K-medoids sous R

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01/03/2016, 11h01
Serpentard

K-medoids sous R

Bonjour,

J'utilise l'algo K-medoids pour le clustering . Je voudrai accéder à chaque cluster créé séparément ainsi qu'à ses éléments. Les commandes existantes avec K-medoids sous R me permettent d'avoir une visibilité globale. Quelqu'un pourra t-il m'aider?

Je vous remercie d'avance
01/03/2016, 11h37
A. D.

Bonjour,

Peut-être pourriez-vous poster votre code (une version reproductible serait encore mieux ;) ), afin de donner une meilleure idée de votre problématique ?

Cordialement,

A.D.

Code:

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#{Build initial communities}
K=4
NbRep=8
V_init <- sample(V, K*NbRep, replace=FALSE)
print(V_init)
 
library(cluster)
P <-pam(V_init, K)
summary(P)
 
MinRep <- min (length(C))
print(MinRep)
 
for (C in P)
#{Resize the communities}
 
g <- (P$medoids)
print(g)

C'est ce que j'ai commencé à faire. Maintenant, je voudrais pouvoir accéder à chaque Cluster séparément.

Bonjour,
pam (la fonction) retourne un object appartenant aux classes pam et partition et dont les attributs sont accessibles comme des éléments d'une liste. L'attribut clustering donne les informations que vous cherchez : elle indique à quel cluster appartient chaque observation. Un exemple basé sur votre code, légèrement modifié (car V est indéfini).
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 library("cluster") V_init <- sample.int(60L) P <-pam(V_init, 4L) lesClasses <- unique(P$clustering) élémentsCluster1 <- V_init[P$clustering == lesClasses[1L]] # Pour plus d'information, voir : help("pam") help("pam.object") help("partition.object")
> class(pam)
[1] "function"
> class(P)
[1] "pam"       "partition"
> 