[BASH] Taille d'un élement

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J'ai une séquence au format fasta
>chr1
ATANTATACCGANNN

Je souhaite substituer la lettre N par rien et ensuite obtenir obtenir le nombre de lettre de la 2ième ligne,mais je bloque
Si quelqu'un peux m'aider!

Code:

1
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5
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7
8
9
10
11
#!/bin/bash
for i
do
	echo $i
        len=$(echo $i | sed 's/N//g' | awk "NR \"% 2\" == 1"   #calculer taille séquence après avoir enlevé le N (i.e 11)
        nomseq=                                                               #récupérer le nom de la séquence (i.e chr1)
        echo length:$len
        cnt=$(echo $i | grep -oh 'C\|G\|g\|c' |awk "NR \"% 2\" == 1 ) #calcul le nombre G et C (i.e 3)
        gc=$(awk "BEGIN {printf \"%.2f\",${cnt}/${len}}")
        echo -e $nomseq"\t$gc
done

Résultat attendu
chr1 0.27

28/07/2015, 20h23
Flodelarab
Bonjour :coucou:

Citation:

Je souhaite substituer la lettre N par rien et ensuite obtenir obtenir le nombre de lettre de la 2ième ligne,mais je bloque
Code:

1 2 $ echo -n 'ATANTATACCGANNN' |sed 's/N//g' |wc -c 11
28/07/2015, 20h36
N_BaH
Bonjour,

et encore, vu qu'on est en bash :
Code:

1 2 3 4 $ var=ATANTATACCGANNN $ var2=${var//N/} $ echo ${#var2} 11
le script est très bizarre, limite pas logique/rationnel :weird:
de toute façon, il y a beaucoup trop de commandes externes !
29/07/2015, 09h04
pontarose

Bonjour,

MERCI Flodelarab et N_BaH de vos réponses.
Flodelarab le résultat me donne 17 et non 11! J'avais testé en effectuant len=$(echo $i | sed 's/N//g' | tr -d '\n' | wc -c) et j'obtiens toujours 17
N_BaH cela ne fonctionne pas j'obtiens commande introuvable, même en changeant la substitution que tu as faite. Je vais peut être essayer de faire le script en pyton, mais sur le fond je vois pas comment le penser autrement!

MERCI
29/07/2015, 13h17
N_BaH

la première ligne, qui commence par >, peut contenir des espaces, une boucle for n'est donc pas adaptée, et puis je doute de la pertinence de passer une séquence fasta en argument à un script. Ça fait partie de l'énoncé ?
la/es ligne(s) suivante(s) décrivent une seule séquence, et doivent être contenues dans une seule variable.
29/07/2015, 14h08
Flodelarab

+1 pour la première réponse de N_BaH. Ce script est bizarre, hétérogène et avec un but flou.

Citation:

Envoyé par pontarose

Flodelarab le résultat me donne 17 et non 11! J'avais testé en effectuant len=$(echo $i | sed 's/N//g' | tr -d '\n' | wc -c) et j'obtiens toujours 17

Probablement car tu comptes des caractères invisibles.

Code:

echo -n "$i" | sed 's/N//g' | tr -d '\n\t \r' | wc -c