remplacer plusieurs caractères dans un texte à une position donnée

Bonjour,

Je souhaite remplacer les bases A et G situé dans une position précise par T dans une séquence donnée
Je souhaite remplacer les A et G par T pour les positions entre 11-20; 34-57 et 105-116

fichier de la séquence

Code:

---

1 2 3

>seq CGCCTGACTGGAGGCGGATCCAGCCGGCCAGCTGCCTCTCTGGAGCCCAGCTCTTGGGCCCCCTGCACTCACCTGCTCTTCCTGGGCTGGCTGTCTCCTGCTCATCCAGCCATGCGGT

---

fichier position

Code:

---

1 2 3 4

11 20 34 57 105 116

---

Ainsi obtenir au final :

Code:

---

1 2	CGCCTGACTGNNNNNNNNNNCAGCCGGCCAGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCCCTGCACTCACCTGCTCTTCCTGGGCTGGCTGTCTCCTGCTCANNNNNNNNNNNN

---

Ce que j'ai fait :
J'extrais les sous-séqueces correspondant aux différentes positions puis je remplace A et G par T dans ses sous séquences. Mais, je coince car je n'ai pas la séquence finale

Code:

---

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

for line in open(file_position): line = line.replace('\n', '') element = line.split("\t") start_results=int(element[1])   seq = ''.join(name2seq.values()) # séquence   sous_seq = seq[start_results-1:stop_results:1] # extraction de la sous-séquence mask = {'A':'T','G':'T'} print (''.join([ e.replace(e, mask[e]) for e in sous_seq])

---

Je pense que ce n'est pas la bonne méthode mais comment remplacer plusieurs caractère dans un texte à une position donnée?

Salut,

Citation:

---

Envoyé par pontarose

Je pense que ce n'est pas la bonne méthode mais comment remplacer plusieurs caractère dans un texte à une position donnée?

---

Les string sont immutables: remplacer <=> créer une nouvelle string.
Vous pouvez essayer 2 solutions:

• Découper la chaîne initiale en (liste de) segments 0-10, 11-20, 21-33, 34-57,... remplacer les caractères dans les segments qui vous intéressent, construire la chaine de caractère finale.
• Transformer la chaine de caractère en liste de caractère, parcourir la liste avec un
  
  Code:

  ---

  1 2	for x, ch in enumerate(liste): ...

  ---

  lorsque le x est dans les intervalles définis, remplacer le caractère si nécessaire.
  à la sortie, reconstruire la chaîne de caractères à partir de la liste.

Bon courage,

- W

:salut:
Ce que j'aurais fait à ta place ce serait de créer une fonction identique à replace() mais cette fois en ajoutant 2 paramètres en plus, un pour la position du caractère à changer et le second pour le caractère à utiliser ensuite je retourne un nouvelle chaîne. Tu pourras parcourir ton fichier position et recupérer ta chaine changée comme tu veux.

Salut,

Où est le problème ? Les string peuvent être découpées par slicing.

Code:

---

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

>>> seq = 'CGCCTGACTGNNNNNNNNNNCAGCCGGCCAGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCCCTGCACTCACCTGCTCTTCCTGGGCTGGCTGTCTCCTGCTCANNNNNNNNNNNN' >>> def replace_(string, start, end, orig, subs): ... part = string[start:end].replace(orig, subs) ... return ''.join([string[:start], part, string[end:]]) ... >>> seq = replace_(seq, 20, 32, 'A', 'T') >>> seq = replace_(seq, 20, 32, 'G', 'T') >>> seq 'CGCCTGACTGNNNNNNNNNNCTTCCTTCCTTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCCCTGCACTCACCTGCTCTTCCTGGGCTGGCTGTCTCCTGCTCANNNNNNNNNNNN'

---

Salut,

Ce qu'il est possible de faire aussi c'est de transformer ta chaîne en liste. Effectuer tes modifications. Puis retransformer en string.

Code:

---

1 2 3 4 5 6 7

>>> seq='CGCCTGACTGNNNNNNNNNNCAGCCGGCCAGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCCCTGCACTCACCTGCTCTTCCTGGGCTGGCTGTCTCCTGCTCANNNNNNNNNNNN' >>> seqList=list(seq) >>> position=21 >>> [seqList[x].replace(seqList[x],'T') for x in range(0,21) if seqList[x]=='G'or seqList[x]=='A'] >>> seqUpdate=''.join(str(e) for e in seqList) >>> seqUpdate 'CGCCTGACTGNNNNNNNNNNCTGCCGGCCAGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCCCTGCACTCACCTGCTCTTCCTGGGCTGGCTGTCTCCTGCTCANNNNNNNNNNNN'

---

Attention à la position dans la liste ;)
remplacer range par tes plages.

Edit: En fait ca ne marche pas. je reviendrai dessus.

Edit bis:

Code:

---

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

>>> def replace_char(liste,orig,term,fValue=('A','G'),tValue='T'): for i in range(orig,term): if liste[i] in fValue: liste[i]=tValue   >>> seq 'CGCCTGACTGNNNNNNNNNNCAGCCGGCCAGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCCCTGCACTCACCTGCTCTTCCTGGGCTGGCTGTCTCCTGCTCANNNNNNNNNNNN' >>> seqList=list(seq) >>> replace_char(seqList,0,21) >>> seqUpdate=''.join(str(e) for e in seqList) >>> seqUpdate 'CTCCTTTCTTNNNNNNNNNNCAGCCGGCCAGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCCCTGCACTCACCTGCTCTTCCTGGGCTGGCTGTCTCCTGCTCANNNNNNNNNNNN'

---