Cartes de densité sous ImageJ

Bonjour à tous et merci d'avance pour votre aide
je vous expose mon probleme j'ai une série de coupes radiologiques en 8 bit que j'ouvre en stack sur lesquelles je dois mesurer la densité (0 à 255) de certaines structures.
En utilisant l'outil reslice je peux reconstruire mes images : passer de coupes transversales à verticales. Ce que je voudrais faire consiste à faire des coupes selon des courbes que j'aurais moi même défini.

Autre problème, pour mesurer la densité lorsque j'ai plusieurs images je souhaiterai selectionner des zones différentes sur chaque image de ma pile d'image mais lorsque je réalise une sélection imageJ garde la même zone de selection sur toutes les images comment faire?

et dernière question, connaissez vous des outils qui permettent de réaliser automatiquement des cartes de densité?