[MySQL-5.5] Optimisation Mysql (lenteur)

Je ne connais pas mysql_tuner, mais tu pourrais déjà suivre les recos non? ;)

A mes yeux, la fragmentation n'est problématique qu'avec les tables Myisam, quand tu as besoin de l'insertion concurrente.
Pour les autres cas, ce n'est pas problématique car le but est d'essayer de ne pas trop lire les disques.

Mais justement, on dirait que tu as un problème de cache de données.
Les 3Go préconiséspar ton mysql_tuner, c'est vraiment si tu sais plus quoi faire de ta ram.
Tu pourrais commencer par mettre 1Go, et voir si ça suffit.
Vérifies aussi l'utilisation des index. Si t'as des full-scan de partout, effectivement faudra mettre toute ta base en ram (3Go).

Apparemment, y'a aussi ton query cache à modifier : la préco de 8Mo pour le limit, ça fait un peu peur, mais connaissant les cms oui c'est peut-être nécessaire.
Faudra peut-être aussi augmenter le query cache size du coup. essayes avec 128Mo, et vois si ça suffit.

Pour les tables temporaires c'est plus délicat : mysql déconne un peu sur ce point, et tu n'arriveras probablement à rien en jouant sur la conf.
Il faudrait mettre le répertoire des tables temporaires sur un tmpfs.

Au delà de ces quelques modifs, le tuning se complique et on a rarement de super résultats.
Donc assures-toi que le problème vienne bien de la bdd. (Si ce n'est pas fait, mets les modules de cache qui vont bien, mets du cache opcode...)

bon courage :)