Projeter un data-frame dans la PCA d'un autre data-frame
Salut,
J'ai deux data-frame.
Dans le premier, un jeu de données annotées, sur le quel je fais une PCA afin de déterminer les axes dominants et leurs influences.
Dans le second, j'ai des données non annotées, que je souhaite projeter dans la base de la PCA faite sur le premier jeu de données.
J'utilise ade4 et dudi.pca.
Mon code ressemble à ça.
Code:
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Ref <-read.csv() #lecture du fichier de données annotées sur laquelle je définis ma base de PCA
RefPCA <-subset(Ref,select -c()) # Nettoyage des données, pour n'avoir plus que des valeurs numériques, pertinentes et non corrélées.
Z<- dudi.pca(RefPCA, center = T, scale = T, scannf = F, nf =3) #$PCA sur 3 axes,
theData <-read.csv() # Données non annotées que je veux projeter dans Z |
Pour info
Code:
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show(Z) #pour un set annoté de 120 éléments et 7 colonnes pertinentes
Duality diagramm
class: pca dudi
$call: dudi.pca(df = Q4, center = T, scale = T, scannf = T)
$nf: 3 axis-components saved
$rank: 7
eigen values: 2.559 1.911 1.205 0.6798 0.4152 ...
vector length mode content
1 $cw 7 numeric column weights
2 $lw 120 numeric row weights
3 $eig 7 numeric eigen values
data.frame nrow ncol content
1 $tab 120 7 modified array
2 $li 120 3 row coordinates
3 $l1 120 3 row normed scores
4 $co 7 3 column coordinates
5 $c1 7 3 column normed scores
other elements: cent norm |
Par contre, la formule magique (ou la commande) pour passer de mes paramètres originaux à mes coordonnées sur un axe de composante principale n'est pas claire pour moi (le défaut de tout faire faire par une boite noire).
Et je trouve pas la fonction pour le faire en mode black box.
Je suppose que Z$tab représente Ref en coordonnées centrées normées (mais comment ?).
Ça ne me dérange pas de passer par une autre librairie, mais si je peux éviter de me taper l'analyse à la main.
Merci pour vos conseils
