Exécution script R - Rien ne se passe
Bonjour à tou(te)s,
J'ai un problème sur l’exécution d'un script R que je n'arrive pas à résoudre.
J'ai un script R qui effectue les tâches suivantes:
-lire un fichier (.csv)
-exécuter une fonction
-écrire les résultats de cette fonction dans des fichiers
Quand je lance le script (en utilisant source()), la console me rend la main immédiatement, sans aucun message d'erreur mais rien ne s'est passé, le script n'a pas été exécuté et aucun fichier n'a été généré.
J'ai fait quelques tests à base de print, et il semblerait que la fonction ne s’exécute pas... J'ai vérifier avec setwd() que j'étais bien dans le répertoire où se situe le script. Je ne sais pas ce qui cloche, d'autant que j'ai fait testé le script par un ami et ça fonctionne de son côté...
Voilà le script en question:
Code:
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| filtration_par_CV=function(chemin="D:/Users/toto/Documents/script/diffreport_filtration.csv",num_col_pool=4,nb_col_pool=32,seuil_cv=0.2)
{
# import
data=read.csv(file=chemin,header=TRUE,sep=";",dec=".")
# selection des variables
data_cv=data[,((num_col_pool):(num_col_pool+(nb_col_pool-1)))]
moy=apply(data_cv,1,mean)
et = apply(data_cv,1,sd)
cv = et/moy
keep=(cv< seuil_cv)
data_keep=data[keep,]
data_out=data[keep==FALSE,]
write.table(data_keep,file="data_filtrees_sur_cv.csv",sep=";",row.names=FALSE)
write.table(data_out,file="metabolites_exlues_par_cv.csv",sep=";",row.names=FALSE)
} |
Quelqu'un aurait-il une idée de ce qui ne fonctionne pas ?
En vous remerciant,
Fort en pommes
