fichier en format .h5 (hdf5)

Version imprimable

10/12/2013, 10h56
Trax31

fichier en format .h5 (hdf5)

Bonjour,
y-a-t-il une fonction fortran qui permet de lire un fichier de format .h5 comme on peut le faire avec read pour un fichier .DAT ou .TXT

Merci
10/12/2013, 16h14
FR119492
Salut!
C'est quoi le format .h5? Dans Wikipedia, j'ai trouvé:
Citation:
H5 peut faire référence à :

H5, un collectif de graphistes français
H5, une société américaine spécialisée en recherche d'information
un type d'hémagglutinine présent dans le virus de la grippe aviaire H5N1
Sony Cyber-shot DSC-H5, un appareil photo de la série Sony Cyber-shot DSC
Magadan Airlines, selon la liste des codes AITA des compagnies aériennes
Alors?
Jean-Marc Blanc
10/12/2013, 16h29
Sylvain Bergeron

Une simple recherche Google "Fortran hdf5" retourne plein de liens qui semblent pertinents...
10/12/2013, 23h35
Matthieu Brucher

Il me semble qu'il y a une interface dans la bibliothèque officielle. Tu l'as essayée ? C'est sans doute la meilleure manière d'accéder aux données sous ce format !
12/12/2013, 11h00
Trax31

Le format .h5 vient de là :
http://www.hdfgroup.org/HDF5/
12/12/2013, 20h50
Matthieu Brucher

Tua s la réponse au même endroit... http://www.hdfgroup.org/hdf5-quest.html#F90

Fonction read

Bonjour,
pour lire un fichier h5 avec fortran, j'utilise la routine suivante :

Code:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
PROGRAM H5_RDWT
 
  USE HDF5 ! This module contains all necessary modules
 
  IMPLICIT NONE
 
  CHARACTER(LEN=12), PARAMETER :: filename = "f1tab_WOF.h5" ! File name
  CHARACTER(LEN=5), PARAMETER :: dsetname = "dset1"     ! Dataset name
  INTEGER(HID_T) :: file_id       ! File identifier
  INTEGER(HID_T) :: dset_id       ! Dataset identifier
  INTEGER     ::   error ! Error flag
 
  REAL, DIMENSION(21,63) :: data_out ! Data buffers
  INTEGER, DIMENSION(21,63) :: dset_data
  INTEGER(HSIZE_T), DIMENSION(2) :: data_dims
 
 
  ! Initialize FORTRAN interface.
  CALL h5open_f(error)
 
  ! Open an existing file.
 
  CALL h5fopen_f (filename, H5F_ACC_RDWR_F, file_id, error)
 
  ! Open an existing dataset.
  CALL h5dopen_f(file_id, dsetname, dset_id, error)
 
 
  data_dims(1) = 21
  data_dims(2) = 63
 
 
 CALL h5dread_f(dset_id, H5T_NATIVE_REAL,data_out, data_dims, error)
 
print*,'data',data_out(:,1)
  !
  ! Close the dataset.
  !
  CALL h5dclose_f(dset_id, error)
 
  !
  ! Close the file.
  !
  CALL h5fclose_f(file_id, error)
 
  !
  ! Close FORTRAN interface.
  !
  CALL h5close_f(error)
 
END PROGRAM H5_RDWT

Mais ça me renvoie comme erreur :

Code:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
DF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.8.10-patch1) thread 0:
  #000: ../../src/H5Dio.c line 174 in H5Dread(): can't read data
    major: Dataset
    minor: Read failed
  #001: ../../src/H5Dio.c line 337 in H5D__read(): unable to set up type info
    major: Dataset
    minor: Unable to initialize object
  #002: ../../src/H5Dio.c line 838 in H5D__typeinfo_init(): unable to convert between src and dest datatype
    major: Dataset
    minor: Feature is unsupported
  #003: ../../src/H5T.c line 4523 in H5T_path_find(): no appropriate function for conversion path
    major: Datatype
    minor: Unable to initialize object

Ça vient de la fonction READ : quelqu'un a une idée sur l'option à modifier

Merci

19/12/2013, 19h12
Matthieu Brucher

"unable to convert between src and dest datatype"
C'est assez explicite, tu as un problème de typage.