Remplacer des occurrences à partir d'un dictionnaire

Bonjour à tous,

Voila plusieurs jours que j'essaye de me démêler avec un bout de code en vain, pas étonnant, sachant que je suis nouveau en python et n'en saisi pas encore toute la logique.
J'aimerais, à partir d'un dictionnaire, remplacer toutes les occurrences contenues dans une liste de plusieurs listes. D'une manière plus claire, on a :

les sequences = [['TTT[T/G]TTT'], ['GGG[A/C]TTT']]
Et le dictionnaire = {'A':'A','C':'C','G':'G','T':'T','[A/C]':'M','[A/G]':'R','[A/T]':'W','[C/G]':'S','[C/T]':'Y','[G/T]':'K','[C/A]':'M','[G/A]':'R','[T/A]':'W','[G/C]':'S','[T/C]':'Y','[T/G]':'K'}

Et j'aimerais obtenir :

sequences = [['TTTKTTT'], ['GGGMTTT']].

Sachant que j'ai plusieurs dizaines de listes dans ma liste sequences contenant quasiment tous au moins une clé de mon dictionnaire.

J'ai commencé ça :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19

dictionnaire = {'A':'A', 'C':'C', 'G':'G', 'T':'T', '[A/C]':'M', '[A/G]':'R', '[A/T]':'W', '[C/G]':'S', '[C/T]':'Y', '[G/T]':'K', '[C/A]':'M', '[G/A]':'R', '[T/A]':'W', '[G/C]':'S', '[T/C]':'Y', '[T/G]':'K'}   for lettres in str(Sequences): print iupacdict.get(lettres)

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1) J'obtiens bien le remplacement mais uniquement des caractères seuls (A, T, C, G)
2) J'obtiens un seul caractère par ligne

J'ai donc essayé ça :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9

mregex = '' for lettres in Sequences: mregex += iupacdict.get(lettres)   print mregex   tosearch = re.compile(str(mregex)) for i in tosearch.findall(Sequences): print i

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Mais j'obtiens l'erreur suivante :
Traceback (most recent call last):
File "tmp.py", line 84, in <module>
mregex += iupacdict.get(lettres)
TypeError: unhashable type: 'list'

Je ne sais donc pas trop comment m'en défaire, auriez-vous quelques pistes à me donner pour obtenir le résultat souhaité ?

Merci, bonne journée,

Emmanuel.

Salut,
Je ne vais pas vous gâcher le plaisir d'apprendre!
Juste quelques pistes:
On initialise:

Code:

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1 2 3 4 5

>>> SEQ = ['TTT[T/G]TTT', 'GGG[A/C]TTT'] >>> DICO = {'A':'A','C':'C','G':'G','T':'T','[A/C]':'M','[A/G]':'R','[A/T]':'W', '[C/G]':'S','[C/T]':'Y','[G/T]':'K','[C/A]':'M','[G/A]':'R','[T/A]':'W','[G/C]': 'S','[T/C]':'Y','[T/G]':'K'} >>> s = SEQ[0]

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Pourquoi avoir fait séquences comme liste de listes?
Maintenant on applique un re.search, m.span retourne (debut, fin) du "match":

Code:

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1 2 3 4 5 6

>>> m = re.search(r'(\[\w/\w\])', s) >>> m.span() (3, 8) >>> key = s[3:8] >>> key '[T/G]'

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On remplace avec la valeur dans DICO:

Code:

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1 2 3 4

>>> v = DICO.get(key) >>> n = s[:3] + v + s[8:] >>> n 'TTTKTTT'

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- W

Salut,

Un simple replace() aurait suffit aussi

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14

new = [] for seq in SEQUENCES: s = seq[0] print seq for k in dic.keys(): s = s.replace(k, dic[k]) new.append([s])   print SEQUENCES print new   [['TTT[T/G]TTT'], ['GGG[A/C]TTT']] [['TTTKTTT'], ['GGGMTTT']]

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Les regex c'est bien lorsque l'on ne sait pas ce que l'on cherche.

Citation:

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Envoyé par VinsS

Un simple replace() aurait suffit aussi
.....
Les regex c'est bien lorsque l'on ne sait pas ce que l'on cherche.

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Ça "fonctionne" mais c'est plutôt bourrin car ça essaie de remplacer toutes les clés du dico...

- W

Bonjour à tous les deux,

Merci pour vos conseils. J'aurais été tenté d'appliquer la solution de VinsS mais entre temps, il s'est avéré qu'il n'était peut être pas nécessaire d'avoir une liste de listes. Donc si j'ai :
Sequences = ['TTT[T/G]TTT', 'GGG[A/C]TTT']
avec un dictionnaire assez complet, je peux finalement faire :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19

inMotif=False motif="" newSeqs=[] for seq in Sequences: newSeq="" for lettre in seq : if(lettre=='['): inMotif=True   if(inMotif==True): motif=motif+lettre else: newSeq=newSeq+lettre   if(lettre==']'): newSeq=newSeq+str(iupacdict.get(motif)) inMotif=False motif="" newSeqs.append(newSeq)

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Ce n'est pas très joli c'est sûr, et un peu plus long mais ça reste fonctionnel. Je garde en mémoires vos deux méthodes respectives et je les utiliserai assez rapidement je pense.

Merci pour votre disponibilité en tout cas, je pense que nous aurons l'occasion d'échanger à nouveau, j'ai lu quelques uns de vos nombreux messages sur le forum.

Bonne suite et merci à nouveau,

Emmanuel.