[Bash] Utiliser une variable
Bonjour ,
Je ne sais pas trop où (dans quel partie du forum) ma question est la plus appropriée.
J'enchaîne des commande bash dans un script pour lancer plusieurs tâches à la suite. Jusque la rien de sorcier.
La ou j'ai un problème c'est que j'ai un grand nombre de fichiers qui sont utilisés pour toutes ces commandes.
Et donc les fichiers générés par les commandes sont enregistrés et réutilisés.
J'ai donc fais une boucle for pour mettre mes fichiers en mémoire et pouvoir les utiliser.
Je ne sais pas comment nommer spécifiquement mes variables.
Je m'explique en joignant mon code :
mes fichiers sont :
Sample_P1_sorted_read_1.fq
Sample_P1_sorted_read_2.fq
Sample_P2_sorted_read_1.fq
Sample_P2_sorted_read_2.fq
j'en ai bien entendu un grand nombre .
Code:
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# premiere ligne de commande qui lance un module du logiciel que j'utilise.Sample..... est le nom de mes fichiers
for file in Sample_P*_sorted_read_1.fq; do echo $file; nohup bwa aln ~/Mapping_bwa/Genome_Ref/LG.fasta ${file} > $file.sai; done &
# deuxième ligne de commande qui lance un module du logiciel que j'utilise.Sample..... est le nom de mes fichiers
for file in Sample_P*_sorted_read_2.fq; do echo $file; nohup bwa aln ~/Mapping_bwa/Genome_Ref/LG.fasta ${file} > $file.sai; done &
# pour renommer mes fichiers
for i in *.fq.sai; do mv $i `echo $i | sed "/.fq/s///"`; done
# test je mets mes fichiers dans 4 variables différentes
fq1=Sample_P*_sorted_read_1.fq
fq2=Sample_P*_sorted_read_2.fq
sai1=Sample_P*_sorted_read_1.sai
sai2=Sample_P*_sorted_read_2.sai
# test 1 pour utiliser mes fichiers
for file in Sample_P*; do echo $file; nohup bwa sampe ~/Mapping_bwa/Genome_Ref/LG.fasta ${file_1.sai} ${file_2.sai} ${file_1.fastq} ${file_2.fastq} > $file_bwa.sam
# test 2 pour utiliser mes fichiers
for file in Sample_P*; do echo $file; nohup bwa sampe ~/Mapping_bwa/Genome_Ref/LG.fasta ${sai1} ${sai2} ${fq1} ${fq2} > $file_bwa.sam; done &
# test 3 pour utiliser mes fichiers
for file in Sample_P*; do echo $file; bwa sampe ~/Mapping_bwa/Genome_Ref/LG.fasta ${sai1} ${sai2} ${fq1} ${fq2} > $file_bwa.sam; done |
Avez vous une solution plus efficace car je sais que je louppe quelque chose mais je ne le vois pas.
Cordialement
Cathy
