Exercice de bio-informatique

Version imprimable

Salut tout le monde ;
voilà cet exercice très intéressant :

Citation:

Une séquence adn ne contient que les caractères (a,t,c,g).
Écrire une fonction valide qui prend une chaîne en paramètre, et renvoie true si la chaîne contient une chaîne adn et false sinon.
Écrire une fonction cherche_base qui retourne le rang où apparaît pour la première fois la base représentée par un caractère dans la séquence adn, tous deux passés en paramètre. Si la base n'apparaît pas, la fonction devra renvoyer -1 pour indiquer une erreur.

Exemples : cherche_base('attgcc','c'); retourne 5 et cherche_base('gcctt','a'); retourne -1.

Voilà ce que j'ai pu faire :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 program heh; uses crt; var d:string; k:boolean; x:char; p:integer; function valide(s:string):boolean; var i:integer; begin valide:=true; for i:=1 to length(s) do begin if (s[i]<>'a') and (s[i]<>'g') and (s[i]<>'c') and (s[i]<>'t') then valide:=false; end; end; function cherche_base(s:string;l:char):integer; var i,m,o,w,q:integer; m:=0,o:=0;w:=0;q:=0; for i:=1 to length(s) do begin if s[i]='a' then m:=i; if s[i]='c' then o:=i; if s[i]='g' then w:=i; if s[i]='t' then q:=i; end; cherche_base:=i; end; begin clrscr; writeln('donner votre chaine'); readln(d); k:=valide(d); writeln(k); write('donner le char'); readln(x); p:=cherche_base(d,x); write(p); readln;readln;
Et voilà, je n'arrive pas à faire la deuxième question ; j'ai essayé mais vous voyez que c'est faux, il donne toujours la position 6.
J'ai besoin de votre aide.

08/03/2014, 09h30
l_autodidacte

Citation:

function cherche_base(s:string;l:char):integer;
var i,m,o,w,q:integer;
??? BEGIN ???
m:=0,o:=0;w:=0;q:=0;
for i:=1 to length(s) do begin
if s[i]='a' then m:=i;
if s[i]='c' then o:=i;
if s[i]='g' then w:=i;
if s[i]='t' then q:=i;
end;
cherche_base:=i;
end;

C'est tout à fait normal que cela te renvoie toujours la longueur de la chaine entrée puisque tu affectes à la fonction le nombre i après une boucle For....Do. Tu dois savoir qu'à la fin de celle-ci, i vaut la longueur de la chaine.
Autre remarque : Avant tout traitement dans une procédure ou fonction et après déclaration des variables(si besoin est), il faut obligatoirement mettre Begin, ce que tu n'a pas fait. D'où je me pose la question : Comment tu as pu compiler dans ce cas sauf si tu n'as pas fait un bon copier/coller en transmettant ton code.

Kia,

À quoi j'ajoute : prends tout de suite l'habitude de mettre ton code en forme (indentation, aérer avec des lignes vides ...),

donner des noms explicites aux variables, constantes, fonctions...

Voici un exemple avec ton code (sauf pour les noms :)), corrigé pour les begin et end:

Code:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
program heh;
 
uses crt;
 
var d:string; k:boolean; x:char; p:integer;
 
function valide(s:string):boolean;
var i:integer;
begin
    valide:=true;
    for i:=1 to length(s) do begin
        if (s[i]<>'a') and (s[i]<>'g') and (s[i]<>'c') and (s[i]<>'t') then
            valide:=false;
    end;
end;
 
function cherche_base(s:string;l:char):integer;
var i,m,o,w,q:integer;
begin
    m:=0,o:=0;w:=0;q:=0;
    for i:=1 to length(s) do begin
        if s[i]='a' then m:=i;
        if s[i]='c' then o:=i;
        if s[i]='g' then w:=i;
        if s[i]='t' then q:=i;
    end;
    cherche_base:=i;
end;
 
begin
    clrscr;
    writeln('donner votre chaine'); readln(d);
    k:=valide(d);
    writeln(k);
    write('donner le char'); readln(x);
    p:=cherche_base(d,x);
    write(p);
    readln;readln;
end.

Et voici ce qu'aurait donné le code sans la correction pour les begin et end, mais indenté "correctement":

Code:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
 
program heh;
 
uses crt;
 
var d:string; k:boolean; x:char; p:integer;
 
function valide(s:string):boolean;
var i:integer;
begin
    valide:=true;
    for i:=1 to length(s) do begin
        if (s[i]<>'a') and (s[i]<>'g') and (s[i]<>'c') and (s[i]<>'t') then
            valide:=false;
    end;
end;
 
function cherche_base(s:string;l:char):integer;
var i,m,o,w,q:integer;
m:=0,o:=0;w:=0;q:=0;
for i:=1 to length(s) do begin
    if s[i]='a' then m:=i;
    if s[i]='c' then o:=i;
    if s[i]='g' then w:=i;
    if s[i]='t' then q:=i;
end;
cherche_base:=i;
end;
clrscr;
writeln('donner votre chaine'); readln(d);
k:=valide(d);
writeln(k);
write('donner le char'); readln(x);
p:=cherche_base(d,x);
write(p);
readln;readln;

On voit immédiatement qu'il y a des problèmes, puisqu'on ne peut pas faire une indentation correcte dès qu'il manque des éléments.

Ça n'a l'air de rien, mais la présentation est primordiale, pour toi et pour ceux qui sont amenés à lire ton code, ou même à le reprendre pour le développer, et il faut en prendre l'habitude très tôt, après on le fait machinalement.

16/04/2014, 12h42
e-ric

Salut,

Pour commencer, potasser un peu les docs, en particulier celle du langage, ne fait pas de mal...

Après une bonne lecture des fonctions portant sur les chaînes, la deuxième partie de ton exercice est d'une simplicité enfantine, la fonction Pos() fait presque tout le travail, il ne reste qu'à aménager la valeur de retour de Pos (qui retourne 0 en cas d'échec de la recherche). Une autre solution consiste à parcourir bêtement la chaîne et noter la position de la première base dans une variable temporaire, si trouvée, la variable temporaire étant initialisée à -1.
A quoi servent les variables m,o,w,q ? Décoration ?

Par rapport à l'emploi de la variable i après le for, c'est une pratique risquée, il vaut mieux toujours considérer qu'une variable de boucle est locale à cette boucle et ne pas l'utiliser après sans l'avoir réinitialisée.

@+
16/04/2014, 15h03
droggo

Goe,

Citation:

Envoyé par e-ric

Par rapport à l'emploi de la variable i après le for, c'est une pratique risquée, il vaut mieux toujours considérer qu'une variable de boucle est locale à cette boucle et ne pas l'utiliser après sans l'avoir réinitialisée.

+1

Car même si c'est en général le cas, rien dans la définition du langage ne garantit la valeur de cette variable en sortie de boucle.
C'est donc à éviter, car ça joue sur un comportement qui peut être modifié d'un compilateur à l'autre, et même d'une version à l'autre pour un compilateur donné. :)
16/04/2014, 18h49
e-ric

Salut

Je ne suis pas allé voir la définition du langage mais, sur anecdote personnelle, cela dépend aussi de l'optimisation pour un programme donné.

Ainsi avec Delphi 7 (cas de l'expérience), une boucle for ... to peut dans certains cas être compilée comme une boucle for ... downto i.e. la boucle est inversée (l'indice de départ étant 0, le compilo inverse le sens de l'itération pour faire des comparaisons à 0 sans doute plus rapides), attention cela est vrai dans certains cas, je l'ai constaté une fois avec l'option d'optimisation activée dans D7.

Dans ces conditions, faire des hypothèses sur la valeur du compteur du for en sortie de celui-ci est une gentille illusion.

@+