Javascript dans fichier externe avec variables J2EE

Bonjour à tous !

Etant donné que mon sujet concerne le JS et le Java, je ne savais pas où le mettre mais j'ai estimé qu'il concernait principalement le JS. S'il n'est pas au bon endroit, je m'excuse par avance.

Voilà mon problème :

On me demande de nettoyer des fichiers .jsp en séparant le JavaScript du reste de la page en le mettant dans un fichier externe.
Le problème, c'est que dans le JavaScript actuellement place dans la page, il y a de nombreuses utilisations de variables Java. Dans le genre :

$("#nomBalise").html("<%=variable Java%>");
ou
$("#<%=variable Java%>").html("toto");

Ma question est donc, sachant cela, comment puis-je externaliser mon JavaScript ?
J'ai pensé à passer des variables en parametres mais :
1 : Si c'est possible en JavaScript, je n'ai pas trouvé comment
2 : Il y a vraiment beaucoup de variables donc ça serait imbuvable ...

Avez-vous une idée ?

Merci d'avance :)