Intersection de 2 fichiers

Bonjour à tous,

J'en appelle à vous car j'ai un "petit" problème de programmation sous R..
Je possède 2 tableaux de données ayant des rownames correspondant à des noms de personnes. Certaines de ces personnes se trouvent être dans les 2 tableaux, alors que d'autres sont seulement dans l'un des 2 tableaux.
Je souhaiterais créer un tableau/fichier ayant pour rownames seulement les individus communs aux 2 tableaux de données et comportant les informations relatives à ces individus que l'on trouve dans l'un et l'autre de ces 2 tableaux initiaux.
Je pensais à une boucle permettant de chercher dans l'un des fichiers les individus appartenant à l'autre fichier, mais je ne vois pas comment la programmer.
J'espère avoir été claire dans l'expression de mon problème..

Je vous remercie d'avance de vos éclaircissements !

Bonjour,

Faites une recherche dans la documentation R sur la fonction merge()

Citation:

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Envoyé par ced

Bonjour,

Faites une recherche dans la documentation R sur la fonction merge()

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Formidable ! :) Merci beaucoup !
Cette fonction est parfaitement celle qu'il me faut, merci !
En revanche, je rencontre le problème suivant lorsque je lui indique mes données :

Code:

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merge(X,Y,by=intersect(rownames(X),rownames(Y))) ou bien merge(X,Y,by=intersect(rownames(X),rownames(Y)),by.x=rownames(X),by.y=rownames(Y))

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Citation:

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=>Erreur dans fix.by(by.x, x) :
'by' doit spécifier des colonnes uniques correctes

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Savez vous d'où cela peut-il venir ?

Oui, le nom des lignes (renvoyé par la fonction rownames()) n'est pas une colonne d'un data frame.
Or, la fonction merge ne s'applique qu'à des colonnes de data frames
Du coup, pour chaque data frame, il vous faut au préalable ajouter une colonne comme suit :

Code:

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1 2	df1$nom <- rownames(df1) df2$nom <- rownames(df2)

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Puis vous faites le merge sur les colonnes "nom" de chacun des 2 data frames.

Une interruption internet a retardé ma réponse..
Merci pour ce conseil, cependant, je rencontre un nouveau problème (ah, R !):
Après avoir créé, comme vous me l'avez suggéré, des colonnes comportant les rownames, concaténées à mes 2 fichiers comme suit:

Code:

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1 2	df1$nom = rownames(df1) df2$nom = rownames(df2)

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Ensuite, j'ai utilisé la fonction merge :

Code:

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merge(df1,df2,by=intersect(df1$nom,df2$nom)),by.x=df1$nom,by.y=df2$nom)

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Mais je rencontre l'erreur suivante..:

Citation:

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Error in fix.by(by.x, x) : 'by' must specify uniquely valid columns

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(en anglais, cette fois-ci ! ^^)

Peut-être que je ne renseigne pas correctement les éléments de la fonction merge..?

Merci à nouveau de votre aide !

Citation:

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Envoyé par NovicedDeChezNovice

Peut-être que je ne renseigne pas correctement les éléments de la fonction merge..?

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Effectivement, comme les 2 data frame ont le même nom pour leur colonne commune, il suffit de mettre (entre guillemets) le nom de cette colonne dans le paramètre "by" :

Code:

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merge(df1, df2, by="nom")

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En faisant ceci, j'obtiens seulement comme "merge" le nom des colonnes de mes 2 dataframes à la suite les uns des autres, combinés en un seul vecteur, avec aucune donnée concernant les individus (rownames) qui leur sont communs..

Bonjour,

Il va falloir nous donner un peu plus de détail sur le contenu de vos data frames et sur votre code, parce que pour moi, le code suivant fonctionne parfaitement :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34

> df1 <- data.frame(col1 = c(1, 2, 3, 5, 6, 7, 8, 9, 10), col2 = c(10.5, 1.3, 45.6, 2.3, 7.89, 7, 0.3, 6.9, 4.9)) > row.names(df1) <- c("row1", "row2", "row3", "row5", "row6", "row7", "row8", "row9", "row10") > > df2 <- data.frame(colA = c(1, 3, 4, 6, 8), colB = c(0.51, 0.32, 0.44, 0.86, 0.98)) > row.names(df2) <- c("row1", "row3", "row4", "row6", "row8") > > df1 col1 col2 row1 1 10.50 row2 2 1.30 row3 3 45.60 row5 5 2.30 row6 6 7.89 row7 7 7.00 row8 8 0.30 row9 9 6.90 row10 10 4.90 > df2 colA colB row1 1 0.51 row3 3 0.32 row4 4 0.44 row6 6 0.86 row8 8 0.98 > > df1$nom <- row.names(df1) > df2$nom <- row.names(df2) > > merge(df1, df2, by = "nom") nom col1 col2 colA colB 1 row1 1 10.50 1 0.51 2 row3 3 45.60 3 0.32 3 row6 6 7.89 6 0.86 4 row8 8 0.30 8 0.98

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Au passage, dans mon message précédent, j'ai utilisé rownames, ce qui revient au même que row.names dans mon code ci-dessus.

Bonjour,

Ca maaaaaaarche ! :D
Hum, pardon.
Merci beaucoup pour votre aide et votre patience !