Script très court : end of line

Bonjour à tous. Je suis étudiant en chimie et je réalise quelques simulations de dynamique moléculaire. Pour cela, je dois utiliser un script que voici :

Nom du script : Production
Compatible avec : Bash (enfin je crois, je lance les script.sh via la commande sbatch script.sh)
Descriptif : permet de lancer une production et de la continuer jusqu'à 10x maximum
Message d'erreur : Unexpected end of line (il m'indique la ligne 15 juste après le "end" où il n'y a rien...)

Code :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14

#!/bin/bash   set cnt = 1 set cntmax = 10   while ( ${cnt} <= ${cntmax} ) if ( ${cnt} == 1 ) then gmx grompp -f input else @ pcnt = ${cnt} - 1 gmx convert-tpr -s input endif @ cnt += 1 end

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Pourriez-vous m'indiquer quelle est l'erreur ? J'ai d'abord cru qu'une des balises n'était pas fermée mais je ne vois pas laquelle pourrait être dans ce cas...

Merci d'avance pour votre aide ! :)
Max

Citation:

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Envoyé par maxff9

Bonjour à tous. Je suis étudiant en chimie et je réalise quelques simulations de dynamique moléculaire. Pour cela, je dois utiliser un script que voici :

Nom du script : Production
Compatible avec : Bash (enfin je crois, je lance les script.sh via la commande sbatch script.sh)
Descriptif : permet de lancer une production et de la continuer jusqu'à 10x maximum
Message d'erreur : Unexpected end of line (il m'indique la ligne 15 juste après le "end" où il n'y a rien...)

Code :

Code:

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#!/bin/bash

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donc c'est bash

Citation:

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Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13

set cnt = 1 set cntmax = 10   while ( ${cnt} <= ${cntmax} ) if ( ${cnt} == 1 ) then gmx grompp -f input else @ pcnt = ${cnt} - 1 gmx convert-tpr -s input endif @ cnt += 1 end

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Pourriez-vous m'indiquer quelle est l'erreur ? J'ai d'abord cru qu'une des balises n'était pas fermée mais je ne vois pas laquelle pourrait être dans ce cas...

Merci d'avance pour votre aide ! :)
Max

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mais le contenu du code n'en n'est pas donc ca marchera jamais sans faire quelques modifications






en bash ça ressemblerai à ça (en retirant les "echo" bien sur...

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17

#!/bin/bash   cnt=1 cntmax=10   while [ ${cnt} -ne ${cntmax} ] do if [ ${cnt} -gt 1 ] ; then echo gmx grompp -f input else echo pcnt=$(( ${cnt} - 1 )) echo gmx convert-tpr -s input fi cnt=$(( ${cnt} + 1 )) echo cnt=$cnt done

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demonstration :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21

francois@baal:~$ ./toto pcnt=0 gmx convert-tpr -s input cnt=2 gmx grompp -f input cnt=3 gmx grompp -f input cnt=4 gmx grompp -f input cnt=5 gmx grompp -f input cnt=6 gmx grompp -f input cnt=7 gmx grompp -f input cnt=8 gmx grompp -f input cnt=9 gmx grompp -f input cnt=10 francois@baal:~

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donc soit c'est un code qui marche en sbatch mais alors tu lance bash pour l'interpreter donc ca merde... (donc supprimer la ligne #...bash )
soit tu dois le lancer seul sans sbatch mais il faut que le shell corresponde au code a traiter....

D'accord, je comprends mieux. En fait j'étais borné à penser que ça marcherait directement en bash alors que c'en était même pas...
Si j'utilise le code suivant que tu m'as donné, ça marchera correctement alors ?

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17

#!/bin/bash   cnt=1 cntmax=10   while [ ${cnt} -ne ${cntmax} ] do if [ ${cnt} -gt 1 ] ; then echo gmx grompp -f input else echo pcnt=$(( ${cnt} - 1 )) echo gmx convert-tpr -s input fi cnt=$(( ${cnt} + 1 )) echo cnt=$cnt done

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Merci beaucoup pour ta réponse. :D

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17

#!/bin/bash   cnt=1 cntmax=10   while [ ${cnt} -ne ${cntmax} ] do if [ ${cnt} -gt 1 ] ; then gmx grompp -f input else pcnt=$(( ${cnt} - 1 )) gmx convert-tpr -s input fi cnt=$(( ${cnt} + 1 ))   done

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en virant les echo et si necessaire en donnant le chemin absolu de la commande gmx

Citation:

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Envoyé par frp31

donc c'est bash

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qui est demandé

Citation:

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mais le contenu du code n'en n'est pas donc ca marchera jamais sans faire quelques modifications

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Àmha, la modification la plus petite serait de remplacer "ba" par "c" dans la première ligne!

C'est-à-dire remplacer #!/bin/bash par #!/bin/csh car ça ressemble beaucoup à du csh (mais mes souvenirs peuvent me trahir!). ;)