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Si c'est des céréales en vrac comme sur la photo, une granulométrie te donnera sans doute déjà des bons résultats.
Sinon une caractérisation par Size Zone Matrix pourrait aussi bien faire l'affaire, mais il n'y a pas d'implémentation pour ImageJ (tu en trouveras une pour Java, mais pas ImageJ).
Pour la couleur, ok si ton protocole d'acquisition des images est assez stable/fiable. Il faut éviter les grosses variations d'éclairage, contraste, etc.
PS : c'est le forum ImageJ, si tu as un souci de méthodologie, commence par poser la question dans le forum "Autres langages/Algorithmique/Traitement d'Images"