Traitement image Python - comparaison de zones par couleur majoritaire

Bonsoir,

Je m'intéresse à Python pour interpréter des résultats concernant un projet de biologie.
Mon projet consiste en l'étude de photos d'un aquarium rectangulaire rempli de strates de terre/sable de couleurs différentes. En fait, je veux réaliser une comparaison avant/après le passage de vers de terre pour quantifier le brassage qu'ils réalisent.
Pour cela, j'ai pensé à quadriller mes photos et analyser ces zones pixel par pixel pour obtenir des pourcentages de couleur par zone, comparables aux autres photos.
Un étalon de couleur est présent sur chacune des photos qui me permettrait d'obtenir des pourcentages comparables en les ajustant à l'étalon (pour tenir compte des différences de luminosité etc).

J'ai un grand nombre de questions, étant donné que je suis très novice en traitement d'images sur Python.
D'abord, comment croyez vous que je puisse "zoner" les photos? Sachant qu'elles ne sont pas toutes prises exactement dans le même cadre.
Ensuite, quelle méthode utiliser pour balayer ces zones pixel par pixel?
Je ne sais absolument pas par où commencer...

Merci pour votre attention!