fonction scale_x_log10 du package ggplot2

Bonjour, j'ai un problème avec la fonction scale_x_log10 du package ggplot2 de R.

Je vous explique mon problème.
J'ai deux variables (cov2_reduction et dnase_leaf) dont je voudrais faire un plot (j'utilise geom_point() pour afficher mes données).
Je voudrais afficher les log10 des données plutôt que les données elles-mêmes pour plus de lisibilité.

J'arrive à les afficher avec le code suivant.

Code:

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p<- ggplot(data,aes(x=log(dnase_leaf,10),y=log(cov2_reduction,10))) +geom_point(alpha=1/2.5,color="red") + xlab("DHS") + ylab("Reduction") + ggtitle("Reduction VS DNAse hypersensitivity")

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Mon problème arrive quand je veux afficher sur les axes, les échelles de données réelles, et non les valeurs en log10, avec scale_x(ou y)_log10().

Code:

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p + scale_y_log10(breaks=c(0.16,0.25,0.5,1,1.5,2,2.5)) + scale_x_log10()

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Pour une des variables (cov2_reduction en y) tout se passe bien, en revanche pour dnase_leaf (en x), j'ai un message d'erreur qui enlève en fait toutes mes données dont le log10 est inférieur à 0.

Citation:

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Messages d'avis :
1: In scale$trans$trans(x) : production de NaN
2: Removed 1541 rows containing missing values (geom_point).

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Ma question est plutôt simple : y a-t-il un moyen d'afficher ces 1541 valeurs ?

Si je n'ai pas été clair, n'hésitez-pas à me poser des questions.

Merci pour votre aide !

Laura

Rebonjour,

J'ai trouvé la solution toute seule... J'aurais dû attendre avant de poser la question.
Du coup, je vous partage la solution, cela pourra peut être aider quelqu'un par la suite :

Le nouveau code sera :

Code:

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p<- ggplot(data,aes(x=density,y=cov2_reduction)) + geom_point(alpha=1/2.5,color="red") + xlab("Density (sites/1kb)") + ylab("Reduction") + ggtitle("Reduction VS Density") + coord_trans(x="log10",y="log10")

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En fait, il faut faire le graphique avec les valeurs réelles et ensuite appliquer une modification des axes. Comme cela, les données ne sont pas transformées et aucun problème avec des valeurs négatives !

A bientôt !

Laura