Base de donnees ou fichier ?

Bonjour les amis,

Je suis en train de coder une appli web en PHP/mySQL.
Je précise que je suis débutant en appli web (mon truc c'est plutot l'electronique et l'embarque :-) )

En deux mots, je vais avoir un systeme embarqué et/ou un smartphone qui vont appeler plusieurs web service sur mon site toute les 15/20 secondes (peut etre meme moins).

Probleme: J'hesite a utiliser ma base de donnee pour garder ces valeurs, et j'ai pensé creer un repertoire qui aura pour nom le serial number du client qui appel mon webservice pour storer mes valeurs sur le file system (fichier simple ou JSON par exemple).

Ma question est simple: Un file system est il plus rapide qu'une base de donnees pour la recherche d'un repertoire ( disons que je me retrouve avec 10000 repertoires a gerer )?
Je pose la question "pour un repertoire" car je pense que le fichier lui meme ne sera pas trop lourd a lire et parser. Donc la plus grosse operation a faire sera de pointer sur le bon repertoire ( je pense ).

PS: J'ai un serveur mutualisé chez one and one (uniquement pour un prototype), ne vais-je pas etre limité en performance ?

Si vous avez des conseils a me donner pour redesigner mon appli, je suis preneur. Pour l'instant, je ne vois que cette solution .

Merci d'avance pour vos avis.

A plus.