compter la fréquence d'un graphe avec networkx

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Bonjour, je veux compter la fréquence d'un graphe en utilisant networkx, les graphes (transactions) sont sous forme d'un fichier : http://pastebin.com/E2P3H8GT
le problème ce trouve apparemment dans cette ligne : G_list.count(G_list[60])

mais je ne comprends pas pourquoi ! comment régler ce problème svp!

voila le code :

Code:

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import networkx as nx
 
# read graphs from file.
def readGraphFile(graphFile):
    G_list = []
    appearance = [] #store the appearance of the frequent pattern
    fp = open(graphFile, "r+")
    lines = [line for line in fp.read().splitlines() if line]
    for line in lines:
        data = line.split()
        if data[0] == 't':
            if (len(data) < 3):
                print 'Graph header line error...'
            else:
                g = nx.Graph()
                G_list.append(g)
        elif data[0] == 'v':
            data = line.split()
            if (len(data) < 3):
                print 'Node data line error...'
            else:
                g.add_node(data[1], attrib = data[2])
                #as node graph transaction format is single value, use attrib as a common noun for all attrib
        elif data[0] == 'e':
            if (len(data) < 4):
                print 'Edge data line error...'
            else:
                g.add_edge(data[1], data[2])
        else:
            print line
            print '!!! Invalid graph data line...!!!'
 
    print 'Finished reading in graph...'
    print 'Total graph in list: ', len(G_list)
 
########Problem it count frequence###############
    print "frequence of graph t # 60", G_list.count(G_list[60])
 
 
 
 
 
 
#programme pricipale   
def  main():
    readGraphFile("60.txt")
 
if __name__ == '__main__': main()

17/02/2015, 10h49
wiztricks

Salut,

C'est quoi pour vous (ou qu'entendez vous par) la fréquence d'un graphe?

- W

Citation:

Envoyé par wiztricks

Salut,

C'est quoi pour vous (ou qu'entendez vous par) la fréquence d'un graphe?

- W

c'est le nombre d'apparition d'un graphe dans le fichier, sachant que j'ai dupliquer le dernier graphe dans le fichier .txt donc normalement la fréquence est 2 est non pas 1.

j'ai aussi modifier le code de façon a ce que chaque graphe soit met dans un dictionnaire avec sont id qui se trouve dans le fichier .txt apres "t #" comme key. mais il y a une erreur du type:

voila le code:

Code:

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import networkx as nx 
from collections import Counter
 
 
# read graphs from file.
def readGraphFile(graphFile):
    G_list = []
    appearance = [] #store the appearance of the frequent pattern
    fp = open(graphFile, "r+")
    lines = [line for line in fp.read().splitlines() if line]
    for line in lines:
        data = line.split()
        if data[0] == 't':
            if (len(data) < 3):
                print 'Graph header line error...'
            else:
                g = nx.Graph()
                #G_list.append(g)
                G_list[ map(int, data[4:])] = g
 
 
        elif data[0] == 'v':
            data = line.split()
            if (len(data) < 3):
                print 'Node data line error...'
            else:
                g.add_node(data[1], attrib = data[2])
                #as node graph transaction format is single value, use attrib as a common noun for all attrib
        elif data[0] == 'e':
            if (len(data) < 4):
                print 'Edge data line error...'
            else:
                g.add_edge(data[1], data[2])
        else:
            print line
            print '!!! Invalid graph data line...!!!'
 
    print 'Finished reading in graph...'
    print 'Total graph in list: ', len(G_list)
    cnt= Counter()
    for word in G_list: cnt[word] += 1
    print ("frequence:", cnt)
 
 
########Problem it count frequence###############
 
 
 
# def frequence(G_list,graph): return G_list.count(graph)
 
 
#programme pricipale	
def  main():
	readGraphFile("60.txt")
 
if __name__ == '__main__': main()

17/02/2015, 11h52
wiztricks
Citation:

Envoyé par mohsenuss91

c'est le nombre d'apparition d'un graphe dans le fichier, sachant que j'ai dupliquer le dernier graphe dans le fichier .txt donc normalement la fréquence est 2 est non pas 1.

List.count compte les objets identiques.
Vos graphes sont des instances d'une class utilisateur, comme:
Code:

1 2 3 4 5 6 >>> class A: ... def __init__(self, value): ... self.value = value ... >>> a = A(1) >>> b = A(1)
On pourrait dire que les instances "a" et "b" sont semblables, mais ce ne sont pas des objets identiques (puisqu'on a appelé le constructeur pour qu'ils soient à priori différents):
Code:

1 2 >>> a is b False
Et si on veut qu'ils soient "égaux", il va falloir écrire du code qui en compare les attributs "significatifs", car par défaut:
Code:

1 2 3 >>> a == b False >>>
Comme des graphes sont des objets composites, c'est pas trivial...

Citation:

j'ai aussi modifier le code de façon a ce que chaque graphe soit met dans un dictionnaire avec sont id qui se trouve dans le fichier .txt apres "t #" comme key. mais il y a une erreur du type:

Donc deux graphes sont égaux s'ils ont le même identifiant.... Effectivement passer par un dico permettra de savoir si l'identifiant existe déjà.... Mais dans ce cas là, soit vous le chargez et il faudra comparer les identifiants soit vous ne le chargez pas (puisque vous l'avez déjà)....

- W
22/02/2015, 16h19
mohsenuss91

Problème résolu, il suffit d'utiliser la méthode is_isomorphic().