[Typo3] Injection de fichiers PHP sur Typo3

Bonjour à tous.

Dans le cadre d'un projet informatique scolaire, j'ai du travailler sur un site en Typo3 avec 2camarades. Il est important de savoir que nous ne connaissions pas Typo avant ça.

Pour faire simple : On travaillait sur un sous-domaine de test, avec le site déployé sous forme de fichiers PHP. Le but "scolaire" était d'améliorer le site en lui ajoutant un moteur de recherche et une base de données de produits.
On avait donc fini par faire cette base, créer et intégrer ce moteur de recherche. Rien de bien folichon, on a codé le tout en PHP, intégré dans nos fichiers PHP. On était contents et tout.

Ce matin, RDV avec l'industriel en charge du projet pour le déployer sur le vrai domaine. On se connecte au FTP et tout... Pas de fichiers PHP. On a trouvé juste des fichiers qu'on suppose être le site compilé par le moteur de Typo.
Après visite du Backend, on a juste trouvé comment créer de nouvelles pages...

J'en appelle donc à vous, spécialistes de Typo. Sauriez-vous comment prendre toutes nos pages php modifiées et les implémenter dans le site sans tout recréer par le backend ?