calcul distance automatique en fonction de séquences

Bonjour,

J'ai actuellement des tableaux de données contenant dans chaque ligne une séquence. Chaque chiffre correspond à un point de coordonnées x et y.

0 1 2 3 4 5 6 7 8 0
0 2 4 5 7 8 0
0 1 5 8 3 0

Chacun de ces tableaux fait 80 lignes, en revanche le nombre max de colonnes varie. Pour chaque séquence, je souhaite obtenir la distance en reliant les points dans l'ordre. J'utilise donc ce type de code : en considérant A comme ma matrice de séquences, pour que chaque séquence fasse la même longueur, je remplace les NA par des 0.

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26

A[is.na(A)] <- 0     X=c(400,400.1381972,393.1934251,295.5148688,121.6085368,200.0388769,166.1220046) Y=c(50,330.4807384,492.5948299,496.5508503,628.4060699,315.8271743,208.3168871)     B=A C=A   for (i in c(0:6)) # remplace les numéros de fleurs par leurs coordonnées X dans B et Y dans C { B[B==i]<-X[i+1] C[C==i]<-Y[i+1] }   mat_distance=NULL# permet de creer un vecteur distance nul   for (i in 1:nrow(A)) #boucle permettant d'obtenir la distance totale pour chaque combinaison { Distance = sqrt(((B[i,2])-(B[i,1]))^2+((C[i,2])-(C[i,1]))^2) + sqrt(((B[i,3])-(B[i,2]))^2+((C[i,3])-(C[i,2]))^2) + sqrt(((B[i,4])-(B[i,3]))^2+((C[i,4])-(C[i,3]))^2) + sqrt(((B[i,5])-(B[i,4]))^2+((C[i,5])-(C[i,4]))^2) + sqrt(((B[i,6])-(B[i,5]))^2+((C[i,6])-(C[i,5]))^2) + sqrt(((B[i,7])-(B[i,6]))^2+((C[i,7])-(C[i,6]))^2) + sqrt(((B[i,8])-(B[i,7]))^2+((C[i,8])-(C[i,7]))^2)) mat_distance=c(mat_distance,Distance) }   matfinal=cbind(A,distance=mat_distance) write.csv2(matfinal,file="Distanceséquence.csv")

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Mon problème ici est que mon code doit être modifié en fonction du nombre max de colonnes dans la formule de la distance. Quelqu'un aurait-il une idée pour automatiser le tout ? Merci d'avance pour vos réponses.

Code:

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sum(sqrt(diff(X)**2+diff(Y)**2))

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Bonjour,

Je ne comprends pas comment cette formule doit être implantée dans mon code, car même en l'adaptant cela ne fonctionne pas.

C'est le calcul de la somme des distances entre les points définis par les vecteurs X et Y, ce n'est pas ce que tu voulais ?

En fait, mes vecteurs X et Y sont les coordonnées de chaque point. Et ensuite, j'ai une matrice de différentes séquences de points. Ce que j'aimerais, c'est la distance de chaque séquence.

Votre formule est la bonne, je pense que c'est moi qui m'y prends mal. Au départ, j'ai ma matrice A de séquences :

0 1 2 3 4 5 6 7 0
0 1 4 5 7 2 6 5 0
0 1 2 3 5 0
0 1 2 3 0

J'ai aussi à ma disposition les vecteurs contenant les X et les Y de chacun de mes 7 points:

Code:

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1 2	X=c(400,400.1381972,393.1934251,295.5148688,121.6085368,200.0388769,166.1220046) Y=c(50,330.4807384,492.5948299,496.5508503,628.4060699,315.8271743,208.3168871)

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Cela me permet de créer une matrice B (pour les X) et C (pour les Y) à partir de ma matrice A :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8

B=A C=A   for (i in c(0:6)) # remplace les numéros de fleurs par leurs coordonnées X dans B et Y dans C { B[B==i]<-X[i+1] C[C==i]<-Y[i+1] }

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Le problème est que si j'utilise votre formule en sélectionnant seulement la première ligne de chacune des matrices de cette manière :

Code:

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D=sum(sqrt((diff(B[1,]))^2+(diff(C[1,]))^2))

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R m'affiche :

Citation:

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Erreur dans r[i1] - r[-length(r):-(length(r) - lag + 1L)] :
argument non numérique pour un opérateur binaire

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A priori, c'est la fonction diff qui ne fonctionne pas ici.

OK, je n'avais pas compris tout ce que tu voulais.

Code:

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1 2 3 4 5 6 7

A=t(matrix(c(1,2,3,4,5,6,7,8,2,4,5,7,8,NA,NA,NA,1,5,8,3,NA,NA,NA,NA),8)) X=c(400,400.1381972,393.1934251,295.5148688,121.6085368,200.0388769,166.1220046) Y=c(50,330.4807384,492.5948299,496.5508503,628.4060699,315.8271743,208.3168871)   distance = apply(A,1,function(a){ sum(sqrt(diff(X[a])**2+diff(Y[a])**2),na.rm=T) })

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Merci beaucoup c'était ce que je recherchais. :D