Filtrer les séquences d'un fichier

Bonjour,
J'ai un ensemble d'entêtes avec leurs séquences:
Voici un exemple:

Code:

---

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

>channel_109_read_10_twodirections_Corr CTAATTAATGAAAACGTCCTTGGCAAATGCT-TTC-GCAGTAGTTAGTCTTCAATAAATCCAAGAATTTCACCTCTGACAAT >channel_109_read_10_template TACTTTAATGAAAACGTCCTTGGCAAATGCT-TTCGCAGTAGTTAGTCTTCAATAAATCCAAGAATTTCACCTCTGACAATTGAATACTGATGCCCCCGACCGTCC >channel_42_read_11_twodirections TCCTACCGCACCCTGCATTCGAACCGACTTCTAATGTTCGACCGCAAACC >channel_396_read_70_complement_CC ATATCGGAGCCAATGTATATCGAGAAAATCCGTGAAGATATCAGACAGGTAGAGAACCTTTTAAATAAAGAAAATGTAAAGATTACGGT >channel_113_read_8_twodirections CTAAGGTTTAGTCATGGAGAAGACAAGTTCGAAAAGAGTTTGGAAACGAATTCGAGTAGGCTTGTCGTTCGTTATGTTTTTGTAAATGGCCTCGTCAAAC

---

Comme vous voyez il y a des séquences qui contiennent "template" et compelement et moi je veux éliminer ces séquences avec leurs entêtes.
Est-ce que vous pouvez m'aider sur ce problème?
Merci

Code:

---

sed '/channel_[0-9]\+_read_[0-9]\+_template/{N;d;}' fichier.txt

---

Citation:

---

Envoyé par Matt_Houston

Code:

---

sed '/channel_[0-9]\+_read_[0-9]\+_template/{N;d;}' fichier.txt

---

---

excusez-moi est-ce que vous pouvez m'expliquer comment faire?
MErci

salut,

je propose, avec le souci de me faire comprendre par ceux qui me liront qui s'inscrira dans la continuité de la discussion :

Code:

---

$ sed -e '/template\|complement/,/^[^>]/d' fichier

---

Citation:

---

Envoyé par BufferBob

salut,

je propose, avec le souci de me faire comprendre par ceux qui me liront qui s'inscrira dans la continuité de la discussion :

Code:

---

$ sed -e '/template\|complement/,/^[^>]/d' fichier

---

---

elle ne permet pas de supprimer la séquence et son entête où il y a le mot "template" ou complement".

Citation:

---

Envoyé par mido1951

elle ne permet pas de supprimer la séquence et son entête où il y a le mot "template" ou complement".

---

si

sinon, plus direct, grep -v -A1 -e "_template" -e "_complement_" fichier.txt > outputEt si tu tiens à le faire en C, il "suffit" de découper le travail en:
lecture ligne a ligne d'un fichier (fgets?).
reconnaitre les lignes en-têtes (ils commencent par '>')
détecter si un en-tête correspond à une ligne acceptable
utiliser une variable pour savoir si la prochaine ligne de données doit être acceptée ou non.
écrire une ligne dans un fichier.
écrire les morceaux dans une boucle.

Citation:

---

Envoyé par mido1951

Comme vous voyez il y a des séquences qui contiennent "template" et compelement et moi je veux éliminer ces séquences avec leurs entêtes.

---

Woké j'avais lu « complètement », je voyais pas où vous vouliez en venir tous avec vos complement.. Donc :

Code:

---

sed '/channel_[0-9]\+_read_[0-9]\+_\(template\|complement\)/{N;d;}' fichier.txt

---

Jolie commande de BufferBob également, moins stricte mais plus concise.

Citation:

---

Envoyé par leternel

sinon, plus direct, grep -v -A1 -e "_template" -e "_complement_" fichier.txt > output

---

Ça ne passe pas avec GNU grep 2.22. Je ne suis d'ailleurs pas certain qu'il soit possible de le faire avec grep uniquement sans utiliser les extensions perl.

Citation:

---

Envoyé par Matt_Houston

Jolie commande de BufferBob également, moins stricte mais plus concise.

---

disons la différence avec la tienne c'est que tu effaces uniquement la ligne qui suit et moi je postule que dans le cas où il y a plus d'une séquence (donc plus d'une ligne, mais rien ne nous dit que ça peut être le cas pour autant :P) elles commencent toutes par un >, mais je serais prêt à parier qu'on peut faire encore plus concis, y'a de vrais pro du sed dans les parages (je n'en suis pas un :mouarf:)

Citation:

---

Ça ne passe pas avec GNU grep 2.22. Je ne suis d'ailleurs pas certain qu'il soit possible de le faire avec grep uniquement

---

je confirme et j'ai les mêmes doutes, @leternel, c'est testé/avéré ta commande ? (si oui, quelle version de grep)

Citation:

---

Envoyé par leternel

Et si tu tiens à le faire en C (...)

---

à mon avis le PO s'est juste planté de forum...

non, mon grep n'est pas avéré.
En fait, comme il s'agit de filtrer (et non de selectionner), ca ne marche pas.