[importdata] Problème aléatoire de lecture

Bonjour,

J'utilise la fonction "importdata" pour extraire la partie "numérique" d'un fichier de sortie d'un programme tiers contenant plusieurs lignes d'en-têtes puis les colonnes numériques qui m'intéressent:

Citation:

******* Program HYDRUS
*******
Welcome to HYDRUS-1D
Date: 15. 1. Time: 17:17:53
Units: L = mm , T = days , M = mmol

Node( 61) Node( 81) Node(101)

time h theta Temp h theta Temp h theta Temp
0.0104 -683.00 0.2228 -0.452E+02 -575.37 0.2426 -0.331E+02 -476.03 0.2656 -0.109E+03
0.0208 -668.35 0.2253 -0.511E+02 -584.33 0.2405 -0.402E+02 -473.07 0.2665 -0.654E+02
0.0312 -662.12 0.2263 -0.489E+02 -588.93 0.2394 -0.433E+02 -467.98 0.2680 -0.482E+02
0.0417 -662.37 0.2263 -0.444E+02 -590.52 0.2391 -0.445E+02 -463.34 0.2694 -0.400E+02
0.0521 -666.33 0.2256 -0.396E+02 -590.76 0.2390 -0.442E+02 -458.99 0.2708 -0.356E+02
0.0625 -672.00 0.2246 -0.354E+02 -590.63 0.2390 -0.429E+02 -454.95 0.2720 -0.330E+02
0.0729 -678.37 0.2236 -0.317E+02 -590.54 0.2390 -0.411E+02 -451.14 0.2732 -0.312E+02
0.0833 -684.93 0.2224 -0.286E+02 -590.62 0.2390 -0.389E+02 -447.59 0.2742 -0.296E+02
0.0938 -691.41 0.2213 -0.259E+02 -590.87 0.2390 -0.366E+02 -444.28 0.2752 -0.281E+02
0.1042 -697.72 0.2203 -0.235E+02 -591.25 0.2389 -0.344E+02 -441.18 0.2762 -0.266E+02
0.1146 -703.76 0.2192 -0.215E+02 -591.74 0.2388 -0.321E+02 -438.38 0.2770 -0.252E+02
0.1250 -709.53 0.2183 -0.196E+02 -592.30 0.2386 -0.300E+02 -435.79 0.2778 -0.238E+02
0.1354 -714.99 0.2173 -0.180E+02 -592.90 0.2385 -0.280E+02 -433.43 0.2785 -0.225E+02
0.1458 -720.07 0.2165 -0.168E+02 -593.53 0.2384 -0.261E+02 -431.29 0.2792 -0.213E+02
0.1563 -723.76 0.2158 -0.169E+02 -594.15 0.2382 -0.243E+02 -429.42 0.2798 -0.202E+02

Le soucis, c'est que parfois, de façon assez aléatoire en fait, Matlab me renvoie une erreur:
"Error using importdata, target is non-structured array" ou quelque chose du genre.

Cette action est répétée des milliers de fois (simulation -> export du résultat -> traitement -> etc...), parfois aucun soucis, parfois ça me met le message d'erreur au bout de 5 simulations.

Je suppose que ce qu'il se passe c'est qu'entre le moment ou le programme tiers termine la simulation et "écrit" le fichier résultat et le moment ou mon code arrive à l’exécution d'importdata, l'écriture du fichier résultat n'est pas encore complète ce qui serait la cause de ce message d'erreur ?

Est-ce que la cause vous parait cohérente ? sinon quel pourrait être la raison du caractère aléatoire de ce message d'erreur ?

Merci de m'apporter vos lumières !

Bonne journée.

La première chose à faire est de vérifier le contenu du fichier que la fonction importdata ne peut pas lire.

Si il y a un problème dans le contenu du fichier par rapport aux autres fichiers lus, alors c'est le logiciel tiers qui est en cause.

Si le contenu est correct, alors tu as surement un soucis au niveau de l'accès à ce fichier avec MATLAB alors que le logiciel tiers est encore en train d'écrire dedans.

Bonjour,

Merci pour la réponse.

Généralement, lorsque le code stope sur cette erreur, si je relance simplement l'appel à "importdata" l'importation se fait correctement et j'ai bien accès à la matrice souhaitée.

Citation:

tu as surement un soucis au niveau de l'accès à ce fichier avec MATLAB alors que le logiciel tiers est encore en train d'écrire dedans.

C'est effectivement ce à quoi je pensais.

L'utilisation d'un timer pour retarder le code permettrait donc de solutionner ce problème ?

Merci.

Olivier.

Comment est réalisé l'interfaçage et la synchronisation entre MATLAB et l'autre logiciel (celui-ci je pense) ?

Dans le code principal, j'utilise la "fonction" d'exécution de Matlab ( ! ) pour lancer un batch en DOS qui génère les fichier d'entrée requis par le logiciel HYDRUS-1D et qui lance H1D_calc.exe, le module de calcule d'Hydrus.
Une fois la simulation terminée, le même batch "task-kill" H1D_calc.exe pour être certain que même en cas de non-convergence ou de problème lors du calcul le processus ne reste pas actif.

L'exécution de H1D_calc.exe permet de faire la simulation souhaitée et crée les fichiers de sortie dont celui qui m'intéresse à savoir le fichier regroupant les informations de la simulation au niveau de plusieurs points d'observation.

Une solutions serait peut être de tester que le processus H1D_calc.exe soit terminé avant de lire le fichier résultat ?
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 status = dos('mybatch.bat'); status = dos('TaskList | findstr H1D_calc.exe > NUL'); while status==0 status = dos('TaskList | findstr H1D_calc.exe > NUL'); end if exist('result.txt','file')==2 importdata('result.txt'); else error('Pas de fichier resultat'); end
Voir la FAQ Batch : Comment tester si un processus est lancé ?

Re,

OK, je vais tester cette méthode et voir si le problème disparait, c'est vrai que c'est une solution à laquelle je n'avais pas pensé...

Je reviens d'ici quelques jours pour donner le résultat.

Merci.

Bonjour,

De retour pour donner les résultats:

Le timer (pause de 0.2 seconde) suffit pour le moment à éviter cette erreur. 2 semaines et plusieurs dizaines de milliers de simulations plus tard ce problème n'est pas réapparu.

Merci pour les infos et l'aide apportée !

Plouf.