besoin d'aide svp

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12/09/2013, 09h38
assoumi

besoin d'aide svp

bjr
j'ai un exercice de bioinformatique et j'arrive pas a trouver la solution

exercice:
A la suite de consommation de pastèques, l’analyse de séquences d’acides nucléiques de personnes atteintes de troubles digestifs permet d’isoler, à partir d’un même chromosome, les deux séquences A et B.
1. Analyser les séquences A et B en utilisant l’interface BLAST
2. Interpréter les résultats des analyses des séquences A et B
Séquence inconnue "A" obtenue

Citation:

AGTCGTTTTGAAAATAACCTTTATCACCATGATTACATTAGTTTTTGCTAACCTTTAATA
ACATGGAGAATAAAGGTGGAAAAAAGTAACGAGAACGTACAGTTGCTAGTAAATGCTATT
CGGTTTCGTAAACCCTACACGGCTAATGATTTTCAAGTAACAGCATCTGAGCTGAAAGTG
AAAAAAGAGTAGTTATCACTTAAGTAAAATCAAGAGTATTGAACTGAAGCGTCTTGGCTTC
AAAGATAACGTGGTTAAAGTGACAACATACGCCATTTTACTGTCAGCAGCGACTTGGGCT
TTTGTACCTGAGTTTGGTTTTTTTGTCCTAATTGCTCTGATTTTGGCTTTGGTTTCG
ATGAGAAAGTATGAGTTGAAGTAGAGTTTAAAGGTACAGATGAAACGGGTGATTACTGG
GTATCAATAGC

Séquence inconnue "B" obtenue

Citation:

GTGGGATGCCACACACCATTCAAAATCAATAAGTTATAGAAAATAGTCCCATCAACAAAGCAAAAAACTGCCCAACGCTGAGGCAAGGTCCTTGGCGGGCAAAAA

svp j'ai besoin de votre aide
merci
12/09/2013, 11h04
stoyak

Bonjour ?

Quel est ton problème ? Tu ne comprends pas l'exercice ? Tu ne sais pas comment t'y prendre ? Tu as analysé tes séquences et tu ne sais pas quoi conclure ?
12/09/2013, 11h20
6ril23

je vais essayer de t'aider mais je te préviens la Bioinfo c'est un peu loin :mrgreen:

l'interface Blast (qui est un outil d'alignement de séquences comme tu as dû le voir en cours) se trouve à l'adresse suivante:
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast....SPEC=blast2seq

Ensuite pour chaque séquence:
- tu copies/colles la séquence dans le cadre
- tu décoches la case "Align two or more sequences"
- tu choisis dans le nouveau cadre qui est apparu la database "Other" "nr/nt"
- tu lances ensuite le Blast

Tu va donc obtenir pour chacune, les séquences connues qui s'en "rapproche" le plus

je te laisse faire le point 2 seul(e) car une fois que tu vois les résultats je pense que tu y arriveras :ccool:
sinon indique ce que tu ne comprends pas

Par contre je ne suis pas sûr que ce sujet soit à sa place car ce n'est pas du tout un problème de développement mais plutôt d'utilisation d'outils d'analyses en Biologie
12/09/2013, 16h48
assoumi

Citation:

Envoyé par stoyak

Bonjour ?

Quel est ton problème ? Tu ne comprends pas l'exercice ? Tu ne sais pas comment t'y prendre ? Tu as analysé tes séquences et tu ne sais pas quoi conclure ?

oui j'arrive pas a analyser les resultats
12/09/2013, 17h03
stoyak

Citation:

Envoyé par assoumi

oui j'arrive pas a analyser les resultats

Je devine donc que vous avez aligné les séquences avec BLAST. L'une contre l'autre ? Sur une base de données ? Laquelle ?
Quels résultats avez-vous obtenus ?

Est-il possible d'avoir l'intitulé exact de l'exercice ?
12/09/2013, 17h12
assoumi

Citation:

Envoyé par stoyak

Je devine donc que vous avez aligné les séquences avec BLAST. L'une contre l'autre ? Sur une base de données ? Laquelle ?
Quels résultats avez-vous obtenus ?

Est-il possible d'avoir l'intitulé exact de l'exercice ?

j'ai aligné les seq avec blast j'ai pas trouvé de résultat donc j'ai aligné chaque seq à tous les nucléotide j'ai trouvé plusieurs qui ont le même score et le m e-value donc j'arrive pas a choisir et faire l'analyse
12/09/2013, 17h38
6ril23

Citation:

Envoyé par assoumi

j'ai aligné les seq avec blast j'ai pas trouvé de résultat donc j'ai aligné chaque seq à tous les nucléotide j'ai trouvé plusieurs qui ont le même score et le m e-value donc j'arrive pas a choisir et faire l'analyse

Si tu regardes un peu les résultats, oui il y a pas mal de séquences avec des résultats identiques mais n'y a-t-il pas des points communs comme les noms des organismes, les chromosomes où ils sont présents...???

En fait le but en biologie n'est pas d'analyser les résultats bruts mais plutôt le contexte, le but recherché...

Pour un même organisme, un même gène, tu trouveras très rarement une seule séquence qui cible ta région dans certaines bases de données. Sauf à interroger des bases sans redondance et avec les séquences de référence...
Code:

1 2 >seqA AGTCGTTTTGAAAATAACCTTTATCACCATGATTACATTAGTTTTTGCTAACCTTTAATAACATGGAGAATAAAGGTGGAAAAAAGTAACGAGAACGTACAGTTGCTAGTAAATGCTATTCGGTTTCGTAAACCCTACACGGCTAATGATTTTCAAGTAACAGCATCTGAGCTGAAAGTGAAAAAAGAGTAGTTATCACTTAAGTAAAATCAAGAGTATTGAACTGAAGCGTCTTGGCTTCAAAGATAACGTGGTTAAAGTGACAACATACGCCATTTTACTGTCAGCAGCGACTTGGGCTTTTGTACCTGAGTTTGGTTTTTTTGTCCTAATTGCTCTGATTTTGGCTTTGGTTTCGATGAGAAAGTATGAGTTGAAGTAGAGTTTAAAGGTACAGATGAAACGGGTGATTACTGGGTATCAATAGC
Voilà les résultats d'alignement sur la base nr :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 Vibrio cholerae IEC224 chromosome II, complete sequence 738 2212 100% 0.0 98% CP003331.1 Vibrio cholerae O1 str. 2010EL-1786 chromosome 2, complete sequence 738 1474 100% 0.0 98% CP003070.1 Vibrio cholerae MJ-1236 chromosome 2, complete sequence 738 1474 100% 0.0 98% CP001486.1 Vibrio cholerae O395 chromosome II, complete sequence 738 1470 100% 0.0 98% CP001236.1 Vibrio cholerae O395 chromosome 1, complete genome 738 1470 100% 0.0 98% CP000626.1 Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 chromosome II, complete sequence 738 2212 100% 0.0 98% AE003853.1
Ne vois-tu pas un point commun ? L'espèce ? Le chromosome matché ? N'as tu pas identifié ta séquence ?

Procède de la même manière avec la séquence B et reviens nous voir pour nous présenter tes conclusions.
AU boulot !

Citation:
Envoyé par stoyak
Pour un même organisme, un même gène, tu trouveras très rarement une seule séquence qui cible ta région dans certaines bases de données. Sauf à interroger des bases sans redondance et avec les séquences de référence...
Code:

1 2 >seqA AGTCGTTTTGAAAATAACCTTTATCACCATGATTACATTAGTTTTTGCTAACCTTTAATAACATGGAGAATAAAGGTGGAAAAAAGTAACGAGAACGTACAGTTGCTAGTAAATGCTATTCGGTTTCGTAAACCCTACACGGCTAATGATTTTCAAGTAACAGCATCTGAGCTGAAAGTGAAAAAAGAGTAGTTATCACTTAAGTAAAATCAAGAGTATTGAACTGAAGCGTCTTGGCTTCAAAGATAACGTGGTTAAAGTGACAACATACGCCATTTTACTGTCAGCAGCGACTTGGGCTTTTGTACCTGAGTTTGGTTTTTTTGTCCTAATTGCTCTGATTTTGGCTTTGGTTTCGATGAGAAAGTATGAGTTGAAGTAGAGTTTAAAGGTACAGATGAAACGGGTGATTACTGGGTATCAATAGC
Voilà les résultats d'alignement sur la base nr :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 Vibrio cholerae IEC224 chromosome II, complete sequence 738 2212 100% 0.0 98% CP003331.1 Vibrio cholerae O1 str. 2010EL-1786 chromosome 2, complete sequence 738 1474 100% 0.0 98% CP003070.1 Vibrio cholerae MJ-1236 chromosome 2, complete sequence 738 1474 100% 0.0 98% CP001486.1 Vibrio cholerae O395 chromosome II, complete sequence 738 1470 100% 0.0 98% CP001236.1 Vibrio cholerae O395 chromosome 1, complete genome 738 1470 100% 0.0 98% CP000626.1 Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 chromosome II, complete sequence 738 2212 100% 0.0 98% AE003853.1
Ne vois-tu pas un point commun ? L'espèce ? Le chromosome matché ? N'as tu pas identifié ta séquence ?

Procède de la même manière avec la séquence B et reviens nous voir pour nous présenter tes conclusions.
AU boulot !
Les résultats pour la sequence B
Vibrio cholerae IEC224 chromosome I,complete sequence
141 141 89% 1e-30 94% CP003330.1
Vibrio cholerae O1 str. 2010EL-1786chromosome 1, complete sequence
141 141 89% 1e-30 94% CP003069.1
Vibrio cholerae MJ-1236 chromosome 1,complete sequence
141 141 89% 1e-30 94% CP001485.1
Vibrio cholerae O395 chromosome I,complete sequence
141 141 89% 1e-30 94% CP001235.1
Vibrio cholerae M66-2 chromosome I,complete sequence
141 141 89% 1e-30 94% CP001233.1
Vibrio cholerae O395 chromosome 2,complete genome
141 141 89% 1e-30 94% CP000627.1
Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961chromosome I, complete sequence
141 141 89% 1e-30 94% AE003852.1
hcp=28 kda secreted hydrophilic protein
[Vibrio cholerae, O17, Genomic, 1537 nt]
>emb|X84650.1| V.cholerae hcpA gene
141 141 89% 1e-30 94% S81006.1

les seules résultats commun entre seq A et seq B :
seq B:
Vibrio cholerae O395 chromosome I,complete sequence
Vibrio cholerae O395 chromosome 2 complete genome

seq A:
Vibrio cholerae O395 chromosome II, complete sequence
Vibrio cholerae O395 chromosome 1, complete genome

j'ai trouvé tous ces résultats mais j'arrive à choisir quel chromosome :(

17/09/2013, 11h25
sohnic

Bonjour,
Pas de bol pour les pastèques ! Elles sont porteuses du choléra !
Bon, c'est déjà un premier résultat d'analyse, ça permettra de soigner le malade.

Ensuite, en l'état, tu ne peux pas trancher tout simplement. C'est l'un ou l'autre des chromosomes.

Mais au fait, c'est une bactérie, non ?
En principe, qui dit bactérie, dit UN chromosome circulaire, pas deux.

Donc chromosome un ou deux, c'est peut-être 2 souches différentes... ou autre chose.

Un peu de biblio. Google tout simplement.
Et on tombe sur : http://www.pnas.org/content/95/24/14464

Et juste dans l'abstract :
Our most notable finding is, however, that the V. cholerae chromosome appears to be not the single chromosome reported but two unique and separate circular megareplicons.

Ben oui, une bactos un peu particulière.

Et comme ce sont des réplicons, tu vas avoir beaucoup de mal à déterminer duquel il s'agit.

C'est aussi ça la bioinfo....

S.