[bioinfo] fonction getoption

Salut,

J'ai 2 questions:

*** tout d'abord je me sers depuis un bout de tps de la fonction getoption et j'ai vu qu'on pouvais s'en servir également pour passer en ligne de commande le nom du fichier à ouvrir et nécéssaire au programme mais aussi pour écrire en ligne de commande le nom du fichier de sorti des résultats. Est-ce que quelqu'un à un exemple ou sait comment ça marche?

*** ensuite j'aimerai pouvoir vérifier les options passéess en lignee c'est-à-dire qu'elle contiennent bien des valeurs et si elles n'en contiennent pas de mettre des valeurs par défaut.

voici donc:

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15

## Fonction Getopt lit les options passées en ligne de commande (avec des raccourcis de commande) Getopt::Long::GetOptions('G=s' => \$GC,'GC=s' => \$GC, 'M=s' =>\$MOTIF, 'MOTIF=s' =>\$MOTIF,'A=s' =>\$AU, 'AU=s' =>\$AU, 'L=s' =>\$LENGTH, 'LENGTH=s' =>\$LENGTH,'R=s' => \$RES, 'RES=s' => \$RES, 'T=s' =>\$TRI, 'TRI=s' =>\$TRI, 'P=s' =>\$PAUSE,'PAUSE=s' =>\$PAUSE);     ## Attribution de valeur par défaut aux options passées en ligne de ## commande dans le cas où l'utilisateur oublie de saisir les valeur   if ( !( $GC =~ m/^\d+$/)) { print "GC est indefini\t"; $GC = 1; } if ( !( $MOTIF =~ m/^\d+$/)) { print "MOTIF est indefini\t"; $MOTIF = 1; } if ( !( $AU =~ m/^\d+$/)) { print "AU est indefini\t"; $AU = 1; } if ( !( $LENGTH =~ m/^\d+$/)) { print "LENGTH est indefini\t"; $LENGTH = 19; } if ( !( $RES =~ m/^\d+$/)) { print "RES est indefini\t"; $RES = 0; } if ( !( $TRI =~ m/^\d+$/)) { print "TRI est indefini\t"; $TRI = 0; } if ( !( $PAUSE =~ m/^\d+$/)) { print "PAUSE est indefini\t"; $PAUSE = 0; }

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Pour le moment, cela marche dc pas de pbl, mais j'aimerai simplement changer cette "architecture" qui me parait très redondante, on m'a dit que l'idéal serait de passer par un hash mais je ne vois pas trop comment....

merci de lvotre aide

perlaud

voici ce que j'ai fait, pour l'ouverture de fichier passé en ligne de commande :

Code:

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1 2	Getopt::Long::GetOptions('FE=S' => \'$fichier_entree, 'G=s' => \$GC,'GC=s' => \$GC, 'M=s' =>\$MOTIF, 'MOTIF=s' =>\$MOTIF,'A=s' =>\$AU, 'AU=s' =>\$AU, 'L=s' =>\$LENGTH, 'LENGTH=s' =>\$LENGTH,'R=s' => \$RES, 'RES=s' => \$RES, 'T=s' =>\$TRI, 'TRI=s' =>\$TRI, 'P=s' =>\$PAUSE,'PAUSE=s' =>\$PAUSE);

---

puis un peu plus loin dans le code j'ai:

Code:

---

open (FIC , "$fichier_entree") || die "Probleme d'ouverture: $!";

---

mais ça ne marche pas et j'obtient comme message d'erreur ds le terminal

Citation:

---

Bareword found where operator expected at ./programme.pl line 59, near
"'$fichier_entree, 'G" (#1)
(S) The Perl lexer knows whether to expect a term or an operator. If it
sees what it knows to be a term when it was expecting to see an
operator, it gives you this warning. Usually it indicates that an
operator or delimiter was omitted, such as a semicolon.

(Missing operator before G?)
syntax error at ./programme.pl.pl line 59, near "'$fichier_entree, 'G"
Execution of ./programme.pl aborted due to compilation errors (#2)
(F) Probably means you had a syntax error. Common reasons include:

A keyword is misspelled.
A semicolon is missing.
A comma is missing.
An opening or closing parenthesis is missing.
An opening or closing brace is missing.
A closing quote is missing.

Often there will be another error message associated with the syntax
error giving more information. (Sometimes it helps to turn on -w.)
The error message itself often tells you where it was in the line when
it decided to give up. Sometimes the actual error is several tokens
before this, because Perl is good at understanding random input.
Occasionally the line number may be misleading, and once in a blue moon
the only way to figure out what's triggering the error is to call
perl -c repeatedly, chopping away half the program each time to see
if the error went away. Sort of the cybernetic version of S<20
questions>.

Uncaught exception from user code:
syntax error at ./programme.pl line 59, near "'$fichier_entree, 'G"

---

voici comment j'appelle le programme :

Citation:

---

mouche:~/Documents/dossier nom$ ./programme.pl --FE /Users/nom/Sequences/Seq -G 1 -M 1 -A 1 -L 19 -R 1 -T 1 -P 0

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je suis sûre de l'adresse du fichier d'entrée, car ça marche dans d'autre cas.

merci

salut

il faut que tu identes un peu tom code, c'est tres illisible sinon (enfin c'est peu etre juste un pb de copie colle)

Code:

---

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15

Getopt::Long::GetOptions('FE=S' => \'$fichier_entree, 'G=s' => \$GC, 'GC=s' => \$GC, 'M=s' =>\$MOTIF, 'MOTIF=s' =>\$MOTIF, 'A=s' =>\$AU, 'AU=s' =>\$AU, 'L=s' =>\$LENGTH, 'LENGTH=s' =>\$LENGTH, 'R=s' => \$RES, 'RES=s' => \$RES, 'T=s' =>\$TRI, 'TRI=s' =>\$TRI, 'P=s' =>\$PAUSE, 'PAUSE=s' =>\$PAUSE);

---

et ensuite lis bien la documentation du module Getopt::Long http://www.perl-gratuit.com/cgi-bin/demos/pg-perldoc.pl
tu n'es pas oblige de faire

Code:

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1 2	'P=s' =>\$PAUSE, 'PAUSE=s' =>\$PAUSE

---

si il n'y a pas d'autres parametres qui commence par P, tu peux eliminer P=s' =>\$PAUSE,,le module va savoir que en mettant -P en ligne de commance c'est en fait un raccourci pour -PAUSE
effectivement si tu avais une option -PRIMER il faudrait que tu tapes au moins -PR ou -PA pour pouvoir differencier les deux

j'étais déjà au courant pour:

Citation:

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si il n'y a pas d'autres parametres qui commence par P, tu peux eliminer P=s' =>\$PAUSE,,le module va savoir que en mettant -P en ligne de commance c'est en fait un raccourci pour -PAUSE
effectivement si tu avais une option -PRIMER il faudrait que tu tapes au moins -PR ou -PA pour pouvoir differencier les deux

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mais j'ai fait ça pour faire avec ou sans raccourci, mais bien sûr c'est plus simple de taper une seule lettre! je suis d'accord

je lis la doc que tu m'as donnée et te fait signe si pbl

merci à+

fsapet, est-ce que tu as un exemple à me donner avec GetOption, parce que j'avoue que je ne suis ps très à l'aise avec la doc...

merci @+
:lol:

a quoi correspond $verbose?

Citation:

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Envoyé par perlaud

mais j'ai fait ça pour faire avec ou sans raccourci, mais bien sûr c'est plus simple de taper une seule lettre! je suis d'accord

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Resalut
justement je crois que tu n'as pas tres bien saisi
avec 'PAUSE=s' =>\$PAUSE, tu peux aussi taper -P en ligne de commande et ca marchera !!
donc dans ton code tu peux eliminer la redondance (inutile de mettre 'PAUSE=s' =>\$PAUSE ET 'P=s' =>\$PAUSE, tu mets simplement 'PAUSE=s' =>\$PAUSE et l'autre est en fait sous-entendu)


voila
sinon pour ta facon d'utiliser le module est bonne (indente ton code tu verras c'est plus clair a lire)
mais ton pb est de verifier les options que les utilisateurs ont passe en ligne de commande
donc par exemple je vois que tu fais

Code:

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if ( !( $GC =~ m/^\d+$/)) { print "GC est indefini\t"; $GC = 1; }

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tu cherches a verifier que l'utilisateur passe bien un nombre (\d+), c'est inutile
en fait le module peut le faire pour toi

Code:

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'GC=s' => \$GC,

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tu as ce code, le s signifie que $GC doit etre une string
si tu mets i a la place de s, le module verifiera que c'est bien un integer
voici la liste des options dispos :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14

= type [ desttype ] The option requires an argument of the given type. Supported types are:   s String. An arbitrary sequence of characters. It is valid for the argument to start with - or --.   i Integer. An optional leading plus or minus sign, followed by a sequence of digits.   o Extended integer, Perl style. This can be either an optional leading plus or minus sign, followed by a sequence of digits, or an octal string (a zero, optionally followed by '0', '1', .. '7'), or a hexadecimal string (0x followed by '0' .. '9', 'a' .. 'f', case insensitive), or a binary string (0b followed by a series of '0' and '1').   f Real number. For example 3.14, -6.23E24 and so on.

---

ensuite je vois que tu cherches a donner une valeur par defaut si l'utilisateur se plante
le module peut le faire a ta place

Code:

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1 2	: number [ desttype ] Like :i, but if the value is omitted, the number will be assigned.

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en effet je n'avais pas bien saisi pour

Citation:

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justement je crois que tu n'as pas tres bien saisi
avec 'PAUSE=s' =>\$PAUSE, tu peux aussi taper -P en ligne de commande et ca marchera !!
donc dans ton code tu peux eliminer la redondance (inutile de mettre 'PAUSE=s' =>\$PAUSE ET 'P=s' =>\$PAUSE, tu mets simplement 'PAUSE=s' =>\$PAUSE et l'autre est en fait sous-entendu)

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mais avec tes explications, j'ai compris et en plus je l'ai lu dans la doc.

dans la doc, j'ai lu ce que tu m'as dit:

= type [ desttype ] et i pour integer
donc si j'ai bien compris, j'ai juste à modifier 'PAUSE=s' =>\$PAUSE en 'PAUSE=i' =>\$PAUSE, je n'ai pas besoin d'écrire type [ desttype ]?

et comment faire avec:

: number [ desttype ]
* * Like :i, but if the value is omitted, the number will be assigned.

Encore qlq petites questions:
---A quoi sert $verbose? à retourner une valeur true ou false?
---Comment puis-je entrer en ligne de commande le path d'un fichier d'entrée et le path d'un fichier de sortie?

merci bcp fsapet, t'es trop cool!

:lol:

impossible de comprendre comment marche :
#:number [ desttype ]
#Like :i, but if the value is omitted, the number will be assigned.

:oops: :oops:
:cry: :cry: :cry:


sinon copie colle ce code dans un test.pl et lance les lignes de commande exemples
ca devrait aller mieux ensuite (on peut faire encore plus de truc avec ce module mais je ne suis jamais aller plus loin, il existe aussi Getopt::Declare qui fait encore plus de choses mais comme j'en ai assez avecGetopt::Long;, j'en reste la )

Code:

---

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60

#!/bin/perl -w   use strict; use diagnostics; use warnings; use Getopt::Long;   my ($input_file, $output_file, $help); my $number = 10; #valeur par defaut, impossible de comprendre comment marche : #:number [ desttype ] #Like :i, but if the value is omitted, the number will be assigned.   #EXEMPLES DE LIGNES DE COMMANDE   #test.pl -i fic1 -output file2 $number prends sa valeur par defaut 10 >INPUT:fic1 OUTPUT:file2 NUMBER:10   #test.pl -i fic1 -output file2 -number ppp >Value "ppp" invalid for option number (number expected) # >INPUT:fic1 OUTPUT:file2 NUMBER:10   #test.pl -i fic1 -output file2 -n 8888 >INPUT:fic1 OUTPUT:file2 NUMBER:8888   #test.pl --h #test.pl --help #test.pl -h #test.pl -help     GetOptions ( "input=s" => \$input_file, "output=s" => \$output_file, "number=i" => \$number, "help" =>\$help );     my $usage = " USAGE:-i -o [-h|--help]   PARAMS : -i the name of input file -o the name of output file   OPTIONS : -h or --help print this help   ";   if (!defined ($input_file) || !defined ($output_file)) { print $usage; exit(0); }   if ($help) { print $usage; exit(0); }     print "INPUT:$input_file\tOUTPUT:$output_file\tNUMBER:$number\n";

---

sinon concernant $verbose cela permet de faire des choses du style

Code:

---

if (defined ($verbose) ) {print "bienvenue dans mon script\n";}

---

ainsi quand tu lances ton script celui ci est silencieux, si tu veux afficher les messages tu donnes une valeur a -v true ou -v 1 ou -verbose yes

Pour le moment, le code que tu m'as donné ne tourne pas sur ma machine,
j'ai ce message d'erreur

Citation:

---

-bash: ./test.pl: /bin/perl: bad interpreter: No such file or directory

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je ne comprend pas car les fichiers d'entrée et de sortie existent bien, ils sont ds le même répertoire que test.pl
j'appelle le programme avec

Citation:

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./test.pl -i Entree -output Sortie

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donc je ne sais pas d'où ça vient...mais je vais essayer de bien potasser tout ça ce WE!

MERCI pour ton aide et je te refait signe lundi.

@+

salut

pas besoin de fichier
c'est juste un test, je ne fais aucun traitement sur les fichiers, juste des print

sinon fo bien entendu que tu adaptes la premiere ligne du script a ton environnement !!!
:roll:

je ne comprends pas ce que tyu veux dire par

Citation:

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pas besoin de fichier

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et par

Citation:

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sinon fo bien entendu que tu adaptes la premiere ligne du script a ton environnement !!!

---

????? :cry:

allons allons

reprenez vous voyons :P

La première ligne est le shebang, bien connu des habitués des scripts en shell. Cette ligne (qui doit toujours être la première du fichier) indique au système d'exploitation le chemin de l'exécutable à lancer pour interpréter ce fichier. Le premier caractère doit être un dièse, ce qui a pour effet que cette ligne est considérée comme un commentaire Perl par l'interpréteur. Ensuite un point d'exclamation. Puis le chemin absolu vers l'exécutable perl (à adapter selon votre installation, voir ce que répond type perl ou which perl). Enfin les options que l'on souhaite passer à l'interpréteur.
vu ici http://www.lhullier.org/publications...html#id2396544

donc adapte selon ton environnement (enfin tu recopies la ligne d'un de TES scripts)


sinon tu me dis : ""je ne comprend pas car les fichiers d'entrée et de sortie existent bien, ils sont ds le même répertoire que test.pl ""
tu n'as pas besoin d'un quelconque fichier de sortie ou d'entree
mon programme test.pl ne fait rien d'autre que de prendre des arguments en ligne de commande et les imprimer

OK, j'ai compris, merci bcp!

je vais faire en sorte que ça tourne.

MERCI pour tout l'aide!
:lol:

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