Vitesse de calcul de scipy.integrate

Bonjour,

J'utilise la version 3.3 64 bits de Python sous windows 7, module mis en jeu : [SCIPY]

J'ai cherché à programmer les équations du mouvement d'un corps à partir d'un potentiel de la forme -G*M/r, et donc à partir d'un système d'équations différentielles du second ordre qui met en jeu une égalité entre accélération et -gradient du potentiel.

Pour ce faire, j'ai chercher à résoudre ce système avec le module scipy.integrate.ode et scipy.integrate.odeint ( j'ai utilisé les deux séparément pour les comparer).
J'obtiens bien les résultats qui me conviennent, seulement le temps de calcul pour la résolution du système par ode et odeint est trop long.
J'ai réussi à le diminuer en diminuant le pas de temps et surtout en diminuant les exigences sur la précision du calcul avec ode(atol= , rtol= ). Pour se faire une idée, je suis passé d'un temps de 0.6 sec à 60 ms (pour une résolution du système) en faisant cela. Mais je souhaiterais que ce soit encore moins long, il faudrait que je gagne un bon facteur 10, car je dois exécuter ce calcul un grand nombre de fois.

Je sais qu'il y a d'autres options dans ode et odeint mais je ne sais pas bien les utiliser, je cherche donc à savoir si il y en a qui m'aideraient à gagner en vitesse de calcul, ou même si vous avez d'autres astuces pour gagner en vitesse, ça m'avancerait bien.

Merci par avance pour votre aide

Salut,

Même si je ne connais pas cette function de scipy je me permets de répondre.

60ms c'est vraiment pas mal à mon avis. Tires-tu cette valeur d'un calcul ou de multiples calculs? Est-ce que t'es assuré de bien mesurer le temps d'exécution de la fonction seule sans être "pollué" par d'autres opérations? Faire un benchmark, c'est pas evident. Quelle method utilises-tu? timeit, time.clock()?

Sinon, pour ce qui est de l'optimisation, tu pourrais soit te tourner vers du C (mais je pense que la function en question est déjà codée soit en C, soit en Fortran), ou passer par du multiprocess. Toutefois je ne suis pas sûr que pour des calculs aussi rapides ce soit avantangeux..


Ju

Merci pour ta réponse Julien.

60 ms c'est pour une seule résolution du système, ce qui me donne un résultat de 500 points (pour 500 temps différents), ce qui diffère selon le pas de temps que je donne, mais celui-ci ne change pas trop le temps de calcul.

J'utilise time.clock() en le plaçant juste avant et juste après le solver ode, et je regarde la différence entre les deux temps, donc j'aurais tendance à penser que le calcul n'est pas pollué par d'autres opérations, mais je n'en suis pas certain.

Le solver odeint que j'utilise provient d'une bibliothèque fortran à ce que j'ai vu. Et concernant le multiprocess je ne sais pas du tout ce que c'est.