Gérer les nombres réels pour script shell

Version imprimable

Bonjour ,

Je souhaite comparer deux réels à chaque tour de la boucle "while".
Cependant , j'ai un problème de syntaxe pour gérer les réels.
Je sais que cela se fait avec la commande "bc".
Je code rarement des scripts bash donc cela serait sympa de développer un peu vos réponses s'il vous plait.
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 #!/bin/bash pval=( 10^-6 10^-5 10^-4 10^-3 ) li=( 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 ) lr=( -0.1 -0.2 -0.3 -0.4 -0.5 -0.6 -0.7 -0.8 -0.9 -1.0 -1.1 -1.2 -1.3 -1.4 -1.5 -1.6 ) i=0 j=0 for k in "${pval[@]}"; do while [ ("${li[i]}"| bc) -ne ("${li[16]}"| bc) ] && [ ("${lr[j]}"| bc) -ne ("${lr[16]}"| bc) ] do #./Select.R ${li[i]} ${lr[j]} $k echo ${li[i]} ${lr[j]} $k i=$(($i+1)) j=$(($j+1)) done i=0 j=0 done
Cela bloque aussi au niveau des "done". Je pense que la réinitialisation de i et de j pose problème.

Merci

Bon voilà une autre tete du script.
Cela devrait aider comprendre ce que je tente de faire.
Au cas ou vous auriez des remarques pour l'améliorer .

Code:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
 
#!/bin/bash
 
pval=( 10^-6 10^-5 10^-4 10^-3 ) 
li=( 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 )
lr=( -0.1 -0.2 -0.3 -0.4 -0.5 -0.6 -0.7 -0.8 -0.9 -1.0 -1.1 -1.2 -1.3 -1.4 -1.5 -1.6 )
 
name="Histogramme_Sélection_"
n_file="Hist_pval_"
o_file="Data_FC_"
p_file="Data_pval_"
ext=".pdf"
 
i=0
j=0
 
for k in "${pval[@]}"; do
 
    while [ ("${li[i]}"| bc) -ne ("${li[16]}"| bc) ] && [ ("${lr[j]}"| bc) -ne ("${lr[16]}"| bc) ]
    do 
           #./Select.R ${li[i]} ${lr[j]} $k
           echo  ${li[i]} ${lr[j]} $k
 
           #f="$o_file${li[i]}_${lr[j]}"
           #mkdir $f
           #mv *.xls $f
 
           #mv "$Histogramme_Sélection.pdf" "$name$[i]$ext" 
 
           i=$(($i+1))
           j=$(($j+1))
    done
 
    #f1="$p_file$[k]"
    #mkdir $f1
    #mv *$o_file* $f1
 
    #fichier="$n_file$[k]"
    #mkdir $fichier
    #mv *.pdf $fichier
    i=0
    j=0
done

11/07/2013, 18h21
jack-ft
Citation:

Envoyé par Bil'0x

Cela bloque aussi au niveau des "done". Je pense que la réinitialisation de i et de j pose problème.

Cela bloque? Si tu nous donnais le message précis, ce serait plus facile pour te répondre!

Il y a quelques pb dans ton script. En voici quelques uns:

Pour accéder au i-ème élément d'un tableau li, il faut "évaluer" i, soit "${li[${i}]}" et non "${li[i]}":
Code:

1 2 3 $ li=( 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 ) $ echo "${li[${i}]}" 0.1
Je ne comprends pas le sens de comparer le i-ème élément du tableau avec le 16ème ???

Pour effectuer une comparaison avec bc, il suffit de faire (dans le meilleur des cas):
Code:

1 2 3 4 $ echo '3 < 5' | bc 1 $ echo '3 > 5' | bc 0
et pour tester cette comparaison:

Code:

a=3; b=5; if [ $(echo "${a} < ${b}" | bc) -eq 1 ]; then echo 'a < b'; fi

Attention à la logique de 'bc' (1 = oui ; 0 = non) qui est différente des codes de retour shell (0 = ok; 1 = ko).

Essaie déjà d'intégrer ces remarques dans ton script!
11/07/2013, 18h58
al1_24

Citation:

Envoyé par jack-ft

Code:

a=3; b=5; if [ $(echo "${a} < ${b}" | bc) -eq 1 ]; then echo 'a < b'; fi

Attention à la logique de 'bc' (1 = oui ; 0 = non) qui est différente des codes de retour shell (0 = ok; 1 = ko).

On peut d'ailleurs se servir de cela pour "simplifier" l'écriture du test en utilisant l'évaluation arithmétique :

Code:

a=3; b=5; if (( $(echo "${a} < ${b}" | bc) )); then echo 'a < b'; fi

Citation:

Envoyé par jack-ft

Je ne comprends pas le sens de comparer le i-ème élément du tableau avec le 16ème ???

Aucun :lol:
En faite mon problème à été résolu depuis assez longtemps en fait.

Code:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
 
#!/bin/bash
 
pval=( 10^-6 10^-5 10^-4 10^-3 ) 
li=( 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 )
lr=( -0.1 -0.2 -0.3 -0.4 -0.5 -0.6 -0.7 -0.8 -0.9 -1.0 -1.1 -1.2 -1.3 -1.4 -1.5 -1.6 )
 
name="Histogramme_Sélection"
n_file="Hist_pval_"
o_file="Data_FC_"
p_file="Data_pval_"
ext=".pdf"
i=0
 
for k in "${pval[@]}"; do
 
    while [ "${li[${i}]}" ] && [ "${lr[${i}]}" ]
    do 
           ./Select.R ${li[${i}]} ${lr[${i}]} $k
 
           f="$o_file${li[${i}]}_${lr[${i}]}"
           mkdir $f
           mv *.xls $f
 
           mv "$name$ext" "$name$[i]$ext" 
 
           i=$(($i+1))
    done
 
    f1="$p_file$k"
    mkdir $f1
    mv *$o_file* $f1
 
    fichier="$n_file$k"
    mkdir $fichier
    mv *.pdf $fichier
    i=0
done

Cependant , j'ai quand même écris une solution au cas ou quelqu'un passerait par là
Il va comparer la i-ème valeur réel du tableau à une autre valeur réel de position fixe.

Visiblement aucun intérêt vis-à-vis de mon problème !

Code:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
 
#!/bin/bash
set -xv
pval=( 10^-6 10^-5 10^-4 10^-3 ) 
li=( 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 )
lr=( -0.1 -0.2 -0.3 -0.4 -0.5 -0.6 -0.7 -0.8 -0.9 -1.0 -1.1 -1.2 -1.3 -1.4 -1.5 -1.6 ) 
 
i=0
j=0 
f1=0
f2=0
 
for k in "${pval[@]}"; do
 
    while [ "${li[${i}]}" ] && [ "${lr[${i}]}" ]
    do
           if [ $( "${li[${i}]} < ${li[${8}]}" | bc ) -eq 1 ]; then f1=1; fi
           if [ $( "${lr[${j}]} > ${lr[${8}]}" | bc ) -eq 1 ]; then f2=1; fi
 
           if [ $f1-eq 1] && [ $f2 -eq 1]; then echo ${li[${i}]} ${lr[${j}]} $k; fi 
 
           i=$(($i+1))
           j=$(($j+1))
 
           f1=0
           f2=0
    done
    i=0
    j=0
done

Erreurs:

Code:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
 
bash: 1.2 > 0.1 : commande introuvable
++ bc
+ '[' -eq 1 ']'
bash: [: -eq : opérateur unaire attendu
 "${lr[${j}]} < ${lr[${8}]}" | bc )
 "${lr[${j}]} < ${lr[${8}]}" | bc )
 "${lr[${j}]} < ${lr[${8}]}" | bc 
++ '-1.2 < -0.1'
bash: -1.2 < -0.1 : commande introuvable
++ bc
+ '[' -eq 1 ']'
bash: [: -eq : opérateur unaire attendu
+ '[' 0-eq '1]'
bash: [: « ] » manquant
+ i=12
+ j=12
+ f1=0
+ f2=0
+ '[' 1.3 ']'
+ '[' -1.3 ']'
 "${li[${i}]} > ${li[${8}]}" | bc )
 "${li[${i}]} > ${li[${8}]}" | bc )
 "${li[${i}]} > ${li[${8}]}" | bc 
++ '1.3 > 0.1'

Bon je viens de m'apercevoir que les données en puissance 10 comme 10^-6 etc..
ne sont pas les bons .
Mon script R me génère des données érronées.

Script bash

Code:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
 
#!/bin/bash
 
pval=( 10^-6 10^-5 10^-4 10^-3 ) 
li=( 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 )
lr=( -0.1 -0.2 -0.3 -0.4 -0.5 -0.6 -0.7 -0.8 -0.9 -1.0 -1.1 -1.2 -1.3 -1.4 -1.5 -1.6 )
 
name="Histogramme_Sélection"
n_file="Hist_pval_"
o_file="Data_FC_"
p_file="Data_pval_"
ext=".pdf"
i=0
 
for k in "${pval[@]}"; do
 
    while [ "${li[${i}]}" ] && [ "${lr[${i}]}" ]
    do 
           ./test.R ${li[${i}]} ${lr[${i}]} $k
           i=$(($i+1))
    done
    i=0
done

script R de test

Code:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
 
#!/usr/bin/env Rscript 
 
# Réccupération des arguments 
args<-commandArgs(TRUE)
 
# Réccupération des paramètres
valFcind<-as.numeric(args[1])
valFcrep<-as.numeric(args[2])
pValue<-as.numeric(args[3])
 
print(valFcind)
print(valFcrep)
print(pValue)

Erreurs :

Code:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
 
Warning message:
NAs introduced by coercion 
[1] 1.2
[1] -1.2
[1] NA
Warning message:
NAs introduced by coercion 
[1] 1.3
[1] -1.3
[1] NA
Warning message:
NAs introduced by coercion 
[1] 1.4
[1] -1.4
[1] NA
Warning message:
NAs introduced by coercion 
[1] 1.5
[1] -1.5
[1] NA

On voit bien que le problème vient des valeurs du tableau pval qui ne sont pas correctement pris en compte.
Quelqu'un ?

La meilleur solution est de l'écrire sous cette forme :
Code:

1 2 3 4 5 pval=( 0.000001 0.00001 0.0001 0.001 ) li=( 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 ) lr=( -0.1 -0.2 -0.3 -0.4 -0.5 -0.6 -0.7 -0.8 -0.9 -1.0 -1.1 -1.2 -1.3 -1.4 -1.5 -1.6 )
Et ça marche! :mrgreen:

Si y'en a qui connaisse une autre écriture je suis preneur.

12/07/2013, 17h32
Flodelarab

Sous R, les nombres scientifiques s'écrivent ainsi 1.0e-01. N'est-ce pas?

Sinon, plutôt que d'inonder le fil de scripts, ne peux-tu pas exprimer ton besoin en bon français?
Parce que là, ça n'a ni queue ni tête :roll:
12/07/2013, 17h44
N_BaH
Citation:
Envoyé par erreurs

Code:

1 2 3 4 5 bash: 1.2 > 0.1 : commande introuvable ++ bc + '[' -eq 1 ']' bash: [: -eq : opérateur unaire attendu "${lr[${j}]} < ${lr[${8}]}" | bc )
il faut afficher les données sur l'entrée standard de bc :

Code:

if test $(echo "${li[i]} < ${li[8]}" | bc ) -eq 1; then f1=1; fi

8 le huitième élément du tableau, pas $8 le huitième argument du script.
16/07/2013, 11h25
Bil'0x

Bonjour,

@ Flodelarab
Oui effectivement , en tappant 10^-6 sur R on obtient bien 1.0e-06.
En fait, j'aurais vraiment dû tester ça avant je pense :roll:

merçi Flodelarab

@N_BaH

merçi c'est bien ça que je cherchais et cela résoud les problèmes.