Problème avec le linker de MinGW (TDM-GCC-64) et OpenMP sur Windows

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Bonjour,

Après avoir écumé le web pendant des jours pour compiler des fichiers mex, j'appelle à l'aide !
Je souhaite travailler avec ces codes Matlab ici. Ca contient des fichiers en cpp, que j'ai besoin de compiler à l'aide d'une fonction fournie.

N'ayant pas de compiler sur mon ordinateur, j'ai commencé par installer TDM-GCC-64, car j'ai besoin d'utiliser openmp, j'ai utilisé gnumex pour pouvoir indiquer à Matlab d'utiliser ce compiler, j'ai modifié le path, enfin bref je pense avoir installé le truc correctement.
J'ai ensuite dû modifier le fichier mexopts.bat comme expliqué ici pour faire fonctionner la compilation d'un fichier exemple tout simple : yprime.c fourni avec Matlab. Ca marche pour ce fichier là mais pour le code que j'essaie de compiler, j'obtiens l'erreur suivante :
Code:

1 2 3 4 5 collect2.exe: error: ld returned 1 exit status C:\PROGRA~1\MATLAB\R2013B\BIN\MEX.PL: Error: Link of 'C:\Users\Elise\Desktop\AFIS\CSH_code_v3\C_and_Mex\votemex.mexw64' failed. Unable to complete successfully.
J'ai modifié mon fichier mexopts.bat en m'inspirant de ce lien. Ca n'a rien changé... J'obtiens toujours cette même erreur et je suis à court d'idées pour solutionner ça.

J'ai bien trouvé cette discussion sur ce forum http://www.developpez.net/forums/d14...w-erreur-link/ Je ne comprends pas les réponses malheureusement, un peu trop technique pour moi... J'ai l'impression que le problème vient de Mingw ou de mon fichier mexopts.bat.

Quelqu'un a-t-il une idée ?

J'utilise Matlab 2013b sous Windows 8.1.
La commande Matlab utilisée :
Code:

1 2 mex OPTIMFLAGS="-DNDEBUG -DMEX_MODE -fopenmp" knn.cpp mexutil.cpp nn.cpp votemex.cpp patch.cpp vecnn.cpp simnn.cpp allegro_emu.cpp -output ../votemex
Le .bat :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 @echo off :: Set this to your Mingw64 top folder, where you extracted the above set MINGWPATH=C:\TDM-GCC-64 :: Leave these alone unless you know what you're doing. set PATH=C:\TDM-GCC-64\x86_64-w64-mingw32\bin;%PATH% set PRELINK_CMDS=echo.>%TEMP%\mexstaticlibs :: You can have MEX run some commands before calling the linker. :: The two examples below will cause gcc to output the full path to some :: static libraries so you can link statically to them (see the :: LINGFLAGSPOST special var below). You can set any command here, however. rem set PRELINK_CMDS1=gcc -print-file-name=libwinpthread.a >> %TEMP%\mexstaticlibs rem set PRELINK_CMDS2=gcc -print-file-name=libquadmath.a >> %TEMP%\mexstaticlibs rem set PRELINK_CMDS3=... :: You can have MEX run some commands also after calling the linker :: (e.g. upx compress the output .mex) rem set POSTLINK_CMDS1=upx -9 "%OUTDIR%%MEX_NAME%%MEX_EXT%" rem set POSTLINK_CMDS2=... :: You can change these if you really need to. set COMPILER=g++ set COMPFLAGS=-c -I"%MATLAB%\extern\include" -DMATLAB_MEX_FILE set OPTIMFLAGS=-O3 -funroll-loops -DNDEBUG set DEBUGFLAGS=-g set NAME_OBJECT=-o set LINKER=x86_64-w64-mingw32-g++ set LINKFLAGS=-shared -static-libstdc++ -static-libgcc -L"%MATLAB%\bin\win64" -L"%MATLAB%\extern\lib\win64\microsoft" -leng -lmwlapack -lmwblas set LINKFLAGSPOST=@%TEMP%\mexstaticlibs -lmx -lmex -lmat set LINKOPTIMFLAGS=-O2 set LINKDEBUGFLAGS=-g set NAME_OUTPUT=-o "%OUTDIR%%MEX_NAME%%MEX_EXT%"

Tu peux créer un fichier batch mexgcc.bat basé sur cet exemple :

Code:

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@echo off
 
set GCCPATH=C:/TDM64/bin/
set CC=x86_64-w64-mingw32-gcc
 
set MATLABPATH=C:/MATLAB/R2014b/
set arch=64
 
if exist %1.mexw%arch% del %1.mexw%arch%
 
%GCCPATH%%CC% -m%arch% -fopenmp -shared -I"%MATLABPATH%extern/include" -DMATLAB_MEX_FILE -o %1.mexw%arch% -Wl,--export-all-symbols %1.c -L"%MATLABPATH%bin/win%arch%" -lmex -lmx -leng -lmat

Il faudra sans doute adapter la définition des variables au début du code.

Avec un exemple simple test_openmp_helloworld.c (adapté de l'ouvrage Using OpenMP: Portable Shared Memory Parallel Programming (Scientific and Engineering Computation) :

Code:

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#include <omp.h>
#include <mex.h>
 
void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[],
        int nrhs, const mxArray *prhs[])
 
{
 
int nthreads, tid;
 
/* Fork a team of threads with each thread having a private tid variable */
#pragma omp parallel private(tid)
  {
 
  /* Obtain and print thread id */
  tid = omp_get_thread_num();
  mexPrintf("Hello World from thread = %d\n", tid);
 
  /* Only master thread does this */
  if (tid == 0) 
    {
    nthreads = omp_get_num_threads();
    mexPrintf("Number of threads = %d\n", nthreads);
    }
 
  }  /* All threads join master thread and terminate */
 
}

A compiler comme ceci depuis le Command Window de MATLAB :

Code:

!mexgcc.bat test_openmp_helloworld

Ce qui donne normalement (au nombre de thread près) :

Code:

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>> test_openmp_helloworld
Hello World from thread = 0
Number of threads = 8
Hello World from thread = 1
Hello World from thread = 5
Hello World from thread = 4
Hello World from thread = 7
Hello World from thread = 2
Hello World from thread = 6
Hello World from thread = 3

20/04/2015, 11h16
eskapp
Salut

Merci beaucoup de t'intéresser à mon problème ! J'ai fait ce que tu m'as dit à savoir, créer le mexgcc.bat que j'ai rangé au même endroit que le mexopts.bat. J'ai ensuite copié-collé le fichier .c dans mon répertoire de travail.

J'obtiens cependant une erreur lorsque j'utilise la commande
Code:

1 2 3 !mexgcc.bat test_openmp_helloworld 'mexgcc.bat' n'est pas reconnu en tant que commande interne ou externe, un programme ex‚cutable ou un fichier de commandes.
Pourtant, lorsque je tape dans la commande Windows:

Code:

mexgcc.bat test_openmp_helloworld

Il semble reconnaître le fichier puisque l'erreur est différente:

Code:

x86_64-w64-mingw32-gcc: error: libgomp.spec: No such file or directory

Si j'ai bien compris, l'erreur que renvoie Matlab est une erreur de l'OS. J'ai ajouté ce qui suit dans les variables d'environnement Windows, sans succès...

Code:

C:\TDM-GCC-64\bin;C:\Users\Elise\AppData\Roaming\MathWorks\MATLAB\R2013b;C:\TDM-GCC-64\x86_64-w64-mingw32\bin;

Une idée pour faire reconnaître ce fichier à Matlab?
20/04/2015, 11h29
Jerome Briot

1 pièce(s) jointe(s)

Pour ton premier problème, tu dois mettre le fichier mexgcc.bat dans le même dossier que ton fichier .c

Pour le deuxième problème, as-tu bien sélectionné OpenMP lors de l'installation de TDM-GCC ?
20/04/2015, 12h09
eskapp

Citation:

Pour ton premier problème, tu dois mettre le fichier mexgcc.bat dans le même dossier que ton fichier .c

En effet, ça fonctionne mieux^^ Je saisis pas trop ce que ce fichier fait, je veux bien un petit éclairage sur ce point :)

Citation:

Pour le deuxième problème, as-tu bien sélectionné OpenMP lors de l'installation de TDM-GCC ?

Ouuuuuups! Bon ben, j'ai coché et ça a marché sur le code exemple :lol: Merci !

Je teste tout ça cet aprem sur mon code principal et je reviens vers vous si problème.

En tout cas, merci encore pour l'aide !
20/04/2015, 13h16
Jerome Briot
Citation:

Envoyé par eskapp

Je saisis pas trop ce que ce fichier fait, je veux bien un petit éclairage sur ce point :)

Si tu remplaces les variables par leurs valeurs, le fichier ne fait qu'exécuter la commande suivante :

Code:

C:/TDM64/bin/x86_64-w64-mingw32-gcc -m64 -fopenmp -shared -I"C:/MATLAB/R2014b/extern/include" -DMATLAB_MEX_FILE -o test_openmp_helloworld.mexw64 -Wl,--export-all-symbols test_openmp_helloworld.c -L"C:/MATLAB/R2014b/bin/win64" -lmex -lmx -leng -lmat

Pour chaque option, il faut consulter la documentation de GCC :

Ok merci pour l'éclairage :)

J'ai toujours un soucis... Bien que les compilations des fichiers .c et .cpp, quand elles sont appelées une par une, marchent parfaitement moyennant une petite modification du mexgcc.bat, j'ai cette ligne à compiler :
Au départ c'était :

Code:

mex OPTIMFLAGS="-DNDEBUG -DMEX_MODE -fopenmp" knn.cpp mexutil.cpp nn.cpp votemex.cpp patch.cpp vecnn.cpp simnn.cpp allegro_emu.cpp -output ../votemex

Mon nouveau .bat ne comprend pas OPTIMFLAGS, ce qui me semble logique puisque c'est un paramètre de mexopts qui n'est plus appelé ici. Cependant, quand je donne l'instruction suivante:

Code:

!mexgcc.bat knn mexutil nn votemex patch vecnn simnn allegro_emu -output ../votemex

j'obtiens des kilomètres d'erreurs. Est-ce que la compilation de plusieurs .cpp en un seul .mex est possible avec ce nouveau fichier .bat ?

Comme les erreurs font vraiment des kilomètres j'ai coupé certaines parties redondantes du message d'erreur et j'ai remplacé par [...] :

Code:

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In file included from mexutil.h:6:0, 
                 from patch.h:16, 
                 from simpatch.h:7, 
                 from knn.cpp:8: 
C:\Program Files\MATLAB\R2013b\extern/include/mex.h:215:0: warning: "printf" redefined 
 #define printf mexPrintf 
 ^ 
In file included from knn.h:7:0, 
                 from knn.cpp:6: 
nn.h:63:0: note: this is the location of the previous definition 
 #define printf (void) 
 ^ 
In file included from C:/TDM-GCC-64/lib/gcc/x86_64-w64-mingw32/4.9.2/include/c++/backward/hash_set:60:0, 
                 from knn.cpp:11: 
C:/TDM-GCC-64/lib/gcc/x86_64-w64-mingw32/4.9.2/include/c++/backward/backward_warning.h:32:2: warning: #warning This file includes at least one deprecated or antiquated header which may be removed without further notice at a future date. Please use a non-deprecated interface with equivalent functionality instead. For a listing of replacement headers and interfaces, consult the file backward_warning.h. To disable this warning use -Wno-deprecated. [-Wcpp] 
 #warning \ 
  ^ 
knn.cpp:50:0: warning: "M_PI" redefined 
 #define M_PI 3.1415926535897932384626433832795 
 ^ 
In file included from knn.cpp:7:0: 
C:/TDM-GCC-64/x86_64-w64-mingw32/include/math.h:45:0: note: this is the location of the previous definition 
 #define M_PI  3.14159265358979323846 
 ^ 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.text+0x11): undefined reference to `bitmap_color_depth(BITMAP*)' 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.text+0x68): undefined reference to `create_bitmap_ex(int, int, int)' 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.text+0x18e): undefined reference to `bitmap_color_depth(BITMAP*)' 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.text+0x1e5): undefined reference to `create_bitmap_ex(int, int, int)' 
[...]
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.text+0xb4e): more undefined references to `destroy_bitmap(BITMAP*)' follow 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.text+0x10a5): undefined reference to `create_bitmap(int, int)' 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.text+0x119c): undefined reference to `init_xform_tables(double, double, int)' 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.text+0x11a6): undefined reference to `operator new(unsigned long long)' 
[...]
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.xdata+0x1a0): undefined reference to `__gxx_personality_seh0' 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.xdata+0x2c0): undefined reference to `__gxx_personality_seh0' 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.xdata+0x35c): more undefined references to `__gxx_personality_seh0' follow 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.text$_ZN17LargeKPositionSet4initEPiPSt6vectorI8knn_pairIiESaIS3_EEi[_ZN17LargeKPositionSet4initEPiPSt6vectorI8knn_pairIiESaIS3_EEi]+0x6a): undefined reference to `operator new[](unsigned long long)' 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.text$_ZN17LargeKPositionSet4initEPiPSt6vectorI8knn_pairIiESaIS3_EEi[_ZN17LargeKPositionSet4initEPiPSt6vectorI8knn_pairIiESaIS3_EEi]+0xa2): undefined reference to `operator new[](unsigned long long)' 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.text$_ZN17LargeKPositionSetD1Ev[_ZN17LargeKPositionSetD1Ev]+0x25): undefined reference to `operator delete[](void*)' 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.text$_ZN17LargeKPositionSetD1Ev[_ZN17LargeKPositionSetD1Ev]+0x40): undefined reference to `operator delete[](void*)' 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.text$_ZN9KNNSolver1fEPd[_ZN9KNNSolver1fEPd]+0x15a): undefined reference to `destroy_bitmap(BITMAP*)' 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.text$_ZN9VECBITMAPIiEC1Eiii[_ZN9VECBITMAPIiEC1Eiii]+0x72): undefined reference to `operator new[](unsigned long long)' 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.text$_Z15knn_init_dist_nILi1EEP9VECBITMAPIiEP6ParamsP6BITMAPS6_S2_S2_[_Z15knn_init_dist_nILi1EEP9VECBITMAPIiEP6ParamsP6BITMAPS6_S2_S2_]+0x56): undefined reference to `init_xform_tables(double, double, int)' 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.text$_Z15knn_init_dist_nILi1EEP9VECBITMAPIiEP6ParamsP6BITMAPS6_S2_S2_[_Z15knn_init_dist_nILi1EEP9VECBITMAPIiEP6ParamsP6BITMAPS6_S2_S2_]+0x60): undefined reference to `operator new(unsigned long long)' 
[...]
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.rdata$_ZTI13ObjectiveFunc[_ZTI13ObjectiveFunc]+0x0): undefined reference to `vtable for __cxxabiv1::__class_type_info' 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.rdata$_ZTI19KNNSolverWeightFunc[_ZTI19KNNSolverWeightFunc]+0x0): undefined reference to `vtable for __cxxabiv1::__si_class_type_info' 
C:\Users\Elise\AppData\Local\Temp\ccyWui98.o:knn.cpp:(.rdata$_ZTI13KNNWeightFunc[_ZTI13KNNWeightFunc]+0x0): undefined reference to `vtable for __cxxabiv1::__class_type_info' 
collect2.exe: error: ld returned 1 exit status

Je dois bien avouer que j'y comprends pas grand chose...

Essaie avec cette version de mexgcc.bat (en adaptant les chemins vers GCC et MATLAB)
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 @echo off set GCCPATH=C:/TDM64/bin/ set CC=x86_64-w64-mingw32-gcc set MATLABPATH=C:/MATLAB/R2014b/ set arch=64 if exist votemex.mexw%arch% del votemex.mexw%arch% %GCCPATH%%CC% -m%arch% -fopenmp -shared -I"%MATLABPATH%extern/include" -DMATLAB_MEX_FILE -o votemex.mexw%arch% -Wl,--export-all-symbols knn.cpp mexutil.cpp nn.cpp votemex.cpp patch.cpp vecnn.cpp simnn.cpp allegro_emu.cpp -L"%MATLABPATH%bin/win%arch%" -lmex -lmx -leng -lmat
Si tu obtiens un long message d'erreur, copie-le dans un fichier texte (dans une archive zip ou rar) et attache-le à ton prochain message

26/05/2015, 03h40
eskapp

Avec beaucoup de retard, merci pour toute cette aide précieuse ! :)
J'avais finalement réussi à faire mes compilations et à pouvoir travailler avec la toolbox qu'ils permettaient d'installer.

J'ai compris beaucoup de choses sur ces fichiers de configuration et la compilation de fichiers mex donc THX ;)