problème de connexion avec Bio::DB::SwissProt

Bonjour à tous,


Code de base du CPAN :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7

#!/usr/local/bin/perl   use strict; use warnings;   use Bio::DB::SwissProt; my $seq = $sp->get_Seq_by_acc('P43780'); # SwissProt AC

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Voici l'erreur :

Citation:

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>perl -w SwissProt_test.pl
Use of uninitialized value $location in lc at C:/Perl/site/lib/Bio/DB/SwissProt.pm line 380.

------------- EXCEPTION -------------
MSG: WebDBSeqI Error - check query sequences!

STACK Bio::DB::WebDBSeqI::get_seq_stream C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:508
STACK Bio::DB::WebDBSeqI::get_Stream_by_acc C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:314
STACK Bio::DB::WebDBSeqI::get_Seq_by_acc C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:186
STACK toplevel SwissProt_test.pl:13
-------------------------------------

>Exit code: 255

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référence CPAN


Ce problème peut-il être dû au fait que je n'ai pas la version la plus récente de bioperl ?
La nouvelle version de perl n'est pas dans mon ppm, j'ai lu l'article de Djibril sur comment installer un module, outre ppm, quelle est la plus simple ?
Avez-vous déjà utilisé Bio::DB::SwissProt avec succès ?



D'avance merci.

Pour l'installation, l'utilitaire CPAN est probablement le meilleur choix, une install manuelle est également possible à la rigueur.

Quelle version de BioPerl as-tu ? cette partie là de l'API ne semble pas avoir bougé depuis un bon moment.

Jasmine80 le retour :ccool::ccool: ça faisait longtemps !

Merci pour vos réponses :)

Citation:

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Envoyé par Gardyen

Quelle version de BioPerl as-tu ?

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J'ai bioperl 1.6.1 et CPAN réfère le module 1.6.924



:P Djibril, je me remets au perl après 2 ans ... ça revient vite, c'est comme le vélo :D

BienReVenue à toi :aie: !

Je suppose que ton script contient également la ligne :

Code:

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my $sp = new Bio::DB::SwissProt;

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? (sinon ça planterait avant)

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Jedaï

Citation:

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Envoyé par Jedai

Je suppose que ton script contient également la ligne :

Code:

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my $sp = new Bio::DB::SwissProt;

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? (sinon ça planterait avant)

--
Jedaï

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:? oui, en effet ... j'ai mal 'copier-coller'. Merci pour cette remarque.

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

#!/usr/local/bin/perl   use strict; use warnings;   use Bio::DB::SwissProt;     my $sp = Bio::DB::SwissProt->new(); my $seq = $sp->get_Seq_by_id('KPY1_ECOLI'); # SwissProt ID

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Voilà ! Cadeau de bienrevenue :aie:, j'ai rédigé en quelques heures un tutoriel pour installer BioPerl.

Merci beaucoup, je me connecte maintenant sans problème à SwissProt.