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Perso je n'ai pas l'impression qu'on bouscule mes habitudes puisque j'utilise depuis des années NPM, bien avant Angular 2. Personne ne nous oblige à utiliser NPM, si autant de gens choisissent de publier dessus c'est que c'est simple, gratuit et terriblement pratique. C'est la seule plateforme que je connaisse qui permette de publier un module en une seule ligne de commande. En ce sens, ça ne m'étonne pas qu'il soit devenu si populaire, au même titre que Github.
Un premier problème que je vois avec cet approche, c'est que les ressources sur AngularJS deviennent dépendantes d'autres technologies amenées à changer, disparaître ou être remplacées. Il m'est déjà arrivé de perdre plusieurs heures sur un tuto parce qu'il introduisait le sujet avec des informations obsolètes. Pour moi, la manière de générer un projet avec un programme tiers, aussi populaire soit-il devrait être ajoutée à titre informatif et facultativement.