installation packages R

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Bonjour!

J'utilise R depuis peu, et lorsque j'ai dû installer des packages, je suis arrivée face un problème que je ne sais pas comment résoudre:

- Sur Rstudio, lorsque je clique sur Install Package dans le menu Tool, un message arrive: "Would you like to create a personal library 'C:/Users/CÂ@lineLÂ4scher/Documents/R/win-library/3.2' ton tinstall packages into?"
-> Déjà, mon nom est mal écrit (sans les accents et le ü)
-Je choisi "YES"
-> MAIS le même message revient toujours et encore, malgré que je clique "YES"
-Du coup je quitte le massage, et un message différent s'affiche: "Unable to install packages (default library 'C:/Program Files/R/R-3.2.3/library' is not writeable)"
-> là je précise que j'ai tous les droit d'administrateur.

Je sais pas du tout comment régler ce problème... Tous mes packages sont téléchargés et dézipés dans le dossier R-3.2.3/win-library dans le disque dur et dans le dossier Programmes. Je travail sur windows avec la version Version 0.99.891 de Rstudio. Avec ma version 3.2.3 de R, il semble installer les package mais ne semble pas lire les fonctions s'y trouvant:
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 > utils:::menuInstallPkgs() essai de l'URL 'https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/windows/contrib/3.2/car_2.1-1.zip' Content type 'application/zip' length 1433783 bytes (1.4 MB) downloaded 1.4 MB le package ‘car’ a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés Les packages binaires téléchargés sont dans C:\Users\Céline Lüscher\AppData\Local\Temp\Rtmpcp5rKB\downloaded_packages > ?car No documentation for ‘car’ in specified packages and libraries: you could try ‘??car’ > ?Boot No documentation for ‘Boot’ in specified packages and libraries: you could try ‘??Boot’ > ?Anova No documentation for ‘Anova’ in specified packages and libraries: you could try ‘??Anova’

08/03/2016, 16h49
juliatheric

Bonjour,
Une solution pratique et rapide : dans le terminal de RStudio, avant de lancer l'installation du paquet, exécutez .libPaths("CHEMIN") où CHEMIN est le chemin (relatif ou absolu) vers le dossier où vous voulez installer le paquet. Vous devez avoir les droits d'écriture dans ce dossier (i.e. être capable d'y créer des fichiers/dossiers à usage «normal»).
La solution idéale à long terme est d'adopter une stratégie après avoir lu help(".libPaths"). Une introduction sur comment manipuler les bibliothèques (libraries au sens de R) se trouve sur cette page du site de RStudio.
09/03/2016, 10h10
faubry

"là je précise que j'ai tous les droits d'administrateur" Le problème est que Windows a une stratégie des droits d'accès très opaque et peu intuitive. Une première solution est d'exécuter R en tant qu’administrateur (dans le menu déroulant en cliquant sur l'icône du lien de R) mais cela ne résout pas toujours tous les problèmes. La seconde solution est celle préconisée par juliatheric en définissant sa bibliothèque personnalisée par défaut dans une zone personnelle (par exemple, le disque D) et d'y installer les packages. Pour éviter d'avoir le message d'erreur, il faut supprimer à la main le package dans le répertoire library du dossier d'installation de R, puis recharger le package (commande installer le package et nom mise à jour du package). On peut aussi faire un coupé/collé mais alors attention aux droits d'accès qui sont exportés en même temps ! Malgré tout, je recommande de toujours faire les mises à jour à partir d'un lancement en tant qu'administrateur.

Par expérience, je peux affirmer que la démarche ci-dessus fonctionne correctement (presque) toujours.
10/03/2016, 09h50
celine333

packages

Super merci à vous pour vos réponses!

J'ai donc d'abord commencé avec l'idée de juliatheric, mais ça ne marchait toujours pas, je recevais toujours le même message d'erreur.
Puis J'ai commencé à bidouiller dans le dossier RStudio, j'y est fait un tas de trucs et au final ça a marché! Le soucis est que je sais pas laquelle de mes manipulations a résolu le problème :roll::
- J'ai d'abord vu que dans le dossier R, il y avait un dossier library où j'avais téléchargé les packages, tandis que dans le dossier RStudio, ce même dossier était nommé "packages". Vu que le message d'erreur demandait de créer une library, j'ai déjà renommé le dossier packages en library (Je sais que parfois ce sont des erreurs toutes bêtes comme ça qui font planter R)
- Puis j'ai été dans les paramètres du dossier nouvellement renommé library dans le dossier RStudio, et j'y ai fait ces modifications: j'ai partagé le dossier avec le Users en utilisant Partage avancé; dans l'onglet Sécurité puis sur Avancé j'ai ajouté une nouvelle autorisation pour Users avec accès contrôle total; le partage est pour tout le monde accès contrôle total; et j'ai vérifié l'accès effectif du dossier avec l'utilisateur Users. Il avait bien accès à toutes les autorisations.
- Là j'ai re-essayé d'installer mes packages avec le menu de droite et la fonction Installer packages de RStudio et... HOP ça a marché!!:ptdr::ptdr:

Donc voilà, si jamais quelqu'un d'autre a ce problème, il trouvera sur ce forum trois possibilités de le résoudre :)