Erreur avec read.table()

Bonjour à tous,

Après avoir cherché une réponse à mon problème sur le forum (sans succès), je viens vous le soumettre ici.

J'ai un fichier ".txt" contenant un tableau avec "\t" comme séparateur. La première colonne de ce tableau comprend des noms (comme "nom1", "nom2, "nom3" etc.) et la première ligne de ce tableau contient les en-têtes de mes colonnes ("pommes", "poires", "tomates" etc.).

J'ouvre mon fichier dans R avec la fonction

Code:

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read.table("mon_fichier.txt", header=TRUE)

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Tout se passe bien.

Mais ensuite je souhaite faire une PCA sur ces données avec le package FactoMineR. La formule à utiliser est:

Code:

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mon_acp=PCA("mon_tableau", scale.unit=TRUE,graph=TRUE)

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Seulement quand je fais ça, j'ai le message suivant:

Code:

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1 2 3

The following variables are not quantitative: "pommes" The following variables are not quantitative: "poires" The following variables are not quantitative: "tomates"

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J'ai cherché d'où venait le problème mais je ne comprends pas. Certes, l'erreur m'indique que les variables "pommes", "poires" et "tomates" ne sont pas des variables quantitatives, mais c'est normal puisque ce sont les en-têtes de mes colonnes ! D'autant que je l'ai précisé avec "header=TRUE" dans la fonction read.table().

Si l'un(e) d'entre vous pouvait m'aider à résoudre ce problème.

En vous remerciant,

Fort en pommes

Bonjour,
Peux-tu enlever les guillemets mis à mon_tableau (c'est un objet), et voir ce que cela donne?

Code:

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1 2 3

mon_tableau <- read.table("mon_fichier.txt", header=TRUE) mon_acp <- PCA(mon_tableau, scale.unit=TRUE,graph=TRUE) mon_acp

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Merci de ta réponse Americano,

Oui, j'ai fait une erreur dans mon post j'ai mis des guillemets alors que je n'en mets pas dans R.:roll:
Par contre, après recherches, j'ai une forme de read.table qui fonctionne avec l'analyse ACP:

Code:

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Dataset <- read.table(mon_tableau, header=TRUE, sep="\t", na.strings="NA", dec=",", row.names=1, strip.white=TRUE)

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Mais je ne comprends pas pourquoi par contre... :?

Bonjour,
Le problème est que les tableaux sous format texte peuvent utiliser une multitude de séparateurs, qui vont définir les différentes colonnes de ton data frame.
Ta première syntaxe indique uniquement que ton tableau a des entêtes (header=TRUE) mais n'indique pas quels sont les séparateurs entre les différentes colonnes. Alors, R sépare selon sa logique et dans la plupart des cas la séparation est mal faite.
Par contre, dans ton deuxième cas (celui qui marche), tu indiques bien à R d’utiliser comme séparateur une tabulation (sep="\t") et que tes nombres ont aussi des virgules comme séparateurs de décimaux (dec=",").
Dans l’avenir, prends la précaution de toujours vérifier le tableau importé en utilisant :

Code:

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Fix(Dataset)

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Exemple : pour chacune de tes deux méthodes d’importation, utilise juste après l'importation du tableau Fix(Dataset) et tu te rendras compte par toi-même que R fusionne dans ton premier cas des colonnes de sorte que le tableau importé ne correspond pas à ton vrai tableau. Dans le deuxième cas, R intègre les séparateurs et le tableau s’affiche correctement. Tu peux voir cela visuellement. Voilà.

Merci pour cette astuce.
Seulement chez moi ça ne fonctionne pas...

Code:

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1 2	> Fix(Dataset) Error: could not find function "Fix"

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La commande Fix fait-elle partie d'une librairie spéciale?

Tu as raison, j'ai écrit sans m'en rendre compte. Tu dois écrire (fix) avec un "f" minuscule et non majuscule. Il s'agit d'une fonction R pour afficher les tables et s'assurer que notre importation est bonne. Tiens-moi au courant.

Ah oui effectivement ça fonctionne ainsi!

Je vais faire quelques tests de read.table et de fix. Je reviendrai sur ce thread si je rencontre des difficultés. :mrgreen:

Merci beaucoup de ton aide!

Bonjour,
Bien que le problème soit résolu pour toi. Tu peux a présent cliquer sur le petit bouton pour indiquer que la discussion est résolue. Tu as toujours la possibilité de créer d'autres discussions en fonction des questions à soumettre. Salut