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#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Getopt::Long;
#######################################################################################
# Declaration des variables
# Declaration des variables utilisees par Getopt
my $GC; my $G;
my $MOTIF; my $M;
my $AU; my $A;
my $LENGTH; my $L;
my $sequence;
my $longueur_ARNm;
my $boucle=0;
my $lim;
my @table;
my $pourcentage_GC;
my $SaisieFin =0;
my $tot=0;
my %test;
my $choix; # permet de choisir le type de fichier à ouvrir ou la sequence à saisir
my $ordre; # pr afficher ds ordre croissant ou décroissant des scores
# Declaration des variables utilisees pour le calcul des scores
my $score_GC; my $score_f_GC;
my $score_motif; my $score_f_motif;
my $score_AU; my $score_f_AU;
my @table_score;
my @number; #tableau qui contient le n° du siRNA
my $l; my $c; # pour l'affichages des résultats
my @resultat;
my @sequence;
my $fichier; my $seq; my $longueur;
my @res_dice;
my $i=0; my $j=0;
my $ligne=0;
# Fin Declaration des variables
#######################################################################################
# Fonction Getopt lit les options passées en ligne de commande (avec des raccourcis de commande)
Getopt::Long::GetOptions('G=s' => \$GC,'GC=s' => \$GC, 'M=s' =>\$MOTIF, 'MOTIF=s' =>\$MOTIF,'A=s' =>\$AU, 'AU=s' =>\$AU, 'L=s' =>\$LENGTH, 'LENGTH=s' =>\$LENGTH);
#######################################################################################
# Declaration des Fonctions correspondant aux differents Tests
# Calcul du pourcentage de GC : ce % doit etre compris entre 30 et 52
sub pourcentage_GC
{
my ($sequence)=@_;
my $total_pb;
my $pourcentage_GC;
my $score;
my $res_GC;
my $A=0;
my $G=0;
my $C=0;
my $U=0;
while ( $sequence =~ /A/gi)
{ $A =$A+1; }
while ( $sequence =~ /G/gi)
{ $G =$G+1; }
while ( $sequence =~ /U/gi)
{ $U =$U+1; }
while ( $sequence =~ /C/gi)
{ $C =$C+1; }
$total_pb = $C+$G+$A+$U;
$pourcentage_GC=($C+ $G)/ $total_pb *100;
$pourcentage_GC = int ( $pourcentage_GC);
print "\n$pourcentage_GC%\n";
if ( 30<= $pourcentage_GC && $pourcentage_GC <= 52) #il n'accepte pas if ( 30 <= $pourcentage_GC <= 52)
{$score = 1;}
else { $score = 0;}
$score_f_GC = $score * $GC;
return ($score, $score_f_GC);
}
#######################################################################################
# Observation de la presence ou de l'absence de certaines bases a certaines positions ds la sequence
sub MOTIF
{
my ($sequence)= @_; # pt de mettre $sequence en argument
my $score = 0;
my $score_f_motif;
# "A" en position 3
if ($sequence =~ m/^.{2}A.*/)
{
$score = 1;}
# "U" en position 10
if ( $sequence =~ m/^.{9}U.*/)
{ $score = $score + 1;}
# Presence de "G" en position 13
if ( $sequence =~ m/^.{12}(G)./)
{ $score = $score - 1;}
# "A" en position 19
if ( $sequence =~ m/^.{18}A.*/)
{ $score = $score + 1;}
# Presence "G" en position 19
if ( $sequence =~ m/^.{18}(G).*/)
{ $score = $score - 1;}
# Presence "C" en position 19
if ( $sequence =~ m/^.{18}(C).*/)
{ $score = $score - 1;}
$score_f_motif = $score * $MOTIF;
return ($score, $score_f_motif);
}
#######################################################################################
# Calcul du nombre de paires de bases AU, pour satisfaire ce test, il faut au moins 3 paires de bases A/U
sub pb_AU
{
my $debut=14;
my $lgr=5;
my $fin;
$fin = $debut + $lgr;
my ($sequence)= @_; # pt de mettre $sequence en argument
my $score = 0;
$sequence = substr ($sequence, $debut, $lgr);
while ( $sequence =~ /A|U/g )
{$score=$score+1;}
$score_f_AU = $score * $AU;
return ($score, $score_f_AU);
}
#######################################################################################
## coupure de la seq
sub DICE
{
my ($sequence) =@_; my $boucle=0;my $LENGTH=19; my @res_dice;
my $longueur=length($sequence);
my $lim= $longueur-$LENGTH+1;
while ($boucle< $lim)
{
$table[$boucle]=substr ($sequence, $boucle, $LENGTH);
print "$table[$boucle]\n";
$boucle ++;
}
return @res_dice;
}
####################################################################################
## compte les lignes du fichier pour savoir si c'est un lot ou une longue sequence
sub COMPTE_LIGNE
{
$ligne += tr/\n/\n/ while sysread(FIC, $_, 2 ** 16);
print "\nLe nombre de ligne est : ";
$ligne = $ligne+1;
print $ligne;
return ($ligne);
}
####################################################################################
# Saisie de la séquence par l'utilisateur
print "Chemin du fichier a traiter : ";
chomp ($fichier = <STDIN>);
open (FIC , "$fichier") || die "Probleme d'ouverture: $!";
COMPTE_LIGNE ();
print"\n";
close FIC;
open (FIC , "$fichier") || die "Probleme d'ouverture: $!";
if ( $ligne > 1) ## Traitement d'une sequence qui n'est pas dans un fichier fasta
{
while ($sequence = <FIC>)
{
chomp $sequence;
push (@res_dice, $sequence);
print "$res_dice[$j]\n";
$j++;
}
}
elsif ( $ligne==1) ## Traitement d'une sequence qui n'est pas dans un fichier fasta
{
while ($seq = <FIC>)
{chomp $seq;
$sequence=$sequence.$seq;
@res_dice = DICE ($sequence);
print "$res_dice[$j]\n";
}
}
close FIC;
foreach my $cutted_sequence (@res_dice)
{
$cutted_sequence = uc ($cutted_sequence);
$cutted_sequence =~tr/T/U/;
#print "$cutted_sequence\n";
if ($GC!=0) { ($score_GC) = pourcentage_GC($cutted_sequence); }
else { $score_GC = 0; }
#print "GC VAUT $score_GC\t";
if ($MOTIF!=0) { ($score_motif) = MOTIF($cutted_sequence); }
else {$score_motif = 0;}
#print "$score_motif\t";
if ($AU!=0) { ( $score_AU) = pb_AU ($cutted_sequence); }
else {$score_AU = 0;}
#print "$score_AU\t";
my $total= $score_GC+ $score_AU + $score_motif;
print $total;
print "\n";
} |
