Détecter automatiquement certaines images dans un stack

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27/12/2015, 18h35
scampi1

Détecter automatiquement certaines images dans un stack

Bonjour,

J'aimerai détecter certaines images (8 bits) qui sont pas exploitables dans un stack. j'ai estimé au préalable une valeur seuil en moyenne de niveaux de gris au dessus de laquelle les images ne sont plus exploitables.
En gros, j'aimerai détecter toutes les images du stack avec une valeur de niveaux de gris supérieur à 150 pour ensuite les enlever du stack par exemple. Je pense qu'il faut faire une macro pour cela mais quelqu'un pourrait-il me donner une piste?

Merci,
28/12/2015, 21h18
ToTo13

Quel type d'images est ce ? Mets donc un lien vers le stack ou deux images (une rejetée une acceptée).
Généralement les images n'étant pas homogène, pour chacune d'entre elle tu vas trouver des pixels en dessus et au dessous de ton seuil. Est ce que tu parles de la moyenne des pixels de l'image ?
28/12/2015, 21h42
scampi1

merci déjà de ta réponse,
malheureusement je ne sais pas trop si je peux rendre public les images car elles ne m'appartiennent pas, c'est un travail que je dois faire dans le cadre de ma formation en Imagerie biologique. En fait ce sont des images issue d'une endoscopie confocale, j'ai plusieurs vidéos avec à peu près une centaine d'images et je dois trouver un moyen de discriminer automatiquement les images non exploitables qui paraissent vraiment très claires selon moi (avec une moyenne en niveau de gris élevé par rapport aux bonnes images où on voit bien les cellules et les vaisseaux qui apparaissent assez sombres).
Pour ce travail j'ai testé plusieurs choses :
-d'abord j'ai étudier le profil des fréquences spatiales des "bonnes/mauvaises images" grâce à l'outil de la transformée de fourier. j'ai ensuite appliqué un seuillage à ces FFT (ce qui a binarisé l'image), puis j'ai regardé l'aire blanche (analyse particles) pour voir si il y avait une différence dans l'idée d'appliquer un filtre (Pass bande par ex) par la suite mais cela n'a rien donné les spectres de fourier etaient relativement semblables.
-donc je suis parti dans l'analyse des niveaux de gris et donc pour cela j'ai fait une macro pour pouvoir répertorier sur excel certaines valeurs caractéristiques des histogrammes pour toutes les images, comme la moyenne des niveaux de gris. J'ai fait tourner la macro pour toutes les vidéos et j'ai réalisé des graphiques et j'ai estimé une valeur seuil en moyenne de niveaux de gris au dessus de laquelle toutes les images ne sont pas exploitables.

J'aimerai maintenant utiliser cette valeur seuil afin de détecter automatiquement les mauvaises images dans toutes les vidéos donc par exemple faire une macro qui me détecte ces images en me les sortant du stack, enfin c'est juste une idée. Car le but du travail c'est de trier les images automatiquement. J'espère que mon explication était à peu près clair, auquel cas je peux donner d'autres infos!
29/12/2015, 00h02
ToTo13
Ok, alors voici trois pistes :
- On souhaite toujours travailler en 3D ou sur une vidéo, mais souvent se ramener à de la 2D est tout aussi bien. Tu pourrais par exemple faire un "stack projection" (connu aussi comme "z-projection" ou "extended depth of focus"). Il y a des algorithmes "intelligents" qui ne prennent que l'information pertinente de chaque image. Comme ça si une de tes images "brillante" contient une cellule,, tu ne perds pas l'information.
- Plutôt que d'utiliser l'intensité moyenne (bien que ça peut quand même fonctionner), j'utiliser l'intégrale du gradient. Comme ça tu discrimines non pas l'intensité, mais la présence d'information dans l'image. Si c'est juste sombre ou clair sans information, alors le gradient sera très faible. Mais s'il y a quelque chose, alors le gradient sera fort.
- Dernière méthode, mais plus dure... faire une segmentation pour chaque image afin de détecter "de manière basique" ce que tu souhaites. Si une image contient des quelque chose, tu la gardes.
31/12/2015, 00h56
Tchoukatroc

Bonjour,

Si tu as besoin d'aide pour écrire une macro, je peux t'aider. Faire une macro pour supprimer des images dans un stack n'est pas compliqué. Si tu as déterminé une valeur seuil qui permet de les différencier, ça me parait simple. Après, il faut voir si les solutions de Toto changent la manière dont tu veux faire les choses, je n'y connais pas grand chose en traitement d'image.
02/01/2016, 11h08
scampi1

Citation:

Envoyé par Tchoukatroc

Bonjour,

Si tu as besoin d'aide pour écrire une macro, je peux t'aider. Faire une macro pour supprimer des images dans un stack n'est pas compliqué. Si tu as déterminé une valeur seuil qui permet de les différencier, ça me parait simple. Après, il faut voir si les solutions de Toto changent la manière dont tu veux faire les choses, je n'y connais pas grand chose en traitement d'image.

merci d'avoir répondu,

effectivement oui j'aurai besoin d'aide car je débute dans l'écriture des macro sous fiji. J'aimerai faire une macro sur un stack de 134 images (8bits) et sélectionner que celles qui ont une valeur moyenne en niveaux de gris inférieur à 150. puis par exemple reconstituer le stack avec que les bonnes images ce serait une idée.
Puis je ferai ensuite tourner la macro sur tous les stacks car la valeur marche pour tous.
Je pense qu'il faudrait faire une boucle for...?

Bonjour,

Pour écrire les macros, tu trouves toutes les fonctions utilisables ici http://rsb.info.nih.gov/ij/developer...functions.html. Tu peux également utiliser les fonctions internes à imageJ dans les macros. Pour cela, il faut utiliser le macro recorder, ça se trouve dans Plugin-->Macros-->Record... Tu lance le recorder, puis chaque action que tu feras (ouvrir un nouveau stack, copier, etc) sera enregistré dans une ligne de code utilisable en macro.
Voila une macro qui devrait fonctionner sur tes images, j'ai essayé de l'annoter au maximum pour que tu comprennes mais n'hésite pas à me poser des questions s'il y a des points que tu ne comprends pas.

Code:

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//Fonction permettant de récupérer le nombre 
//d'images de ton stack dans la variable frames
Stack.getDimensions(width, height, channels, slices, frames);
 
//récupère le nom de l'image
imageName = getTitle();
 
//On crée un tableau qui aura la taille frames
//Un tableau est comme une variable qui peut contenir plusieurs valeurs
//Dans ton cas, on aura un tableau qui contiendra 134 valeurs
//Dans ce tableau, on va noter le numéro des frames qui ont une average intensity <150
//Pour celle, qui ont une intensité>150, on marquera le mot "trash" 
//(ca peut être "trash" ou un autre mot, c'est juste pour détécter les images que l'on ne veut pas)
//le tableau sera du genre 0, 1, trash, 3, 4, trash, ... 
numeroFrame = newArray(frames);
 
//la varible a va servir à compter les nombres d'images à conserver
a=0
for (i=0; i<frames; i++){
	//se positionner sur la frame numéro i+1 (l'annotation des frames commence à 1 et pas à 0)
	Stack.setFrame(i+1);
	//on récupère la valeur d'intensité moyenne de la frame dans la variable mean
	getStatistics(area, mean, min, max, std, histogram);
	//si mean<150, inscrit le numéro de la frame dans le tableau à la position i
	//et incrémente a de 1
	if(mean<150){
		numeroFrame[i]=i;
		a++;
	}
	//si mean>150,inscrit "trash" dans le tableau à la position i  
	else numeroFrame[i]="trash";
}
 
//on crée un nouveau stack avec les même caractéristiques que le précédent
//mais avec un nombre de frame différent (ici le nombre de frames = a)
newImage("Corrected " + imageName, "8-bit grayscale-mode", width, height, channels, slices, a);
 
//Ensuite, on va faire un copier coller de toutes les frames ne correspondant pas à trash 
//du stack initial vers le nouveau stack.
//La variable n va nous permettre de choisir la frame du nouveau stack
n=1;
for(i=0; i<frames; i++){
	//Dans le tableau numeroFrame à la position i, si la valeur n'est pas égale à "trash"
	if(toString(numeroFrame[i]) != "trash"){
		//selectionne le stack initial, place toi sur la frame à copier et copie
		selectWindow(imageName);
		Stack.setFrame(i+1);
		run("Copy");
		//Selectionne le nouveau stack, place toi sur la bonne frame et colle
		selectWindow("Corrected " + imageName);
		Stack.setFrame(n);
		run("Paste");
	}
}

02/01/2016, 14h17
scampi1
Merci, j'ai compris la logique mais pour moi c'est un peu compliqué car je débute mais j'essaye de la faire tourner ligne par ligne et il me détecte déjà une erreur comme quoi "mean" est une variable indéfini:
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 run("Show Info..."); numeroFrame = newArray(134); a=0 for (i=0; i<frames; i++){ Stack.setFrame(i+1); run("Statistics"); if(mean<150){ numeroFrame[i]=i; a++; }
Je n'ai pas l'habitude d'en écrire alors je ne sais pas si c'est bien comme ça..
03/01/2016, 01h08
Tchoukatroc

Dans ton code, il faudrait utiliser getStatistics(area, mean, min, max, std, histogram) au lieu de run("Statistics"). En utilisant run("Statistics"), tu ne crées pas de variable mean.
La fonction getStatistics permet de récupérer des valeurs de ton image (l'aire, l'intensité de gris moyenne, l'intensité de gris minimum, ...) et met ces valeurs dans des variables, ici les variables sont nommées area, mean, min,... mais les noms de ces variables sont arbitraires. On peut très bien écrire getStatistics(perceval, karadock, cest , pas, faux, sire); La variable perceval contiendra la valeur de l'aire, la variable karadock contiendrait la valeur de l'intensité de gris moyenne, etc. Tu trouve cette fonction sur le Built-in macro fonction, c'est le lien que je t'ai envoyé dans le message précédent.
Sinon, as-tu essayé la macro que je t'ai envoyé sur tes images? Je l'ai testé sur un stack de test et elle fonctionne.
03/01/2016, 11h55
scampi1
d'accord du coup j'ai changer sa à l'air de marcher mais il me met un message d'erreur cette fois sur une autre ligne :
Code:

1 2 3 4 5 if(mean<150){ numeroFrame[i]=i; a++; } else numeroFrame[i]="trash";
Macro error :
Code:

1 2 Index(1) out of range numeroFrame[i]<=>i;
04/01/2016, 12h42
Tchoukatroc

Pourrais-tu poster ton code en entier pour que je trouve l'erreur?
Sinon, as-tu essayé la macro que je t'ai envoyée sur tes images, j’aimerais savoir si ça fonctionne?