN{FS="\t";} { { print $2,$3,$1} # juste pour vérification getline < "fichier2.txt" { if($0 ~/^>/) print $0; else{print substr($0,$2,$3) }} }

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getline me permet de traiter le fichier2.txt mais ne prend pas en compte ce qui est dans le else!
Je bloque

mais il sort d'où ce lion ?

on a le fichier de sortie...
on veut aussi les fichiers en entrée !
ET une explication des transformations effectuées.

Désolé

fichier1.txt

Code:

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1 2	item1 14 19 item2 33 20

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fichier2.txt

Code:

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ytyzgvhzcvghdlelionestmortcesoirjuhnciauhckjndvjskcnouijenesiasquefairegtygavczhsx

---

final.txt

Code:

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1 2 3 4

#item1 lelionestmortcesoir #item2 ouijenesiasquefaire

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Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18

BEGIN{FS="\t"; OFS="\n"} { for (i=1;i<=NF;i++) { ar[NR][++c]=$i } }; END{ for(i in ar) { for(y in ar[i]) printf("%s\t",ar[i][y]); print ""   getline < "fichier2.txt" info=substr($0,ar[i][2],ar[i][3]) #il faut qu'il prenne le $0 du fichier2.txt! print ">"ar[i][1],$info } }

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ton raisonnement est erroné.

je te propose une solution, qui ne fonctionne pas complètement parce que les références fournies sont fausses :

Code:

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1 2 3 4 5

$ cat fichier1 item1 14 19 item2 33 20 $ cat fichier2 ytyzgvhzcvghdlelionestmortcesoirjuhnciauhckjndvjskcnouijenesiasquefairegtygavczhsx

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Code:

---

1 2 3 4 5

$ awk 'FNR==NR{bornes[$1]=$2","$3;next}{for(i in bornes){split(bornes[i],a,","); print i"\n"substr($0,a[1],a[2])}}' fichier1 fichier2 item1 lelionestmortcesoir item2 juhnciauhckjndvjskcn

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Bonjour,

Voici le script corrigé (par contre ton fichier1.txt pour le deuxieme item n'est pas bon) :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16

FNR == NR { for (i=1;i<=NF;i++) { ar[NR][i]=$i } next }; {for(i in ar) { for(y in ar[i]) printf("%s\t",ar[i][y]); print ""   info=substr($0,ar[i][2],ar[i][3]) #il faut qu'il prenne le $0 du fichier2.txt! print ">"ar[i][1],info } }

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et celui-ci s'execute:

Code:

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1 2 3 4 5

$ awk -f script.awk fichier1.txt fichier2.txt item1 14 19 >item1 lelionestmortcesoir item2 33 20 >item2 juhnciauhckjndvjskcn

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Autre façon de faire:

Code:

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1 2 3 4 5

$ awk 'FNR==NR{debut[$1]=$2;long[$1]=$3;next;} {for (i in debut) {print "#"i; print substr($0,debut[i],long[i]);} }' fichier1 fichier2 #item1 lelionestmortcesoir #item2 juhnciauhckjndvjskcn

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Merci @N_BaH, @disedorgue et @Flodelarab

Oui mes références sont fausses N_BaH (item2 53 19)

J'ai une question
Pourquoi mettre FNR==NR ; je ne vois pas bien à quoi cela correspond. Mes 2 fichiers ont un nombre de lignes différentes

Tu as 2 fichiers en entrée. Mais tu pourrais en avoir 36.
Le premier fichier ne subit pas le même traitement que les suivants.
Donc pour le premier FNR==NR; alors que pour les autres non.

Et le mot clé "next" empêche le deuxième bloc de s'exécuter pour le premier fichier.

En conclusion, le premier fichier subit le premier bloc d'instruction et les autres fichiers, le second bloc d'instructions. C'est une "astuce" classique pour awk.

Juste pour le fun, via bash avec tableau associatif:

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8

$ unset items ordres $ declare -A items ; declare -a ordres $ while read x y z; do items["$x"]="$y $z" ; ordres+=( "$x" ); done <fichier1.txt $ while read; do for i in "${!ordres[@]}"; do read A B <<<"${items[${ordres[$i]}]}" ; echo -e "${ordres[$i]}\n${REPLY:A-1:B}"; done; done <fichier2.txt item1 lelionestmortcesoir item2 juhnciauhckjndvjskcn

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Citation:

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Pourquoi mettre FNR==NR ; je ne vois pas bien à quoi cela correspond. Mes 2 fichiers ont un nombre de lignes différentes

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Code:

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1 2 3 4 5

$ awk 'BEGIN{print "FNR NR FILENAME"}{print FNR,NR,FILENAME}' ./fichier1 ./fichier2 FNR NR FILENAME 1 1 ./fichier1 2 2 ./fichier1 1 3 ./fichier2

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