Stockage commande grep dans une variable puis affichage

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Bonjour à tous,
J'ai deux fichiers.
Un premier comme ceci :
Code:

1 2 3 4 128up-RA 14-3-3epsilon-RA 14-3-3zeta-RB CG1041-RA
Et l'autre comme cela :
Code:

1 2 3 4 5 FBtr0087976 128up-RA,CG8340-RA FBtr0083565 14-3-3epsilon-RA,CG31196-RA FBtr0088412 14-3-3zeta-RB,CG17870-RB FBtr0081734 CG1041-RA FBtr0110774 CG1041-RB,CG1041-RA
Je veux rechercher toutes les valeurs de mon fichier 1 dans le fichier 2 de façon à recupérer la valeur qui commence par FBtr.
Pour cela, j'ai fait :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 while read ligne do test=`grep -w $ligne fichier2.txt`; if [ ! -z "$test" ];then echo "$ligne $test" fi done < fichier1.txt
Cela me retourne :
Code:

1 2 3 4 5 128up-RA FBtr0087976 128up-RA,CG8340-RA 14-3-3epsilon-RA FBtr0083565 14-3-3epsilon-RA,CG31196-RA 14-3-3zeta-RB FBtr0088412 14-3-3zeta-RB,CG17870-RB CG1041-RA FBtr0081734 CG1041-RA FBtr0110774 CG1041-RB,CG1041-RA # je voudrais CG1041-RA FBtr0110774 CG1041-RB,CG1041-RA
Le problème, c'est que lorsque mon grep retourne plus d'une ligne, je n'ai pas l'affichage de la valeur $ligne dans la première colonne ...
Comment puis je faire ?

22/04/2015, 12h24
N_BaH

Bonjour,

il faudrait tester le retour de grep pour savoir s'il y a plus d'une ligne, et alors parcourir cette sortie comme un fichier.

NB: ! -z = -n.

pourquoi la sortie doit-elle avoir cette forme ?

awk me semble plus adapté, pas pour remplacer grep, mais pour remplacer tout le script.

J'ai fait comme ceci, je ne sais pas s'il y avait plus simple :

Code:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
while read ligne
do
	test="$(grep -w $ligne $1)";
	if [ -n "$test" ];then
	echo "$test" | awk -vinput="$ligne" 'BEGIN {FS= "\n"}{print input"\t" $0}' >> $2
	fi
 
 
done < $3

22/04/2015, 14h15
N_BaH

je voyais plutôt ça :

Code:

awk 'NR==FNR{motifs[$0]++; next}{for(mot in motifs)if($0 ~ mot)print mot"\t"$0}' ceci cela

EDIT:
une solution un peu plus bashy :

Code:

$ while read line; do mapfile -t ar < <(grep -w "$line" cela); ((${#ar[@]})) && printf "$line\t%s\n" "$ar[@]}"; done < <ceci

ou carrément bashée :cfou: :

Code:

$ while read line; do while read line2; do [[ $line2 =~ $line ]] && ar+=( "$line2" ); done < cela; ((${#ar[@]})) && printf "$line\t%s\n" "$ar[@]}"; unset ar; done < ceci

mais bon, niveau performance, y a pas photo : c'est awk !
23/04/2015, 11h13
Flodelarab
Bonjour,

j'ai l'impression qu'on remplace un fichier de correspondance par un autre fichier de correspondance. Il faudrait cerner le vrai but final.

Car, quit à utiliser awk, autant prendre le fichier suivant, en considérant la tabulation et la virgule comme séparateur, ayant ainsi le "FBtr0087976" comme champ $1 et les autres $2 $3 ... $NF :
Code:

1 2 3 4 5 FBtr0087976 128up-RA,CG8340-RA FBtr0083565 14-3-3epsilon-RA,CG31196-RA FBtr0088412 14-3-3zeta-RB,CG17870-RB FBtr0081734 CG1041-RA FBtr0110774 CG1041-RB,CG1041-RA