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%% Traitement des films de fluorescence Winsor 3
clc
%% Variables
% Repertoire courant
currentdir=pwd;
% Repertoires
data_dir='adresse repertoire1';
dir_save='adresse repertoire2';
eval(['cd ' data_dir])
% Rapport de hauteur
H1_s_H2=0.4;
H1=275E-6;
H2=1E-3-H1;
% Frame rate
fps=10;
% Taille des images
ImgX=576;
ImgY=768;
% Correction sur les images
Cx=10;
Cy=10;
% Intensite (A) et puissance (mW)
I=[1.1:0.1:1.3 1.35 1.4:0.1:2];
P1=@(I)27.0238.*I.^2-19.6548.*I-8.54286;
P2=@(I)46.9185*I-42.6106;
idx1=I<=1.6;
idx2=I>1.6;
P=[P1(I(idx1==1)) P2(I(idx2==1))];
Pabs=P.*(1-exp(-beta*H1));
% Echelle x2.5
echelle=1000/303.346;
% Calibration temperature
T=@(x)-110*x.^3+258.3878*x.^2-239.1738.*x+112.6787;
% Definition de la variable data_name
A=dir;
idx=zeros(1,length(A));
for i=1:length(A)
temp=A(i).name;
temp2=length(temp)<9;
idx(i)=idx(i)+temp2;
end
A=A(idx==0);
dir_name=cell(1,length(A));
for i=1:length(A)
dir_name{i}=A(i).name;
end
disp(dir_name)
str0=input('L''ordre est-il correct ?\n','s');
if strcmp(str0,'non')
str1=input('Premier index :');
temp=dir_name{str1};
str2=input('Second index :');
dir_name{str1}=dir_name{str2};
dir_name{str2}=temp;
disp(dir_name)
str0=input('L''ordre est-il correct ?\n','s');
while strcmp(str0,'non')
str1=input('Premier index :');
temp=dir_name{str1};
str2=input('Second index :');
dir_name{str1}=dir_name{str2};
dir_name{str2}=temp;
disp(dir_name)
str0=input('L''ordre est-il correct ?\n','s');
end
end
% Stocakge des parametres
parametres.H1_s_H2=H1_s_H2;
parametres.Pabs=Pabs;
parametres.echelle=echelle;
parametres.T=T;
%% Chargement des images et traitement ligne par ligne
for i=1:length(dir_name)
%% Acces au repertoire d'analyse
eval(['cd ' dir_name{i}])
disp(dir_name{i})
%% Detection du nombre d'objet à analyser
A=dir;
idx=zeros(1,length(A));
for j=1:length(A)
temp=A(j).name;
temp2=length(temp)<9;
idx(j)=idx(j)+temp2;
end
A=A(idx==0);
%% Definition de la cellule sauvegarde
cell_save=cell(8,length(A));
%% Stockage de data_num
cell_save{1,i}=dir_name{i};
%% Extraction du fichier data.mat de la liste
idx=zeros(1,length(A));
for j=1:length(A)
temp=A(j).name;
temp2=strcmp(temp,'data.mat');
idx(j)=idx(j)+temp2;
end
A=A(find(idx==0));
%% Bruit
% Moyenne du bruit
idx=zeros(1,length(A));
for j=1:length(A)
temp=A(j).name;
temp2=strcmp(temp(1),'b');
idx(j)=idx(j)+temp2;
end
B=A(idx==1);
if length(B)>1
bruit=cell(1,length(B));
for j=1:length(B)
temp=imread(B(j).name);
bruit{j}=temp(Cx:end,Cy:end);
end
if mod(length(bruit),2)==0
[L,C]=size(bruit{1});
temp=uint8(zeros(L,C));
for j=2:2:length(bruit)
temp=imadd(temp,imadd(bruit{j},bruit{j-1}));
end
else
[L,C]=size(bruit{1});
temp=uint8(zeros(L,C));
for j=2:2:(length(bruit)-1)
temp=imadd(temp,imadd(bruit{j},bruit{j-1}));
end
temp=imadd(temp,bruit{end});
end
B_mean=temp./length(bruit);
else
bruit=B;
B_mean=imread(B.name);
B_mean=B_mean(Cx:end,Cy:end);
end
% Extraction du bruit de la liste de fichier
A=A((length(bruit)+1):end);
disp('Nettoyage de la liste de fichier terminer')
% Stockage du bruit moyen
cell_save{2,i}=B_mean;
%% Definition de I0
% I0= moyenne de l'image 1 a x fps
if length(B)==1
temp=A(1).name;
I0=imread(temp);
else
temp=uint8(zeros(length(Cx:ImgX),length(Cy:ImgY)));
for j=2:fps
temp=imadd(temp,imadd(A(j).name,A(j-1).name));
end
I0=temp/fps;
end
% Stockage du I0 moyen
cell_save{3,i}=I0;
%% Triage de la liste de fichier
A=triage(struct(A),fps);
disp('Triage de la liste effectué')
%% Traitement des images (bruit & I0)
disp('Début du traitement')
% Traitement
A_traite=cell(1,length(A));
for j=1:length(A)
A_traite{j}=imsubtract(A(j).name,B_mean)/imsubtract(I0,B_mean);
end
% Stockage
cell_save{4,i}=A_traite;
%% Calcul de la temperature ligne par ligne
% Calcul
T_img=cell(ImgX,1);
for j=1:ImgX
for k=1:ImgY
T_img{j,1}=T(A_traite(j,k));
end
end
% Stockage de la temperature
cell_save{5,i}=T_img;
disp('Temperature calculée')
%% Analyse de la temperature
%%% Conversion de r en micron
R_micron={ImgX,1};
for j=1:length(R_micron)
temp=1:ImgY;
R_micron{j,1}=temp*echelle;
end
% Stockage
cell_save{6,1}=R_micron;
%%% Maximum ligne par ligne
% Determination de Tmax
T_max_ligne=cell(ImgX,1);
for j=1:length(T_img)
T_max_ligne{j,1}=max(T_img{j,1});
end
% Stockage
cell_save{7,i}=T_max_ligne;
%%% Position de Tmax en micron
r_Tmax_micron=cell(length(ImgX,1));
for j=1:length(r_Tmax_micron)
temp=cell2mat(R_micron(j,1));
idx=T_img{j,1}==T_max_ligne{j,1};
r_Tmax_micron{j,1}=temp(idx);
end
disp('Analyse de la liste en cour terminée')
%% Retour au repertoire parent
eval('cd ..')
end
%% Sauvegarde
resultats.parametres=parametres;
resultats.cell_save=cell_save;
eval(['cd ' dir_save])
save('20160217','resultats')
disp('Données sauvegardées')
disp('Traitement des images terminé') |
