Traitement des images et segmentation Fiji ou ImageJ

Bonjour,

Je suis désolé avant tout si mes questions ci-dessous vous semblaient idiotes car je viens de commencer à faire connaissance au traitement d'images et aux logiciels Fiji et ImageJ pour mon stage de fin d'études depuis quelques jours. En fait, l'objectif principal est d'obtenir une image comme la première image (a et b) dite l'image 1 à partir des deux images dessous dites les images 2 et 3 (les images 1 et 2,3 ne sont pas identiques, j'ai trouvé l'image 1 dans une thèse et je dois travailler avec les images 2,3 pour arriver à un truc pareil). Les zones que j'ai marquées 1 2 3 dans les images 2,3 sont des zones importantes correspondantes à Couche d'oxyde et Pénétration d'oxyde dans l'image 1.
J'ai essayé de modifier la brillance et le contraste avec Adjust / Brightness-Contrast et puis d'effectuer la segmentation vie Trainable Weka Segmentation mais le résultat n'est pas aussi jolie, voire très moche et n'est pas claire. Le problème est que le niveau de gris des zones importantes et celui des points dans les zones à effacer sont parfois identiques et le niveau de gris des points d'une même zone importante n'est pas toujours pareil (on voit bien ça dans la zone 1 comme par exemple). En général, peut-être y a -t- il encore d'autres raisons mais je n'en sais pas encore à cause de ma connaissance limitée du domaine.
Enfin, je n'arrive pas à télécharger les images d'origine en format Tif file que j'ai obtenues par la microscope électronique à balayage, donc je les ai remplacées par les images Jpg. J'espère que ça suffira pour vous montrer le message que je voudrais vous transférer.
Je vous remercie sincèrement pour l'attention que vous portez à mon problème.

Ca ne va pas être un problème facile...

je commencerai pas une détection de la partie/démarcation horizontale car elle semble séparer la partie supérieure et la partie inférieure qui contient les fuites que tu souhaites détecter.
Comme cette démarcation est plus foncées, je tenterai des ouvertures avec des grands éléments structurants horizontaux, puis une projection d'histogramme latérale.

Une fois que tu auras cette démarcation, tu pourra séparer ton image en deux zones, dont une seule t'intéresse. Dans la partie inférieure, il y a également deux zones très homogènes, qu'il te sera plus facile à segmenter. Dans ces zones il y a tes fuites, qui je segmenterai en faisant un black top-hat.

Mais d'abord, détecter la séparation.

Citation:

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Envoyé par ToTo13

Ca ne va pas être un problème facile...

je commencerai pas une détection de la partie/démarcation horizontale car elle semble séparer la partie supérieure et la partie inférieure qui contient les fuites que tu souhaites détecter.
Comme cette démarcation est plus foncées, je tenterai des ouvertures avec des grands éléments structurants horizontaux, puis une projection d'histogramme latérale.

Une fois que tu auras cette démarcation, tu pourra séparer ton image en deux zones, dont une seule t'intéresse. Dans la partie inférieure, il y a également deux zones très homogènes, qu'il te sera plus facile à segmenter. Dans ces zones il y a tes fuites, qui je segmenterai en faisant un black top-hat.

Mais d'abord, détecter la séparation.

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Merci beaucoup pour ta réponse. Désolé mais pourrais tu entrer un peu plus en détail ? et il serait sympa si ça soit accompagné des fonctions dont tu te servais car comme par exemple je connais Analyze/Histogram mais je ne trouve pas la projection d'histogramme latérale dans le menu. De plus, je ne sais pas si cette démarche va fonctionner en appliquant automatiquement à de nombreuses images car je dois travailler avec huit cents -neuf cents images comme ça pour une reconstruction 3D après.

Il y a des plugins qui font des histogrammes de projections, ce n'est pas dans les softs de base.
En revanche dans FiJi, il y a déjà de la morphologie mathématique pour faire l'ouverture horizontale (st/ou un black top-hat vertical) afin de détecter la ligne de partage horizontale.
Fais donc une recherche dans ce forum pour voir ce que sont les opérations de morphologie mathématiques. Il y a aussi des centaines de cours sur le net.

Pour ce qui est de fonctionner sur des grands nombres d'images, commence par le faire fonctionner sur quelques images test, puis tu verras ce que ça donne sur les autres.