ImageJ Pile, Alignement, Applatissement, Superrésolution

Bonjour,

Etant débutant sur ImageJ, j'ai plusieurs questions :

Pour faire de la super résolution il est nécessaire que tous les slices soient alignés, ce qui se fait bien avec le plugin Template_Matching... si l'objet n'est pas trop en rotation sur lui même (je pense être dans un cas limitrophe). Mes slices étant déjà des x4 des originaux, pas besoin de les aggrandir. Enfin pour applatir l'image, j'utilise la fonction Z-project de Image>Stack, avec une moyenne sur l'intensité de chaque image (8-bit, échelle de gris). Cependant mon résultat est pour ainsi dire quasiment le même que toutes les images de bases.

Sinon j'ai trouvé un plugin intéressant (Parallel Super Resolution), mais lorsque je lui demande de travailler sur ma pile, il me renvoie un log "java.outofmemoryerror", dois je comprendre que mon image est trop "grosse" (8000 * 8000)


En vous remerciant pour l'attention que vous me porterez,

Respectueusement.

Bonjour,

Oui, peut être que ton image est trop grosse. Tu peux augmenter la quantité de mémoire vive allouée à imageJ dans les préférences (il me semble que de base, imageJ à 2Gb de RAM alloué ce qui est rapidement insuffisant pour de gros stack).

Re,

Merci de la réponse.
Effectivement l'image était trop grosse, mais, avec des échantillons 256*256 de l'image, j'ai un tout autre problème. L'alignement est bof, mais surtout le procédé de super résolution est étrange , sur des templates, images basiques, tout marche bien, mais sur mon image, elle est en sortie plus foncée qu'en entrée, sans vraiment d'amélioration.
Que faire ? Connaissez vous un meilleur moyen de procéder ? ( Normalized convolution ? Matlab? ...)

Respectueusement,

Pour l'alignement/registration, il y a le plugin StackReg qui fonctionne très bien. Teste différents types d'alignements, car on pense toujours que la déformation est juste une translation, mais c'est souvent faux.

Les fonction de z-projection d'ImageJ sont juste aussi basiques que mauvaises. Il existe un plugin nommé "extended depth of field" développé par des chercheurs de l'EPFL qui fonctionne très bien. C'est basé sur les ondelettes, donc parfois l'algorithme introduit un petit halo autour des structures.