installation de BioPerl via le CPAN

http://s10.postimg.org/tf61zp75x/perl.jpg

Est-ce que DB_File est important ?
Avez-vous déjà eu ce problème ?


Merci beaucoup.

Visiblement il réclame DB_File.
As-tu essayé de l'installer avant ?

C'est une partie de ma réponse précédente, sur Bribes, il faut se peler les dépendances à la mimine :D
En fait il demande le DB_File_1 donc le deuxième sur l'image et qui utilise DB_File.ppd

Voilà ! Cadeau de bienrevenue :aie:, j'ai rédigé en quelques heures un tutoriel pour installer BioPerl.

:D Super cadeaux merci, t'es très sympa, merci du temps que tu y as consacré
:lol: il faudra que je parte et revienne plus souvent :lol:

Bonjour à tous,


J'ai 1 question en rapport avec le tutoriel : la prochaine fois que je voudrais installer un module complexe, comment faire afin d'avoir la liste des prérequis tel que tu la montres dans ce tutoriel ?

Remarque : j'ai bien suivi la procédure et je n'ai eu pas l'erreur décrite dans ce tutoriel 'could not find ParserDetails.ini in C:/Perl/site/lib/XML/SAX'
voici ce que j'ai eu directement : [img=http://s27.postimg.org/62ydlic9b/cmd_perl_install.jpg]

Puis, j'ai lancé Build test et les tests ont tous été réussis. Mais, j'avais installé précédemment ce bioperl via la commande 'cpan> install BioPerl'. Ce qui doit expliquer tout cela.

Pourquoi n'ai-je pas eu l'erreur disant que BioPerl était déjà installé ?

Remarque : mon script 'test' avec Swissprot, ne fonctionne toujours pas :( j'ai la même erreur

Citation:

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>perl -w SwissProt_test.pl
Use of uninitialized value $location in lc at C:/Perl/site/lib/Bio/DB/SwissProt.pm line 380.

------------- EXCEPTION -------------
MSG: WebDBSeqI Error - check query sequences!

STACK Bio::DB::WebDBSeqI::get_seq_stream C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:508
STACK Bio::DB::WebDBSeqI::get_Stream_by_acc C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:314
STACK Bio::DB::WebDBSeqI::get_Seq_by_acc C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:186
STACK toplevel SwissProt_test.pl:13
-------------------------------------

>Exit code: 255

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Cela vaut-il la peine de désinstaller BioPerl et de recommencer son installation depuis le début du tutoriel ou cela reviendra-t-il exactement au même ?


D'avance merci.

Citation:

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Envoyé par dmganges

Visiblement il réclame DB_File.
As-tu essayé de l'installer avant ?

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Quand j'ai été voir dans mon ppm, après l'installation de BioPerl, DB_File était correctement installé.

Citation:

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Envoyé par Jasmine80

Bonjour à tous,


J'ai 1 question en rapport avec le tutoriel : la prochaine fois que je voudrais installer un module complexe, comment faire afin d'avoir la liste des prérequis tel que tu la montres dans ce tutoriel ?

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Tu vois les prérequis car le module te le montre, les auteurs du module ont juste bien fait les choses, c'est tout :-) !

Citation:

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Envoyé par Jasmine80

Remarque : j'ai bien suivi la procédure et je n'ai eu pas l'erreur décrite dans ce tutoriel 'could not find ParserDetails.ini in C:/Perl/site/lib/XML/SAX'
voici ce que j'ai eu directement : [img=http://s27.postimg.org/62ydlic9b/cmd_perl_install.jpg]

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C'est à l'étape d'après que tu as ce message.

Citation:

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Envoyé par Jasmine80

Puis, j'ai lancé Build test et les tests ont tous été réussis. Mais, j'avais installé précédemment ce bioperl via la commande 'cpan> install BioPerl'. Ce qui doit expliquer tout cela.

Pourquoi n'ai-je pas eu l'erreur disant que BioPerl était déjà installé ?

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Tu n'avais surement pas la dernière version de BioPerl

Citation:

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Envoyé par Jasmine80

Remarque : mon script 'test' avec Swissprot, ne fonctionne toujours pas :( j'ai la même erreur


Cela vaut-il la peine de désinstaller BioPerl et de recommencer son installation depuis le début du tutoriel ou cela reviendra-t-il exactement au même ?


D'avance merci.

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As-tu testé le script de test du tutoriel ?

Merci pour tes explications :)

Citation:

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Envoyé par djibril

As-tu testé le script de test du tutoriel ?

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Oui, j'ai repris ton script en copier-coller.

Je ne comprends pas, tout semble bon :

http://s29.postimg.org/55cu8ycc3/smd_install_perl_2.jpg

Non, je parle du programme de fin swissprot :aie:.

Citation:

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Envoyé par djibril

Non, je parle du programme de fin swissprot :aie:.

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Je parlais bien de ce programme qui ne fonctionne toujours pas

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9

#!/usr/bin/perl use strict; use warnings;   use Bio::DB::SwissProt;   my $sp = Bio::DB::SwissProt->new(); my $seq = $sp->get_Seq_by_acc('P43780'); print $seq->seq;

---

Tandis que celui-ci, son pendant sur GenBank, fonctionne parfaitement :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9

#!/usr/bin/perl use strict; use warnings;   use Bio::DB::GenBank;   my $gb = Bio::DB::GenBank->new(); my $seq = $gb->get_Seq_by_acc('J00522'); print $seq->seq;

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refait une installation via cpan comme expliqué dans la documentation et tu utilises force install.

C'est clairement un problème de connexion à Swissprot

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9

#!/usr/bin/perl use strict; use warnings;   use Bio::DB::SwissProt;   my $sp = Bio::DB::SwissProt->new();   eval {my $seq = $sp->get_Seq_by_acc('P43780');};

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Citation:

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Use of uninitialized value $location in lc at C:/Perl/site/lib/Bio/DB/SwissProt.pm line 380.

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Cela peut-il venir de mon anti-virus ?
Pourquoi n'ai-je aucun problème pour me connecter à GenBank et autant de mal avec SwissProt ?

As-tu essayé de te connecter directement sur leur site ? Tu as bien qu'une seule version de Perl sur ton PC ?

Citation:

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Envoyé par djibril

refait une installation via cpan comme expliqué dans la documentation et tu utilises force install.

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comme ça :
cpan> force install BioPerl


Dois-je désinstaller mon ancien BioPerl avant ou puise-je réinstaller par dessus ?


Un grand merci :)

Code:

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cpan> force install CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gz

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Citation:

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Envoyé par djibril

refait une installation via cpan comme expliqué dans la documentation et tu utilises force install.

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Citation:

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Envoyé par djibril

Code:

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cpan> force install CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gz

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http://s22.postimg.org/cciy2aicd/smd_install_perl_3.jpg

Citation:

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Envoyé par djibril

As-tu essayé de te connecter directement sur leur site ?

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Oui et cela fonctionne bien

Citation:

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Envoyé par djibril

Tu as bien qu'une seule version de Perl sur ton PC ?

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Au début, je me suis trompée et ai installé sur perl 32 bits, puis voyant mon erreur, je l'ai désinstallé et réinstallé le 64 bits
Il y a donc normalement bien un seul perl

... est-ce un problème lié au fait que je sois sur un 64 bits et non un 32 bits ?

perl-v ne me dit pas qu'il y a plus d'un perl installé
http://s28.postimg.org/wos3j0cx5/cmd_perl_version.jpg

Bon,

À force d'installer et désinstaller sans savoir ce que tu fais, c'est un peu l'anarchie.

• Désinstalle Perl
• Supprime le répertoire C:\Perl
• Supprime le répertoire C:\Perl64 que tu as peux-être
• Va dans la path (variable d'environnement) et supprime les chemins pointant vers Perl
• Redémarre ton PC
• Télécharge et installe Strawberry Perl 64 bits
• Et suit ma documentation à la lettre pour installer BioPerl

Citation:

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Envoyé par djibril

Bon,

À force d'installer et désinstaller sans savoir ce que tu fais, c'est un peu l'anarchie.

• Désinstalle Perl
• Supprime le répertoire C:\Perl
• Supprime le répertoire C:\Perl64 que tu as peux-être
• Va dans la path (variable d'environnement) et supprime les chemins pointant vers Perl
• Redémarre ton PC
• Télécharge et installe Strawberry Perl 64 bits
• Et suit ma documentation à la lettre pour installer BioPerl

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Oui, je vais faire cela, merci. ;)
Dans les prochains jours, je vais être occupée, mais j'y reviens dès que j'ai un moment :)

:D Super, j'ai suivi tes conseils et tout marche maintenant pour le mieux. Je te remercie de ta patience. ;)