Installation d'un package

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05/03/2014, 11h35
kaleme

Installation d'un package

Bonjour,
j'ai besoin d'utiliser le package XML2R situé à cette adresse : http://cran.r-project.org/web/packages/XML2R/index.html
J'ai téléchargé le package (Package source: XML2R_0.0.5.tar.gz ) puis j'ai utilisé la fonctionnalité 'install package' de rstudio pour l'installer. J'ai essayé aussi de donner directement l'url du cran pour l'installation.

J'ai alors ce message dans tous les cas :

Citation:

install.packages("~/workspace/language_R/XML2R_0.0.5.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘XML2R’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/XML2R’
Warning in install.packages :
installation of package ‘/home/user/workspace/language_R/XML2R_0.0.5.tar.gz’ had non-zero exit status

J'ai également essayé la commande

Code:

install.packages("XML2R")

fournit dans le fichier 'readme' du package que j'ai téléchargé :

Citation:

XML2R
=======

EasieR XML data collection. For an introduction to the package, see [here](http://cpsievert.github.io/XML2R/)

To install the [CRAN](http://cran.r-project.org/web/packages/XML2R/index.html) version use: `install.packages("XML2R"); library(XML2R)`

et j'obtiens :

Citation:

> install.packages("XML2R")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependencies ‘XML’, ‘RCurl’

essai de l'URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/XML_3.98-1.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1582216 bytes (1.5 Mb)
URL ouverte
==================================================
downloaded 1.5 Mb

essai de l'URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/RCurl_1.95-4.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 870915 bytes (850 Kb)
URL ouverte
==================================================
downloaded 850 Kb

essai de l'URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/XML2R_0.0.5.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 8829 bytes
URL ouverte
==================================================
downloaded 8829 bytes

* installing *source* package ‘XML’ ...
** package ‘XML’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name...
rm: cannot remove `a.out.dSYM': Is a directory
a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables...
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for sed... /bin/sed
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking for xml2-config... no
Cannot find xml2-config
ERROR: configuration failed for package ‘XML’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/XML’
Warning in install.packages :
installation of package ‘XML’ had non-zero exit status
* installing *source* package ‘RCurl’ ...
** package ‘RCurl’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
checking for curl-config... no
Cannot find curl-config
ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/RCurl’
Warning in install.packages :
installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘XML2R’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/XML2R’
Warning in install.packages :
installation of package ‘XML2R’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpeH8dJP/downloaded_packages’
> library(XML2R)
Erreur dans library(XML2R) : aucun package nommé ‘XML2R’ n'est trouvé

C'est la première fois que j'installe un package alors je ne sais pas si je fais une mauvaise manipulation.
Merci pour votre aide
05/03/2014, 11h46
Americano

Utilise la version Windows .zip

Bonjour,
Tu peux choisir la version suivante, qui est dans la meme page du lien que tu as transmis:

Code:

Windows binary: XML2R_0.0.5.zip

Pas la peine de décompresser le zip. Utilise la même procédure pour l'installation. Cela devrait marcher.
Merci
05/03/2014, 11h48
kaleme

Merci pour ta réponse.
J'ai oublié de préciser que je suis sous ubuntu donc je ne peux pas utiliser la version

Code:

Windows binary: XML2R_0.0.5.zip
05/03/2014, 12h01
lilly74

Bonjour,

cette vidéo (implementing Rstudio and R on Ubuntu) sur youtube peut vous intéresser (installation des packages via un site miroir vers la 8ème minute):
http://www.youtube.com/watch?v=P8wx4...?v=P8wx4HY9me0

Bonne continuation :)
05/03/2014, 12h11
kaleme

merci, je viens de regarder cette vidéo. J'ai fait la même manipulation pour installer mon package mais j'obtiens le même résultat.

Citation:

> install.packages("XML2R")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependencies ‘XML’, ‘RCurl’

essai de l'URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/XML_3.98-1.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1582216 bytes (1.5 Mb)
URL ouverte
==================================================
downloaded 1.5 Mb

essai de l'URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/RCurl_1.95-4.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 870915 bytes (850 Kb)
URL ouverte
==================================================
downloaded 850 Kb

essai de l'URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/XML2R_0.0.5.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 8829 bytes
URL ouverte
==================================================
downloaded 8829 bytes

* installing *source* package ‘XML’ ...
** package ‘XML’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name...
rm: cannot remove `a.out.dSYM': Is a directory
a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables...
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for sed... /bin/sed
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking for xml2-config... no
Cannot find xml2-config
ERROR: configuration failed for package ‘XML’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/XML’
Warning in install.packages :
installation of package ‘XML’ had non-zero exit status
* installing *source* package ‘RCurl’ ...
** package ‘RCurl’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
checking for curl-config... no
Cannot find curl-config
ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/RCurl’
Warning in install.packages :
installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘XML2R’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/XML2R’
Warning in install.packages :
installation of package ‘XML2R’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpeH8dJP/downloaded_packages’
> library(XML2R)
Erreur dans library(XML2R) : aucun package nommé ‘XML2R’ n'est trouvé
05/03/2014, 12h44
lilly74

Sous Windows et avec R 3.0.2, je n'ai pas de problème...

HTH :)
05/03/2014, 17h41
vchouraki
Bonjour,

Sous Ubuntu, certains packages R utilisent des librairies qui ne sont pas installees par defaut. On peut savoir laquelle manque grace a la sortie. Si on regarde la votre, on voit ces lignes:
Code:

1 2 3 4 5 checking for xml2-config... no Cannot find xml2-config ... checking for curl-config... no Cannot find curl-config
Il est parfois difficile de deviner le nom de la librairie a installer. Dans ce cas, comme indique dans le lien vers Stack Overflow, installer libxml2-dev et libcurl4-openssl-dev via le terminal:

Code:

sudo apt-get install libxml2-dev libcurl4-openssl-dev

ou en graphique, via le software center d'Ubuntu, devrait resoudre le probleme.

HTH

Vincent
05/03/2014, 23h41
kaleme
Merci pour vos réponses. Cela m'a bien aidé.
Il manquait effectivement les librairies libxml2-dev et libcurl4-openssl-dev.
Je les ai donc installées et je n'ai pas eu d'erreur lors de l'installation du package XML2R.

Toutefois, quand j'utilise la fonction XML2R de mon package, j'ai un message d'erreur qui n’apparaît pas avec la même installation sous windows. Je travaille sous ubuntu.
Code:

1 2 3 4 5 library("XML", lib.loc="/usr/local/lib/R/site-library") library("XML2R", lib.loc="/usr/local/lib/R/site-library") XML2R('fichier.xmlx')
et j'obtiens le message d'erreur suivant :

Citation:

Erreur dans function (type, msg, asError = TRUE) : Couldn't resolve host '��f'

Je ne comprends pas cette erreur car la fonction "xmlParse" fonctionne bien avec ce même fichier :

Code:

xmlParse('fichier.xmlx')