Commande système Linux, appel script R

Bonjour à tous,

J'aimerai lancer mon script R en ligne de commande ou je lui passe en paramètre des paths de fichiers.

Code:

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system("R CMD BATCH '--args ../algo1.csv ../algo2.csv' script.R");

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Mais mon script R n'arrive pas à ouvrir mes fichiers (aucun fichier existant).

Pour info quand je met les fichiers algo1.csv et algo2.csv dans le même fichier que le script et que je change ma ligne de commande

Code:

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system("R CMD BATCH '--args algo1.csv algo2.csv' script.R");

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Mon script fonctionne correctement.

Si quelqu'un à une petite idée de mon problème se serai franchement sympa :)

Merci,
Cordialement,
B.

Bonjour,

Citation:

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dans le même fichier

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Tu voulais dire dans le même répertoire?

Apparemment, il ne veut pas aller chercher dans le dossier parent. Alors, pourquoi? Parent inexistant? ton utilisateur n'a-t-il pas les droits de lecture sur ce parent?

Que fais-tu? Dans R, tu fais un appel system pour lancer R ?

Bonjour,

Merci de ta réponse.

Citation:

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Tu voulais dire dans le même répertoire?

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Effectivement ^^ !

Citation:

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Apparemment, il ne veut pas aller chercher dans le dossier parent. Alors, pourquoi? Parent inexistant? ton utilisateur n'a-t-il pas les droits de lecture sur ce parent?

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Je ne sais pas trop quoi te répondre à part t'afficher l'erreur.

Code:

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1 2 3 4 5 6

Erreur dans file(file, "rt") : impossible d'ouvrir la connexion Calls: testStat -> read.csv -> read.table -> file De plus : Message d'avis : In file(file, "rt") : impossible d'ouvrir le fichier 'algo1.csv' : Aucun fichier ou dossier de ce type Exécution arrêtée

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Citation:

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Que fais-tu? Dans R, tu fais un appel system pour lancer R ?

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J'ai un projet C++ qui fait un appel system pour appeler un script R, ce script me permet de faire un test statistique (friedman) sur l'ensemble de fichiers.csv passé en paramètre.

Citation:

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Je ne sais pas trop quoi te répondre

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Et bien si. Tu peux répondre le résultat de ces 3 commandes quand tu es dans le répertoire de travail:

Code:

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ls -l -d .

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Code:

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ls -l -d ..

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Code:

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ls -l ../algo*.csv

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Code:

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ls -l -d .

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drwxrwxr-x 2 benjamin benjamin 4096 sept. 3 10:51 .

Code:

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ls -l -d ..

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drwxrwxr-x 5 benjamin benjamin 4096 sept. 1 10:19 ..

Code:

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ls -l -d ../algo*.csv

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-rw-rw-r-- 1 benjamin benjamin 2729 août 13 11:39 ../algo1.csv
-rw-rw-r-- 1 benjamin benjamin 72 mai 28 14:47 ../algo2.csv

Et bien, je sèche. :(

Ok merci quand même !

Mais après persévérence, j'ai résolu mon problème. ça venait du fait que la commande système ne gère pas bien les commandes avec des chemins relatifs. Pour pallier ce problème il faut donner le chemin absolu.

Merci de tes efforts ;)

Ahhh mais dans ces conditions, il y a un solution bash pour éviter ".." et avoir le chemin absolu:

Code:

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pwd |sed 's@[/][^/]*$@@'

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Attention, la racine n'a pas de parent.