Gérer les timeout des requêtes longues

Bonjour,

Comment peut-on gérer les requêtes longues avec PDO sous PHP ?

Mon cas concret est le suivant :
- A partir d'un formulaire web, j'envoie un fichier d'environ 20000 lignes de données destinées à être modifiées et intégrée dans ma base postgreSQL.
- Un de mes traitements prends environ 90 sec, soit très supérieur aux 30 sec du timeout, que je ne souhaite pas modifier.
- Actuellement, ma solution est de fragmenter la requête avec AJAX par tranches de 250 lignes (ce qui me permet d'afficher l'avancement de la procédure d'insertion) : c'est crade et dépendant de l'utilisateur et l'oblige à garder la page ouverte pour que le processsus arrive à son terme.
- Est-il possible de lancer et "oublier" la commande PDO en PHP afin d'éviter le timeout ? Utilisation de threads peut-être (jamais testé) ?

Merci d'avance pour les pistes que vous pourrez me donner.